BOXBOY! est un jeu de plateforme dans lequel le joueur contrôle un personnage cubique du nom de Qbby. La principale mécanique du jeu vient de la capacité de Qbby à créer des boites depuis son corps, ce nombre dépend en fonction des différents niveaux. Ces boites peuvent être créées dans n’importe quelle direction depuis Qbby, ce qui permet de faire des paquets de différentes formes. Plusieurs utilisations sont destinées à ces cubes comme créer un pont au-dessus de piques, créer un escalier, permettre d’atteindre des rebords, bloquer des lasers. Si ces blocs sont maintenus par Qbby et qu’ils sont posés sur un rebord, celui-ci peut attirer notre héros.
Chaque niveau cache une ou plusieurs couronnes qui doivent être attrapées avant d’utiliser un certain nombre de blocs. Ces couronnes sont la monnaie d’échange dans la boutique du jeu dans laquelle on peut y acheter des costumes, des musiques ou des niveaux bonus.
La suite, BOXBOXBOY!, modifie la formule du premier opus en permettant à Qbby de créer deux paquets de boites en même temps.