La saison 1998-1999 du Championnat d'Inde de football est la troisième édition du championnat national de première division indienne. Les douze meilleurs clubs du pays prennent part au championnat organisé par la fédération. Les équipes sont réparties en deux poules, où elles rencontrent leurs adversaires deux fois, à domicile et à l'extérieur. À l'issue de cette première phase, les trois premiers de chaque groupe se retrouvent au sein de la poule pour le titre tandis que le dernier est relégué. En fin de championnat, deux clubs sont promus en National Football League.
C'est le club du Salgaocar SC qui remporte la compétition après avoir terminé en tête du classement de la poule finale, avec quatre points d'avance sur Kingfisher East Bengal et huit sur Churchill Brothers SC. C'est le premier titre de champion d'Inde de l'histoire du club.
Les différents classements sont basés sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).
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{{{titre}}}
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Qualification pour la poule pour le titre
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Relégation directe en deuxième division
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T: Tenant du titre C: Vainqueur de la Coupe d'Inde P: Promu de D2
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Qualification pour la poule pour le titre
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Relégation directe en deuxième division
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