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Le Loiret est situé à la confluence de plusieurs régions naturelles. Dans le département, la vallée de la Loire est couverte par le Giennois et la Puisaye au Sud-Est et le Val de Loire entre Sully-sur-Loire et Tavers. Le Nord de la vallée est bordée par la forêt d'Orléans qui précède la grande région céréalière de Beauce et ainsi que le Gâtinais ; au Sud, on trouve la Sologne, le Pays-Fort dans un paysage formé principalement par une succession de forêts et d'étangs.
Voir aussi : liste des sites Natura 2000 du Loiret · forêts de Montargis et de Lamotte-Beuvron · domaine du Ciran · étang du Puits · Île aux Oiseaux · réserve naturelle nationale de Saint-Mesmin · réserve naturelle régionale des Grandes Bruyères · liste des cavités naturelles les plus longues du Loiret · liste des cavités naturelles les plus profondes du Loiret