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David Baker (scientifique)

chimiste américain

David Baker est un biochimiste et spécialiste de la biologie computationnelle américain né le à Seattle. Il est un des pionniers du développement de méthodes pour concevoir des protéines et prédire leurs structures tridimensionnelles. Il est titulaire de la chaire Henrietta and Aubrey Davis en biochimie, chercheur à l'Institut médical Howard Hughes et professeur adjoint en sciences du génome, bioingénierie, génie chimique, informatique et physique à l'Université de Washington.

David Baker
Biographie
Naissance
Voir et modifier les données sur Wikidata (62 ans)
SeattleVoir et modifier les données sur Wikidata
Nationalité
Formation
Activités
Conjoint
Hannele Ruohola-Baker (en)Voir et modifier les données sur Wikidata
Autres informations
A travaillé pour
University of Washington School of Medicine (en) (depuis )
Université de WashingtonVoir et modifier les données sur Wikidata
Membre de
Directeur de thèse
Sites web
Distinctions
Prix Nobel de chimie ()Voir et modifier les données sur Wikidata
Liste détaillée
Packard Fellowship for Science and Engineering (d) ()
Prix Overton ()
Feynman Prize in Nanotechnology (en) ()
Prix Nobel de chimie ()
Membre de l'Académie américaine des arts et des sciencesVoir et modifier les données sur Wikidata

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Baker est co-lauréat avec Demis Hassabis et John M. Jumper et du prix Nobel de chimie 2024[1],[2] pour ses travaux « pour la conception computationnelle de protéines »[3].

Les programmes d'intelligence artificielle développés par Baker et d'autres chercheurs ont désormais en grande partie résolu le problème de la prédiction des structures protéiques[4],[5]. Baker est membre de l'Académie nationale des sciences des États-Unis et directeur du Institute for Protein Design de l'Université de Washington[6]. Il a cofondé plus d'une douzaine d'entreprises en biotechnologie et a été inclus dans la liste inaugurale des 100 personnes les plus influentes en santé du magazine Time en 2024[7].

Biographie

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Baker est né dans une famille juive à Seattle, Washington, le 6 octobre 1962. Il est le fils du physicien Marshall Baker et de la géophysicienne Marcia (née Bourgin) Baker[8]. Il a été diplômé de la Garfield High School de Seattle[9].

Il a obtenu son diplôme de premier cycle à l'Université Harvard en 1984. Il a terminé son doctorat en biochimie à l'Université de Californie à Berkeley, en 1989, dans le laboratoire de Randy Schekman, où il a principalement travaillé sur le transport et le trafic des protéines chez la levure[10]. En 1993, il a achevé sa formation postdoctorale en biophysique avec David Agard à l'Université de Californie à San Francisco.

Baker a rejoint le département de biochimie de l'École de médecine de l'Université de Washington en tant que membre du corps professoral en 1993. Il est devenu chercheur à l'Institut médical Howard Hughes en 2000[11]. Baker a été élu membre de l'Académie américaine des arts et des sciences en 2009. Il est marié à Hannele Ruohola-Baker, une autre biochimiste à l'Université de Washington. Ils ont deux enfants.

Recherche

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Bien que principalement connu pour le développement de méthodes computationnelles permettant de prédire et de concevoir les structures et les fonctions des protéines, Baker maintient un groupe actif d'experts en biochimie expérimentale[12]. Il est l'auteur de plus de 600 articles scientifiques[13].

Le groupe de Baker a développé l'algorithme Rosetta pour la prédiction ab initio des structures protéiques. Le projet a été étendu en un outil de conception de protéines, un projet de calcul distribué appelé Rosetta@home[12],[14],[15], et le jeu vidéo Foldit[16],[17],[18]. Baker a été le directeur du Rosetta Commons, un consortium de laboratoires et de chercheurs qui développent des logiciels de prédiction et de conception des structures biomoléculaires. Le groupe de Baker participe régulièrement à la compétition CASP de prédiction des structures, se spécialisant dans les méthodes ab initio, incluant des variantes manuelles et automatisées du protocole Rosetta[19],[20].

