Romain Koszul
Romain Koszul est un chercheur, microbiologiste et ingénieur agronome français. Spécialiste de la génétique des génomes, il est directeur de recherche du Centre national de la recherche scientifique en Génomes et Génétique à l'Institut Pasteur.
| Directeur de recherche au CNRS |
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Young Academy of Europe (en) |
| Directeur de thèse | |
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Biographie
modifierEn 2004, il soutient sa thèse de doctorat en microbiologie sur « Duplication de segments chromosomiques dans le génome de Saccharomyces cerevisiae : mécanismes de formation, stabilité et impact évolutif » sous la direction de Bernard Dujon à l'Université Pierre-et-Marie-Curie[1].
En 2005, il rejoint le laboratoire de Nancy Kleckner à l’Université de Harvard aux États-Unis, où il travaille durant quatre années à l’interface de la physique et de la biologie, sur les propriétés mécaniques et la dynamique des chromosomes[2].
En 2008, il entre au CNRS à l’Institut Pasteur en 2008 en tant que chargé de recherche. Il y crée par la suite l’équipe « Régulation spatiale des génomes »[2].
Spécialiste de la génétique des génomes, il est le pionnier de la méthode metaHiC qui permet de comprendre les rapports entre microbes ou entre un virus et une bactérie[3].
En 2010, il bénéficie d'une bourse du Conseil européen de la recherche pour mener le projet sur « Interaction dynamique entre chromosomes eucaryotes : impact sur la stabilité du génome (DICIG) »[2].
Il devient directeur de recherche CNRS et professeur dans le département Génomes et Génétique à l'Institut Pasteur[4].
Il dirige des travaux de thèses en génétique et génomique, microbiologie et immunologie, à la Sorbonne université et l'Université Pierre-et-Marie-Curie[5],[6],[7].
Publications
modifier- (en) Romain Koszul, Sandrine Caburet, Bernard Dujon et Gilles Fischer, « Eucaryotic genome evolution through the spontaneous duplication of large chromosomal segments », EMBO Journal, EMBO Press, vol. 23, no 1, , p. 234–243 (DOI 10.1038/sj.emboj.7600024, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Romain Koszul, Sandrine Caburet, Bernard Dujon et Gilles Fischer, « Eucaryotic genome evolution through the spontaneous duplication of large chromosomal segments », EMBO Journal, EMBO Press, vol. 23, no 1, , p. 234–243 (DOI 10.1038/sj.emboj.7600024, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Bernard Dujon, David Sherman, Gilles Fischer et Pascal Durrens, « Genome evolution in yeasts. », Nature, Nature Publishing Group, vol. 430, no 6995, , p. 35–44 (DOI 10.1038/nature02579, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Jeanne Boyer, Gwenaël Badis, Cécile Fairhead et Emmanuel Talla, « Large-scale Exploration of Growth Inhibition Caused by Overexpression of Genomic Fragments in Saccharomyces cerevisiae », Genome Biology, BioMed Central, vol. 5, no 9, , R72 (DOI 10.1186/gb-2004-5-9-r72, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Romain Koszul, Sei Kameoka et Beth Weiner, « Real-Time Imaging of Meiotic Chromosomes in Saccharomyces cerevisiae », dans Meiosis: Volume 2, Cytological Methods, vol. 558, Humana Press, coll. « Methods in Molecular Biology », , 81–89 p. (DOI 10.1007/978-1-60761-103-5_6, lire en ligne).
