« Structure secondaire » : différence entre les versions
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Les liaisons hydrogènes se forment ici entre les groupements carbonyle et amiNe (et non amiDe) de deux acides aminés différents au niveau de leur liaison peptidique commune. |
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En [[biochimie]] et en [[biologie structurale]], la '''structure secondaire''' se rapporte uniquement à la description de la structure tridimensionnelle localement adoptée par certains segments de molécules biologiques (molécules définies comme étant des [[biopolymère]]s, comme c’est le cas pour les [[protéine]]s et les [[Acide nucléique|acides nucléiques]] (ADN/ARN)). On parlera ensuite de [[structure tertiaire]] pour décrire la position relative (dans l'espace) de ces différents éléments de structure secondaire les uns par rapport aux autres.
La structure secondaire est définie formellement par les [[Liaison hydrogène|liaisons hydrogène]] à l'intérieur du biopolymère, telle qu'on peut les observer sur des structures à la résolution atomique. Dans les [[protéine]]s, la structure secondaire est définie par des arrangements de liaisons hydrogène entre les groupements [[
L'arrangement des liaisons hydrogène est cependant corrélé à d'autres paramètres structuraux, ce qui a conduit à des définitions moins strictes de la structure secondaire. Par exemple, dans les hélices de protéines, le squelette peptidique adopte des [[Angle diédral|angles dièdres]] qui sont localisés dans une zone spécifique du [[diagramme de Ramachandran]]. En conséquence, un segment d'acides aminés dont la conformation correspond à de tels angles dièdres est souvent qualifié d'hélice, qu'il présente ou non l'arrangement canonique de liaisons hydrogène. Plusieurs autres définitions moins formelles ont été proposées, souvent en s'inspirant de concepts issus de [[géométrie différentielle]], comme la [[courbure]] ou la [[torsion]]. Enfin, les biologistes structuraux, lorsqu'ils résolvent une nouvelle structure, déterminent parfois la structure secondaire « à l'œil », de manière qualitative, et font figurer cette information dans le ficher de structure déposé à la ''protein data bank ([[Protein Data Bank|PDB]])''.
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