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Le prieuré de Vaux-sur-Poligny est une ancienne fondation monastique bénédictine du début du XIe siècle rattachée à l'ordre de Cluny en 1029. Le monastère, abandonné et partiellement détruit à la Révolution en 1790, a été entièrement rebâti et transformé en petit séminaire en 1822 puis en collège privé en 1966 qui a fermé ses portes en 2009.
Au tout début du XIe siècle, Otte-Guillaume de Bourgogne se trouve confirmé dans ses possessions du Comté de Bourgogne (la Haute-Bourgogne correspondant à peu près à la Franche-Comté moderne). Pour remercier Dieu d'avoir échappé aux périls de la guerre, il décide de fonder à Vaux-sur-Poligny, autour de 1020, un monastère dédié « au Sauveur, à la mère de Dieu et à saint Nicolas ».
Le prieuré se situe au cœur d'un site jurassien caractéristique : la reculée de Vaux-sur-Poligny traversée par une petite rivière, la Glantine, tout près de la ville de Poligny.