Fichier:Citrus tern cb simplified.svg
Fichier d’origine (Fichier SVG, nominalement de 899 × 911 pixels, taille : 121 kio)
Ce fichier et sa description proviennent de Wikimedia Commons.
Sommaire
Description
DescriptionCitrus tern cb simplified.svg |
English: Citrus fruits clustered by genetic similarity of partial sequences. Ternary diagram showing hybridization in citrus cultivars. Data from (2014-12). "Next generation haplotyping to decipher nuclear genomic interspecific admixture in Citrusspecies: analysis of chromosome 2". BMC Genetics 15 (1). DOI:10.1186/s12863-014-0152-1. ISSN 1471-2156. Retrieved on 2017-07-08. |
Date | |
Source | Travail personnel |
Auteur | HLHJ |
Autres versions | File:Citrus_tern_cb_simplified_1.svg (updated version using full, not partial, sequences) This version should be used. The original paper plots a slightly extended version of this superseded dataset in 3-D, see File:S12863-014-0152-1-3.gif. |
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Derivation
This diagram was made using the Unix command line, the statistics language R, and the SVG editor Inkscape, using the following algorithm. Use "Edit" to get it with newlines, and thus formatted so you can cut-and-paste it.
Script for making the diagram from the raw data
#Data from Additional file 8, Curk et al., "Next generation haplotyping to decipher nuclear genomic interspecific admixture in Citrus species: analysis of chromosome 2" BMC Genetics 2014 15:152, doi:10.1186/s12863-014-0152-1
#Copy-and-paste pdf's table to an ASCII text file, citrus_tern_table.txt
#Remove the error estimates by removing all lines beginning with '±'
cat citrus_tern_table.txt | sed '/^±/ d' > citrus_tern_table2.txt
#Remove blank lines
cat citrus_tern_table2.txt | sed '/^$/ d' > citrus_tern_table3.txt
#Because sed reads things line-by-line, replacing patterns containing newlines (\n0 with \t0, in this case) is awkward.
#Thanks http://stackoverflow.com/questions/1251999/how-can-i-replace-a-newline-n-using-sed?noredirect=1
cat citrus_tern_table3.txt | sed -e ':a' -e 'N' -e '$!ba' -e 's/\n0/\t0/g' > citrus_tern_table4.txt
#Add a leading newline back, so you get a leading tab
echo -e | cat - citrus_tern_table4.txt > citrus_tern_table5.txt
#Replace the newlines in the header with tabs
cat citrus_tern_table5.txt | sed -e ':a' -e 'N' -e '$!ba' -e 's/\nC\. /\tC\./g' > citrus_tern_table_done.txt
#Manually took out a random newline in "Deep Red [\n]pummelo"
#Manually changed Meyer lemo -> Meyer lemon
#Manually changed Nanfengmijuu -> Nanfengmiju
#Enter R command-line environment
R
#Load needed library. If fails, may need to run this: install.packages("ggtern")
library(ggtern)
#read datatable and tidy format
citrus_table = read.csv("./citrus_tern_table_done.txt",header=TRUE, sep = "\t")
dimnames(citrus_table)1<-citrus_table[,1]
citrus_table[,1] <- NULL
#====================================================================
#Make an original theme that works for colourblind viewers
#See http://bconnelly.net/2013/10/creating-colorblind-friendly-figures/
colours_colourblind<-c("black"="#000000", "cb_orange"="#E69F00", "cb_pale_blue"="#56B4E9", "cb_green"="#009E73", "cb_yellow"="#F0E442", "cb_darkblue"="#0072B2", "cb_red"="#D55E00", "cb_purple"="#CC79A7")
theme_colourblind<-theme_custom(base_size = 12, base_family = "", tern.plot.background = NULL, tern.panel.background = "grey92", col.T = colours_colourblind[2], col.L = colours_colourblind[6], col.R = colours_colourblind[7], col.grid.minor = "white")
#====================================================================
#Basic plot using built-in theme, not too good for colourblind viewers, for debugging
#citrus_tern <- ggtern(data = citrus_table, aes(x = C.maxima, y = C.reticulata, z = C.medica)) +geom_point(size = 4, shape = 21, color = "black") + ggtitle("Citrus hybrids") + theme_gray() + theme(legend.position = c(0,1), legend.justification = c(0, 1)) +geom_text(aes(label=rownames(citrus_table)),hjust=0, vjust=0)
#Plot that works for colourblind viewers,
citrus_tern <- ggtern(data = citrus_table, aes(x = C.maxima, y = C.reticulata, z = C.medica)) +geom_point(size = 4, shape = 21, color = "black") + ggtitle("Citrus hybrids") + theme_colourblind + theme(legend.position = c(0,1), legend.justification = c(0, 1)) +geom_text(aes(label=rownames(citrus_table)),hjust=0, vjust=0)
citrus_tern
#====================================================================
#Output plot as an svg file
svg("citrus_tern.svg",width=10,height=10)
citrus_tern
dev.off()
#Prettify. Manually edit labels, titles, etc. using the Inkscape SVG editor
Éléments décrits dans ce fichier
dépeint
Valeur sans élément de Wikidata
8 juillet 2017
image/svg+xml
52008d0283be8e47c00d845459f47ed25f38f0db
123 710 octet
911 pixel
899 pixel
Historique du fichier
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Date et heure | Vignette | Dimensions | Utilisateur | Commentaire | |
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actuel | 9 juillet 2017 à 03:10 | 899 × 911 (121 kio) | HLHJ | Distinguishes between lemons (asexually propagated bud sport group), and recent independent hybrids, now labeled ''Brand "lemon"'' rather than ''Brand lemon''. | |
8 juillet 2017 à 18:45 | 899 × 911 (119 kio) | HLHJ | User created page with UploadWizard |
Utilisation du fichier
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Métadonnées
Ce fichier contient des informations supplémentaires, probablement ajoutées par l'appareil photo numérique ou le numériseur utilisé pour le créer.
Si le fichier a été modifié depuis son état original, certains détails peuvent ne pas refléter entièrement l'image modifiée.
Largeur | 898.77045 |
---|---|
Hauteur | 911.33923 |