Électrophérogramme
Un électrophérogramme, ou électrophorégramme, peut également être appelé EPG ou e-gramme. Il s'agit d'un enregistrement ou d'un graphique produit par électrophorèse dans une technique analytique, principalement dans les domaines de la biologie médico-légale, de la biologie moléculaire et de la biochimie[1]. Cet enregistrement se base sur l'utilisation de points de données[pas clair] correspondant à un temps spécifique et à une intensité de fluorescence à différentes longueurs d'onde de lumière pour représenter un profil d'ADN[2].
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En génétique
modifierDans le domaine de la génétique, un électrophérogramme est un tracé de la taille de fragments d'ADN, généralement utilisé pour le génotypage comme le séquençage de l'ADN[3]. Les données sont tracées en fonction du temps, représentées par des paires de bases (pdb), sur l'axe des x et l'intensité de fluorescence sur l'axe des y. Ces figures sont souvent réalisées à l'aide d'un instrument comme un séquenceur d'ADN automatisé associé à une électrophorèse capillaire (CE). De tels électrophérogrammes peuvent être utilisés pour déterminer des génotypes de séquences d'ADN ou des génotypes basés sur la longueur de fragments d'ADN spécifiques ou sur le nombre de séquences répétées en tandem (STR pour short tandem repeats en anglais) à un locus spécifique en comparant l'échantillon à des standards de taille et à des données d'échelle allélique à l'aide du même standard de taille[2]. Ces génotypes peuvent être utilisés dans les domaines suivants :
Articles connexes
modifierRéférences
modifier- Karabiber, « A peak alignment algorithm with novel improvements in application to electropherogram analysis », Journal of Bioinformatics and Computational Biology, vol. 11, no 5, , p. 1350011 (PMID 24131055, PMCID 4529286, DOI 10.1142/S021972001350011X)
- Butler, J. M. (2015). Advanced topics in forensic Dna typing: Interpretation. Elsevier.
- Schwartz, H. and Guttman, A., 1995. Separation of DNA by capillary electrophoresis. Beckman.
Liens externes
modifier- PHPH - outil web pour l'analyse de la qualité des électrophérogrammes
- Systematic differences in electropherogram peak heights reported by different versions of the GeneScan Software
- DYS464 Electropherogram Interpretation Discrepancy avec images
