Dans un futur proche, en 2009 (la série date de 1999), le jeune Yuji Kaido apprend qu'il est atteint d'une maladie génétique grave et incurable. Son seul espoir est la cryogénie en attendant l'avancée des compétences médicales. Lorsqu'il se réveille 22 ans plus tard, en 2031, il découvre que la Terre a été envahie en 2017 par des monstres insectoïdes géants, les "Blue", et que les gens qui comme lui ont été cryonisés, les « Sleepers », sont peut-être le seul espoir de survie de la race humaine. La série montre l'évolution de Yuji Kaido. Au commencement, Yuji se réveille de lui-même - phénomène rare pour un Sleeper - il est alors recueilli par Marlène et son équipe. L'objectif de l'équipe de Marlène Angel sera de ramener Yuji sur Second Earth, base spatiale conçue par les Humains qui ont dû abandonner la Terre aux "Blue". Durant leur parcours vers la base spatiale, tous les coéquipiers de Marlène meurent, laissant Yuji et Marlène seuls survivants. Une fois arrivés sur second Earth, après avoir pris la navette, Yuji se retrouve blessé par un blue, et est conduit directement au bloc opératoire, séparé de Marlène avec qui il avait tissé des liens. Marlène, tombée sous le charme de Yuji, finit par perdre patience et décide d'aller le chercher au péril de sa vie. Une fois qu'ils sont réunis, les dirigeants de Second Earth décident de lancer des opérations visant à chasser les "Blue" de la Terre ; pour cela, les Sleepers envisagent d'attaquer les plus grands nids. Au cours des entrainements, Yiji tisse une rivalité avec le sleeper Tony Frost et se montre de plus en plus distant avec Marlène. Au fur et à mesure des combats contre les Blues, Yuji se montre de plus en plus impitoyable, y compris à l'égard de Marlène et des humains. Parallèlement, une lutte de pouvoir à lieu entre le Haut-Conseil qui dirige Second Earth, et le scientifique Seno Miyagi qui désapprouve leur gestion du cas des Sleepers. Marlène apprend via Miyagi que l'état de Yugi serait causé par sa maladie génétique, créant des cellules B à l'origine de la création des Blues. Miyagi émet ainsi l'hypothèse que les Blues seraient une réponse de la Terre comme mécanisme de défense contre l'humanité. Miyagi renverse alors le Haut-Conseil tandis que Marlène retourne sur Terre pour sauver Yuji. Après une lutte difficile, Marlène parvient à ramener Yuji à la raison. Au même moment les Sleepers Tony et Alicia, qui ont complètement cédés à l'influence des cellules B, retournent sur Second Earth accompagnés de Blues qui massacrent la station médicale et le Haut-Conseil. Yuji et Marlène retournent également sur Second-Earth afin d'arrêter la folie de Tony et Alicia. Après une longue lutte, Yuji et Marlène atteignent Tony, qui projetait de faire percuter la station médicale sur la station militaire. Yuji le tue finalement en lui tirant une balle dans la tête. Devenu maître de Second Earth Miyagi proclame que les humains n'ont plus leur place sur Terre et décide de faire de Second Earth le foyer définitif de l'humanité, tout en autorisant ceux qui le souhaitent de retourner sur Terre. Yuji ne se sentant pas à sa place sur Second Earth, il décide de partir vivre sur Terre avec Marlène, avant de s'avouer mutuellement leur amour. Trois mois plus tard, Yuji et Marlène se rendent en Guyane après qu'ils aient découvert la disparition des Blues d'Amérique du Sud. Explorant le nid, leur escouade y découvrent que les Blues s'y sont laisser mourir. Arrivés au coeurs du nid, un Blue particulièrement dangereux massacre le équipe avant que Marlène et Yuji ne parviennent à le tuer. Yuji conclut ensuite que la sphère au coeur du nid détiendra la réponse qu'il cherche concernant l'humanité et les cellules B. Marlène tente alors de l'en dissuader en lui révélant qu'elle porte leur enfant. Yuji décide néanmoins de continuer en promettant à Marlène qu'ils vivront leur vie ensemble avec leur enfant. Dans la sphère, Yuji a une vision et peut voir ce que la Terre elle-même voit. Yuji comprend alors comment l'humanité peut cohabiter avec les cellules B et retourne auprès de Marlène qui l'attendait à l'extérieur. Pendant ce temps, les citoyens de Second Earth se révoltent contre Miyagi et le tuent. Les combats qui s'en suive provoque la destruction de la station. Partout dans le monde, depuis les anciens nids de Bleus, de longs filaments d'énergie coalescente s'élèvent dans l'atmosphère terrestre et forment un anneau. Yuji et Marlène observent cela, réalisant que la Terre est désormais en sécurité, et se réjouissent de leur vie commune au coucher du soleil.
TBS
