Fichier:SARS-CoV-2-DZ.svg
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Description
DescriptionSARS-CoV-2-DZ.svg |
Français : Comptages officiels quotidiens de SARS-CoV-2, dont les 28 jours du moindre bruit, 2020, Algérie ; données et analyse dans https://zenodo.org/record/3951152. Les lignes continues montre le bandeau Poisson de 68% de confiance pour un modèle médian quatre-voisins construit des données. Les points bleus sont les comptages officiels.
English: Official SARS-CoV-2 daily infection counts, 28-day period of least noise, 2020, Algeria; data and analysis in https://zenodo.org/record/3951152. The solid lines show a Poisson error band for a four-neighbours median model built from the data. Blue dots show the official counts. |
Date | |
Source | Travail personnel |
Auteur | Boud |
Conditions d’utilisation
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Source code
#!/bin/bash
# dz_sarscov2_phi_i - Algerian SARS-CoV-2 pandemic data with phi_i from ArXiv:2007.11779v1
# (C) Wikimedia Commons User:Boud, 2020 CC-BY-SA-4.0
# https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
# https://creativecommons.org/2015/10/08/cc-by-sa-4-0-now-one-way-compatible-with-gplv3/
# Refs: see
# * https://arxiv.org/abs/arXiv:2007.11779
# * https://zenodo.org/record/3951152
## Download daily data
## files to download
TMPdays=/tmp/tmp.alldata.tmponly
TMP28=/tmp/tmp.phi.tmponly
## plotting files
TMP0=/tmp/tmp.dz.0
TMPplus=/tmp/tmp.dz.plus
TMPminus=/tmp/tmp.dz.minus
TMPlowest28_1=/tmp/tmp.dz.lowest1
TMPlowest28_2=/tmp/tmp.dz.lowest2
LANG=C
DEBUG=NO
#DEBUG=YES
if [ "x$1" = "xw" ]; then
wget -O ${TMPdays} https://zenodo.org/record/3951152/files/WP_C19CCTF_SARSCoV2.dat
wget -O ${TMP28} https://zenodo.org/record/3951152/files/phi_N_28days.dat
fi
## Extract DZ data
day_one=$(grep DZ, ${TMPdays} | awk -F , '{print $1}'|head -n1)
N_days=$(grep DZ, ${TMPdays} | wc |awk '{print $1}')
dz_daily=$(grep DZ, ${TMPdays} |awk -F , '{cnew=$3-cold; cold=$3; print cnew}')
if [ "x${DEBUG}" = "xYES" ]; then
printf "${dz_daily}" | tr '\n' ' ' ; printf "\n"
fi
## Extract DZ least noisy period
dz_lowest_28_day1=$(grep ^DZ ${TMP28} | awk '{print $NF}')
dz_lowest_28_date1=$(grep DZ, ${TMPdays} | grep -n "${dz_lowest_28_day1}" | \
sed -e 's/:/,/' | awk -F , '{print $1}')
dz_lowest_28_date2=$(echo ${dz_lowest_28_date1} |awk '{print $1+27}')
if [ "x${DEBUG}" = "xYES" ]; then
printf "dz_lowest_28_date1=${dz_lowest_28_date1}\n"
printf "dz_lowest_28_date2=${dz_lowest_28_date2}\n"
fi
## Create median model (see Methods section of ArXiv:2007.11779)
dz_median_0=$(echo ${dz_daily[@]} | tr ' ' '\n' | \
LANG=C awk '{i+=1; c[5]=c[4]; c[4]=c[3]; c[3]=c[2]; c[2]=c[1]; c[1]=$1; \
d[4]=c[5]; d[3]=c[4]; d[2]=c[2]; d[1]=c[1]; \
asort(d,e); median = (e[2]+e[3])*0.5; \
if(i>=5)print median}')
first=$(echo ${dz_median_0}|awk '{print $1}')
last=$(echo ${dz_median_0}|awk '{print $NF}')
dz_median="${first} ${first} ${dz_median_0} ${last} ${last}"
if [ "x${DEBUG}" = "xYES" ]; then
printf "${dz_median}\n"
fi
## print days and Poisson bounds
echo ${dz_median} | tr ' ' '\n' | awk '{print NR,$1-sqrt($1)}' > ${TMPminus}
echo ${dz_median} | tr ' ' '\n' | awk '{print NR,$1+sqrt($1)}' > ${TMPplus}
echo ${dz_daily} | tr ' ' '\n' | awk '{print NR,$1}' > ${TMP0}
FORMAT=svg
#FORMAT=ps
X1=0
X2=${N_days}
Y1=0
Y2=700
X_label="date starting ${day_one}"
Y_label="number of infections"
title="least noisy 28 days: starting ${dz_lowest_28_day1} "
X_label="date commencant le ${day_one}"
Y_label="nombre d'infections"
title="28 j. moindre bruit: debut=${dz_lowest_28_day1}"
printf "${dz_lowest_28_date1} ${Y1}\n${dz_lowest_28_date1} ${Y2}\n" > ${TMPlowest28_1}
printf "${dz_lowest_28_date2} ${Y1}\n${dz_lowest_28_date2} ${Y2}\n" > ${TMPlowest28_2}
graph -T${FORMAT} -w 0.75 -W0.001 -X "${X_label}" -Y "${Y_label}" \
-x ${X1} ${X2} -y ${Y1} ${Y2} ${TMPminus} \
--reposition 0.0 0.0 1.0 --blankout 0.0 \
-x ${X1} ${X2} -y ${Y1} ${Y2} ${TMPplus} \
--reposition 0.0 0.0 1.0 --blankout 0.0 \
-C --pen-colors "1=blue:2=green:3=red" -m0 -S 16 \
-x ${X1} ${X2} -y ${Y1} ${Y2} ${TMP0} \
--reposition 0.0 0.0 1.0 --blankout 0.0 \
-m3 -W0.001 \
--frame-color red -L "${title}" --grid-style 1 \
-x ${X1} ${X2} -y ${Y1} ${Y2} ${TMPlowest28_2} \
--reposition 0.0 0.0 1.0 --blankout 0.0 \
-m3 -W0.001 \
--frame-color black -L "" \
-x ${X1} ${X2} -y ${Y1} ${Y2} ${TMPlowest28_1} \
> SARS-CoV-2-DZ.${FORMAT}
Éléments décrits dans ce fichier
dépeint
Valeur sans élément de Wikidata
2 août 2020
Historique du fichier
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Date et heure | Vignette | Dimensions | Utilisateur | Commentaire | |
---|---|---|---|---|---|
actuel | 2 août 2020 à 19:08 | 720 × 720 (59 kio) | Boud | Uploaded own work with UploadWizard |
Utilisation du fichier
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Métadonnées
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Titre court | SVG drawing |
---|---|
Titre de l’image | This was produced by version 4.4 of GNU libplot, a free library for exporting 2-D vector graphics. |
Largeur | 8in |
Hauteur | 8in |
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