Lignées Pango

Informations
Dépôt	github.com/cov-lineages/pangolin
Écrit en	Python
Type	Base de données biologiques
Licence	Licence publique générale GNU version 3
Site web	pangolin.cog-uk.io

Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée^[1]. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango^[2]. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango)^[3].

Contexte

Une lignée Pango est décrite comme un groupe de séquences associées à un événement épidémiologique, par exemple l'introduction du virus dans une zone géographique distincte avec des preuves de propagation^[2].

L'outil et le système de nomenclature sont largement utilisés pendant la Pandémie de Covid-19^[2]^,^[4].

Notes et références

Références

↑ « Real-Time Epidemiology for COVID-19 », www.pathogensurveillance.net (consulté le 22 janvier 2021)
↑ ^{a b et c} Rambaut, A., Holmes, E.C., O’Toole, Á. et al., « A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology », Nature Microbiology, vol. 5, n^o 11,‎ 2020, p. 1403–1407 (PMID 32669681, DOI 10.1038/s41564-020-0770-5, lire en ligne ).
↑ « Pangolin web application release », virological.org, mai 2020 (consulté le 18 février 2021)
↑ Pipes, Wang, Huelsenbeck et Nielsen, « Assessing Uncertainty in the Rooting of the SARS-CoV-2 Phylogeny », Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP),‎ 9 décembre 2020 (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msaa316, lire en ligne )

Voir aussi

Articles connexes

Virologie
Pandémie de Covid-19
Maladie à coronavirus 2019
Coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (espèce)
SARS-CoV (coronavirus du SRAS)
Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient
Enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), porte d'entrée du virus
Test diagnostique du SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 chez les animaux non humains

[1] « Real-Time Epidemiology for COVID-19 », www.pathogensurveillance.net (consulté le 22 janvier 2021)

[2020_Andrew_RAMBAUT_et_Edward_C_HOLMES-2] {a b et c} Rambaut, A., Holmes, E.C., O’Toole, Á. et al., « A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology », Nature Microbiology, vol. 5, n^o 11,‎ 2020, p. 1403–1407 (PMID 32669681, DOI 10.1038/s41564-020-0770-5, lire en ligne ).

[Vir482-3] « Pangolin web application release », virological.org, mai 2020 (consulté le 18 février 2021)

[4] Pipes, Wang, Huelsenbeck et Nielsen, « Assessing Uncertainty in the Rooting of the SARS-CoV-2 Phylogeny », Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP),‎ 9 décembre 2020 (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msaa316, lire en ligne )

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