Le groupe de Baker est également actif dans le domaine de la conception de protéines[12],[21] ; ils sont notamment connus pour avoir conçu Top7, la première protéine artificielle avec un repliement inédit[22].

En 2017, l'Institut de conception de protéines de Baker a reçu plus de 11 millions de dollars de la part d'Open Philanthropy[23],[24], suivi d'un don supplémentaire de 3 millions de dollars en 2021[25].

En avril 2019, Baker a donné une conférence TED intitulée « 5 défis que nous pourrions résoudre en concevant de nouvelles protéines » lors de TED2019 à Vancouver, au Canada[26].

Baker a cofondé plusieurs entreprises de biotechnologie, notamment Prospect Genomics (acquise par une filiale d'Eli Lilly en 2001)[27], Icosavax (acquise par AstraZeneca en 2023)[28], Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics et Xaira Therapeutics.

Récompenses

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Pour ses travaux sur le repliement des protéines, Baker a reçu de nombreuses distinctions, notamment le prix Overton (2002)[29], le prix international Sackler en biophysique (2008)[30], le prix Wiley (2022)[31] et le prix de la Fondation BBVA Frontiers of Knowledge dans la catégorie « Biologie et biomédecine » (2022)[32].

Pour ses travaux sur la conception de protéines, Baker a reçu le prix Newcomb Cleveland (2004)[33], le prix Feynman en nanotechnologie (2004)[34] et le Breakthrough Prize in Life Sciences (2021)[35]. En 2023, il a été nommé Highly Ranked Scholar par ScholarGPS pour l'ensemble de sa carrière ainsi que pour les cinq dernières années[36].

En 2024, Baker a reçu la moitié du prix Nobel de chimie pour ses travaux sur la conception de protéines, l'autre moitié étant attribuée à John M. Jumper et Demis Hassabis pour leurs prédictions sur le repliement des protéines[3],[37].

