Agrandissement du Colisée à 5 000 places assises pour l'Euroligue 2012-2013[2]. Le club compte trois départs (Malcolm Delaney, Bryant Smith et Alade Aminu) pour deux arrivés (Shelden Williams et Marcus Denmon). Le club fait une première partie de saison légèrement décevante : Une élimination au premier tour de l'Euroligue (3 victoires et 7 défaites[3]), mais une belle victoire contre Sienne (108 à 103 au Colisée[4]) ; une sixième place à la mi-saison en championnat (9 victoires pour 6 défaites[5]), le départ fin novembre de Joffrey Lauvergne[6] et la perte de la coupe de France avec une élimination contre Antibes 83 à 81[7]. Le , lors de la Leaders Cup, ils s'inclinent dès le premier tour, 79 à 75 contre Paris-Levallois et perdent leur titre gagné lors de la Semaine des As 2012[7]. L'Elan Chalon finit la saison régulière à la 4e place (18 victoires pour 12 défaites)[8], élimine Roanne en quart de finale des play-off (deux victoires à un)[9] mais perd son titre de champion de France en se faisant éliminer deux victoires à zéro en demi-finale contre Nanterre[10]. À l'issue de la fin de saison en 2013 (fin mai), Gregor Beugnot quitte en commun accord le club chalonnais[11], début juin c'est Mickaël Hay qui le remplace au poste d'entraîneur[12].