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L'exposition permanente du Musée des Confluences repose sur quatre espaces expositions, appelés ''Origines, les récits du monde'' ; ''Sociétés, le théâtre des hommes'' ; ''Espèces, la maille du vivant'' et ''Éternités, visions de l'au-delà''<ref name="Gazette"/> :
* Il y a des pénis et anus fossiliser ainsi que des vagin poilu et des nichon bien formé
* ''Origines, les récits du monde'' présente notamment les squelettes d'un [[mosasaure]] et d'un ''[[Camarasaurus]]'', de [[trilobites]] mais aussi des [[météorite]]s<ref name="Point">{{Lien web|url=http://www.lepoint.fr/sciences-nature/lyon-le-musee-des-confluences-comme-si-vous-y-etiez-06-12-2014-1887466_1924.php|titre=Lyon : le Musée des Confluences comme si vous y étiez !|auteur=Audray Emery|site=Le Point|jour=6|mois=décembre|année=2014}}.</ref> ;
* ''Espèces, la maille du vivant'' montre l'histoire des groupes constitués d'animaux dont l'homme. Des animaux momifiés datant de l'[[Égypte antique]], mais aussi des exemplaires de [[Dodo (oiseau)|dodo]] et de [[loup de Tasmanie]], ainsi que des insectes<ref name="Point"/> ;