Les graphismes de Flying Hero s'orientent vers un style dessin animé avec des couleurs vives qui se dégagent des niveaux, contrairement à la plupart des jeux de shoot 'em up de l'époque (Gradius, R-Type)[1],[2],[3],[4]. Le bestiaire est cohérent avec l'aspect artistique du jeu, les ennemis se constituent de singes volant, de chauves-souris, de corbeaux, d'ours ou encore de lions[5],[4]. Les objets à récupérer dans les niveaux renforcent également le style dessin animé du jeu, ils sont représentés par des petits gâteaux à la crème et octroient un bonus pour les armes à feu, permettant de multiplier le nombre de tirs par deux ou par trois selon le nombre d'objets récupéré[6]. Les tirs sont dirigés en face du personnage en pressant la touche « B » de la manette, des tirs en diagonal peuvent aussi s'exécuter en pressant la touche « B » plus les gâchettes (« L+B » pour les tirs en diagonal vers la gauche et « R+B » vers la droite)[6]. Le joueur dispose de trois vies ainsi que de trois continues pour terminer le jeu[3]. Le joueur peut ajuster sa vitesse de jeu en pleine partie à l'aide du bouton « Select », la vitesse se décline en trois niveaux[4]. Les effets du Mode 7 sont souvent utilisés sur les boss, qui sont présents sur chaque niveau du jeu[3],[6].