Emiel Verstrynge commence le sport par le football, mais à l'âge de 14 ans, il choisit finalement le cyclo-cross. Il dispute son premier championnat de Belgique chez les novices en 2018 à Coxyde où il se classe huitième. Un an plus tard, il remporte trois compétitions juniors (17/18 ans), dont le championnat provincial à Hamme. Il remporte deux cyclo-cross lors de la saison 2019-2020 à Gullegem et Vittel. Il termine également troisième du championnat du monde et du Belgique de cyclo-cross juniors. Les deux fois, il est battu par ses compatriotes Thibau Nys et Lennert Belmans. Ses performances suscitent l'intérêt de la nouvelle équipe Wanty-Gobert-Tormans CX. Le jour de son dix-huitième anniversaire, il signé en 2020 un contrat de trois ans avec l'équipe de cyclo-cross dirigée par l'ancien champion Bart Wellens.
Lors de la saison 2020-2021, en raison de la pandémie de Covid-19, le nombre de course est limitée et les espoirs (moins de 23 ans) et les professionnels courrent ensemble. Il réalise deux tops 10 à Gullegem et à Steinmaur. Il se classe quatorzième et deuxième coureur espoir (après Timo Kielich) au championnat de Belgique. Aux championnats du monde de cyclo-cross 2021 à Ostende, il prend la quatrième place derrière Pim Ronhaar, Ryan Kamp et Kielich[1]. Il fait sa percée lors de la saison 2021-2022 : après le titre national chez les espoirs[2], il remporte sa première course de Coupe du monde espoirs à Flamanville[3], et à la fin de la saison il devient vice-champion du monde espoirs à Fayetteville, terminant entre ses compatriotes Joran Wyseure et Thibau Nys.
En avril 2022, il devient membre de l'équipe Alpecin-Deceuninck Development[4]. Cette même année, il remporte sa première victoire sur route en remportant le classement général du Tour du Frioul-Vénétie Julienne avec seulement une seconde d'avance. Il change également d'équipe en cyclo-cross et devient membre de Crelan-Corendon. Lors de la saison de cyclo-cross 2022-2023, il est sacré champion d'Europe de cyclo-cross espoirs[5] et remporte deux manches du X²O Badkamers Trofee espoirs. Lors de la saison de cyclo-cross suivante, chez les espoirs il est successivement deuxième du championnat d'Europe (après une crevaison dans le dernier tour)[6], du monde[7] et du général de la Coupe du monde, où il gagne deux manches.
En avril 2024, il se classe neuvième de Paris-Roubaix espoirs et quatrième de Liège-Bastogne-Liège espoirs.