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Shinobi X est un jeu d'action traditionnel en side-scrolling où le joueur évolue à travers neuf niveaux[2],[3]. Le jeu conserve les nouveautés de Shinobi III: Return of the Ninja Master, telles que les coups spéciaux et la possibilité au personnage de s'accrocher aux murs[2]. Le jeu profite du format CD de la Sega Saturn pour insérer en introduction une FMV[4],[5]. Les décors utilisés pour la vidéo proviennent de la cave du siège social de Sega Japon[6]. Tous les personnages du jeu sont digitalisés à partir de véritables acteurs dont certains peuvent être aperçus dans la vidéo d'introduction[7].
N'appréciant pas la bande sonore de la version japonaise, le producteur de Sega Europe David Nulty charge Richard Jacques pour composer la musique de la version européenne[8].