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Il réalise des équipements publics : le Palais de Justice de Lyon ; le [[Musée national de la coopération franco-américaine|Musée franco-américain]] de Blérancourt ; la [[Cité internationale des congrès de Nantes|Cité des congrès de Nantes]] ; la rénovation du [[Musée des beaux-arts de Dijon]] ; l'Ambassade de France à Beyrouth ; le Lycée Français Charles de Gaulle à Damas ; puis dernièrement à Paris, l'[[Quartier de la Goutte-d'Or|Institut des Cultures d'Islam]], la [[Cité de l'économie et de la monnaie (projet)|Cité de l’Économie et de la Monnaie]] ; l'[[Institut de physique du globe de Paris]] ; le [[Pôle des langues et civilisations]].
Le journaliste et historien de l'art [[Didier Rykner]] estime, en septembre 2013, dans un article publié sur le site ''[[La Tribune de l'art]]'', qu'avec le réaménagement extérieur de bâtiments anciens classés aux monuments historiques, en particulier la création d'une façade en cuivre sans ouverture au-dessus d'une aile ancienne du palais des États de Bourgogne (actuel musée des beaux-arts de Dijon), Yves Lion s'est livré à une grave atteinte à l'unité de cet édifice historique et à une défiguration malheureuse d'un patrimoine bien préservé. Selon Rykner, la façade détonne « à la fois par son volume, son matériau et sa couleur ». Le journaliste décèle dans ce cas de vandalisme autorisé et avalisé par l'administration un exemple de la mauvaise gestion des monuments historiques en France et du peu de respect des architectes contemporains français pour le patrimoine, qui sont plus soucieux de livrer un geste architectural dans un lieu prestigieux pour se mettre en avant que de servir, en s'intégrant dans le bâti ancien de façon plus discrète et harmonieuse, l'histoire des bâtiments historiques et donc uniques qui leur sont confiés<ref>Didier Rykner, « [http://www.latribunedelart.com/la-cour-de-bar-revue-par-yves-lion La cour de Bar revue par Yves Lion] », ''[[La Tribune de l'art]]'', 10 septembre 2013.</ref>. À la suite de cet article, Yves Lion, par le biais de ses avocats, somme Didier Rykner de retirer son article de ''La Tribune de l'Art''<ref name="latribunedelart.com">Didier Rykner, [http://www.latribunedelart.com/la-cour-de-bar-revue-par-yves-lion « La cour de Bar revue par Yves Lion »], ''[[La Tribune de l'art]]'', 10 septembre 2013</ref>.
Outre cette controverse, Lion est effectivement connu pour son rapport souvent drastique aux monuments historiques, n'hésitant pas à altérer pesamment des lieux et des décors anciens bien conservés et à intégrer des constructions radicalement modernes et contrastant avec les architectures anciennes dans les chantiers qui lui ont été confiés : dans les années 1990, à Paris, à l'hôtel Hénault de Cantobre, un édifice historique du [[Le Marais (quartier parisien)|Marais]] abritant la [[maison européenne de la photographie]], Lion, chargé des travaux d'aménagement a fait retirer menuiseries et planchers anciens et a fait démolir, sur la [[rue de Fourcy]], le bâtiment de remise des carrosses qui venait fermer la cour de l'hôtel particulier<ref name="latribunedelart.com"/>. De même, au [[château de Blérancourt]] (abritant le musée franco-américain), le projet d'extension du musée conçu par Yves Lion détruisait les vestiges du château disparu du {{XVIIe siècle}} dus à [[Salomon de Brosse]] récemment mis au jour au pied du château : à la suite des plaintes des défenseurs du patrimoine et d'associations locales, le permis de construire a finalement été annulé par le tribunal administratif d'Amiens<ref>Didier Rykner, [http://www.latribunedelart.com/le-permis-de-construire-de-blerancourt-annule-par-la-justice « Le permis de construire de Blérancourt annulé par la justice »], ''[[La Tribune de l'art]]'', 8 septembre 2010</ref>.
== Distinctions ==
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