Les deux premières étapes de ce Tour sont disputées entièrement dans le département de la Manche. Le « grand départ » est donnée au mont Saint-Michel mais l'édition 2016 suscite le scepticisme des riverains, défenseurs du patrimoine et commerçants qui se montrent très réservés quant aux retombées économiques locales[3]. Le parcours longe ensuite la côte vers l'est, jusqu'à Pontaubault, puis vers le nord, jusqu'à Lessay. Le peloton se dirige ensuite vers la côte est du département, qu'il rejoint à Quinéville. Après un retour à l'intérieur des terres pour passer à Sainte-Mère-Église, l'étape se termine à Utah Beach, sur la commune de Sainte-Marie-du-Mont, après 188 kilomètres. Les deux côtes de quatrième catégorie comptant pour le classement du meilleur grimpeur sont en début d'étape : la première à Avranches (km 20,5), la deuxième aux falaises de Champeaux (km 39). Le sprint intermédiaire est disputé à La Haye, au 119e kilomètre.
Le mont Saint-Michel accueille le Tour de France pour la troisième fois, après une arrivée d'étape en ligne en 1990 et un contre-la-montre en 2013. C'est la cinquième fois depuis 2008 que le Tour débute par une étape en ligne et non par un prologue[4].
Trois coureurs, Leigh Howard (IAM), Jan Barta et Paul Voss (Bora-Argon 18), s'échappent en début de course. Deux autres, Anthony Delaplace (Fortuneo-Vital Concept), originaire de la Manche, et Alex Howes (Cannondale-Drapac), se lancent ensuite à leur poursuite, et les rejoignent après 40 kilomètre. Entre-temps, Paul Voss est passé en tête aux deux côtes de quatrième catégorie. À moins de 60 kilomètres de l'arrivée, Delaplace et Howes distancent leurs compagnons d'échappée pour poursuivre seuls. Ils sont repris par le peloton à 5 kilomètres de Utah Beach. À l'arrivée, le sprint est remporté par Mark Cavendish (Dimension Data) devant Marcel Kittel (Etixx-Quick Step) et Peter Sagan (Tinkoff).
C'est la 27e victoire de Cavendish sur un Tour de France. Elle lui permet d'endosser le premier maillot jaune de sa carrière[2]. Il revêt également le maillot vert. Le maillot à pois revient à Pau Voss, le maillot blanc à Edward Theuns (Trek-Segafredo), cinquième de l'étape.
Une chute à l'approche du sprint intermédiaire a notamment envoyé au sol Alberto Contador, lui causant une plaie à l'épaule droite[5].
Étape de plaine
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