- (en) Axel Cournac, Hervé Marie-Nelly, Martial Marbouty et Romain Koszul, « Normalization of a chromosomal contact map », BMC Genomics, BioMed Central, vol. 13, no 1, , p. 436 (DOI 10.1186/1471-2164-13-436, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Martial Marbouty, Axel Cournac, Jean-François Flot et Hervé Marie-Nelly, « Metagenomic chromosome conformation capture (meta3C) unveils the diversity of chromosome organization in microorganisms », eLife, vol. 3, , e03318 (PMID 25517076, DOI 10.7554/eLife.03318, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Marie-Eve Val, Martial Marbouty, Francisco de Lemos Martins et Sean P Kennedy, « A checkpoint control orchestrates the replication of the two chromosomes of Vibrio cholerae. », Science Advances, American Association for the Advancement of Science (AAAS), vol. 2, no 4, , e1501914 (DOI 10.1126/sciadv.1501914, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Martial Marbouty et Romain Koszul, « Generation and Analysis of Chromosomal Contact Maps of Bacteria », dans Generation and Analysis of Chromosomal Contact Maps of Bacteria, vol. 1624, coll. « Methods in Molecular Biology », , 75–84 p. (DOI 10.1007/978-1-4939-7098-8_7, lire en ligne).
- (en) Pierrick Moreau, Axel Cournac, Gianna Aurora Palumbo et Martial Marbouty, « Tridimensional infiltration of DNA viruses into the host genome shows preferential contact with active chromatin », Nature Communications, Nature Publishing Group, vol. 9, no 1, , p. 4268 (DOI 10.1038/s41467-018-06739-4, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Cyril Matthey-Doret, Lyam Baudry, Axel Breuer et Rémi Montagne, « Computer vision for pattern detection in chromosome contact maps », Nature Communications, Nature Publishing Group, vol. 11, no 1, , p. 5795 (DOI 10.1038/s41467-020-19562-7, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Martial Marbouty, Agnès Thierry, Gael A. Millot et Romain Koszul, « MetaHiC phage-bacteria infection network reveals active cycling phages of the healthy human gut », eLife, eLife Sciences Publication, vol. 10, , e60608 (DOI 10.7554/eLife.60608, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Nathalie Bastié, Christophe Chapard, Lise Dauban et Olivier Gadal, « Smc3 acetylation, Pds5 and Scc2 control the translocase activity that establishes cohesin-dependent chromatin loops », Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, vol. 29, no 6, , p. 575–585 (DOI 10.1038/s41594-022-00780-0, lire en ligne, consulté le ).
- (en) Sébastien Gradit, Samuel Ortion, Pauline Larrous et Maëlys Delouis, Hicberg: Reconstruction of contact signals from repeated elements, (lire en ligne).
- (en) Amaury Bignaud, Quentin Lamy-Besnier, Devon E Conti et Agnès Thierry, « Bacteriophage PAK_P3 genome structuration and dynamics during infection of Pseudomonas aeruginosa reveal specific interaction patterns », Science Advances, American Association for the Advancement of Science (AAAS), vol. 12, no 35, , eaef2512 (DOI 10.1126/sciadv.aef2512, lire en ligne, consulté le ).
Prix
modifier- 2023 : médaille de biologie moléculaire et cellulaire, génomique de l’Académie des sciences[8].
- 2026 : médaille d'argent du CNRS[3].
Références
modifier- ↑ « Theses.fr », sur theses.fr (consulté le )
- 1 2 3 « Romain Koszul | CNRS Nucléaire & Particules »
, sur www.in2p3.cnrs.fr (consulté le ) - 1 2 « Romain Koszul | CNRS Biologie » , sur www.insb.cnrs.fr, (consulté le )
- ↑ « Romain Koszul | CNRS Biologie » , sur www.insb.cnrs.fr, (consulté le )
- ↑ Manon Perrot, « Exploration de l'affinité homotypique dans l'organisation de la chromatine via des séquences synthétiques chez Saccharomyces cerevisiae », theses.fr, Sorbonne université, (lire en ligne, consulté le )
- ↑ « Theses.fr » , sur theses.fr (consulté le )
- ↑ « Theses.fr » , sur theses.fr (consulté le )
- ↑ « Prix et médailles 2023 de l’Académie des sciences | Université Paris Cité » , sur Université Paris Cité (consulté le )