Références

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  1. ↑ « Le prix Nobel de chimie décerné à trois scientifiques pour leurs recherches sur les protéines », Ouest-France,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  2. ↑ (en) Ewen Callaway, « Chemistry Nobel goes to developers of AlphaFold AI that predicts protein structures », Nature,‎ (DOI 10.1038/d41586-024-03214-7, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ a et b « Le prix Nobel de chimie 2024 est attribué à David Baker, Demis Hassabis et John Jumper pour leurs travaux sur les protéines », Le Monde,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  4. ↑ (en) « 2021 | Breakthrough of the year », Science,‎ (lire en ligne)
  5. ↑ (en) Yasemin Saplakoglu, « How AI Revolutionized Protein Science, but Didn’t End It », sur Quanta Magazine, (consulté le )
  6. ↑ (en) « UW establishes the Institute for Protein Design - Institute for Protein Design », sur Institute for Protein Design, (consulté le )
  7. ↑ (en) Will Henshall, « David Baker », sur Time, (consulté le )
  8. ↑ (en) « Jewish Nobel Prize Winners in Chemistry », sur www.jinfo.org (consulté le )
  9. ↑ (en) « A UW professor and a ‘local kid’ from Garfield High wins a Nobel Prize », sur The Seattle Times, (consulté le )
  10. ↑ (en) David Baker, « Reconstitution of Intercompartmental Protein Transport in Yeast Extracts (thèse) », Université de Californie à Berkeley,‎
  11. ↑ (en) « David Baker, PhD », sur www.hhmi.org (consulté le )
  12. ↑ a b et c (en) « Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder: Inside David Baker’s brain », sur Chemical & Engineering News (consulté le )
  13. ↑ (en) « David Baker », sur Google Scholar (consulté le )
  14. ↑ (en) Oscar Castillo, Patricia Melin et Janusz Kacprzyk, Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications, Springer, (ISBN 978-3-319-71008-2, lire en ligne)
  15. ↑ (en) Richard Bonneau, Ingo Ruczinski, Jerry Tsai et David Baker, « Contact order and ab initio protein structure prediction », Protein Science : A Publication of the Protein Society, vol. 11, no 8,‎ , p. 1937–1944 (ISSN 0961-8368, PMID 12142448, PMCID 2373674, lire en ligne, consulté le )
  16. ↑ (en) Eric Hand, « Citizen science: People power », Nature, vol. 466, no 7307,‎ , p. 685–687 (ISSN 1476-4687, DOI 10.1038/466685a, lire en ligne, consulté le )
  17. ↑ (en) Seth Cooper, Firas Khatib, Adrien Treuille et Janos Barbero, « Predicting protein structures with a multiplayer online game », Nature, vol. 466, no 7307,‎ , p. 756–760 (ISSN 0028-0836, PMID 20686574, PMCID 2956414, DOI 10.1038/nature09304, lire en ligne, consulté le )
  18. ↑ (en) Jessica Marshall, « Victory for crowdsourced biomolecule design », Nature,‎ (ISSN 1476-4687, DOI 10.1038/nature.2012.9872, lire en ligne, consulté le )
  19. ↑ (en) Frank DiMaio, Thomas C. Terwilliger, Randy J. Read et Alexander Wlodawer, « Increasing the Radius of Convergence of Molecular Replacement by Density and Energy Guided Protein Structure Optimization », Nature, vol. 473, no 7348,‎ , p. 540–543 (ISSN 0028-0836, PMID 21532589, PMCID 3365536, DOI 10.1038/nature09964, lire en ligne, consulté le )
  20. ↑ (en) Bin Qian, Srivatsan Raman, Rhiju Das et Philip Bradley, « High resolution protein structure prediction and the crystallographic phase problem », Nature, vol. 450, no 7167,‎ , p. 259–264 (ISSN 0028-0836, PMID 17934447, PMCID 2504711, DOI 10.1038/nature06249, lire en ligne, consulté le )
  21. ↑ (en) Carl Zimmer, « Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body », The New York Times,‎ (lire en ligne)
  22. ↑ (en) Brian Kuhlman, Gautam Dantas, Gregory C. Ireton et Gabriele Varani, « Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy », Science, vol. 302, no 5649,‎ , p. 1364–1368 (ISSN 0036-8075 et 1095-9203, DOI 10.1126/science.1089427, lire en ligne, consulté le )
  23. ↑ (en) « Open Philanthropy awards $11.3 million to the Institute for Protein Design », sur Institute for Protein Design, (consulté le )
  24. ↑ (en) « University of Washington — Universal Flu Vaccine and Computational Protein Design (David Baker and Neil King) », sur Open Philanthropy, (consulté le )
  25. ↑ (en) « University of Washington — Protein Design Research (David Baker) », sur Open Philanthropy, (consulté le )
  26. ↑ (en) 5 challenges we could solve by designing new proteins, David Baker (, 610 minutes), consulté le
  27. ↑ (en) « Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics », The Wall Street Journal,‎ (lire en ligne)
  28. ↑ (en) Taylor Soper, « AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout », GeekWire,‎ (lire en ligne)
  29. ↑ « 2002 Overton Prize Winner - David Baker », sur www.iscb.org (consulté le )
  30. ↑ (en) « University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding », sur University of Washington (consulté le )
  31. ↑ (en) « Biomedical Sciences | Prize », sur Wiley (consulté le )
  32. ↑ (en) « Find out about the BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award. », sur BBVA Foundation (consulté le )
  33. ↑ (en) « Newcomb Cleveland Prize Recipients », sur American Association for the Advancement of Science (AAAS) (consulté le )
  34. ↑ (en) « 2004 Foresight Institute Feynman Prize », sur legacy.foresight.org (consulté le )
  35. ↑ (en) « Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced », sur breakthroughprize.org (consulté le )
  36. ↑ « David Baker | Scholar Profiles and Rankings », sur ScholarGPS (consulté le )
  37. ↑ (en) « The Nobel Prize in Chemistry 2024 », sur NobelPrize.org (consulté le )

Liens externes

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