« Raoultella » : différence entre les versions

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En 2001, des analyses [[phylogénie|phylogénétiques]] d'[[espèce]]s du [[genre (biologie)|genre]] ''[[Klebsiella]]'', ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des ''[[Enterobacteriaceae]]'', et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) révèlent que le genre ''Klebsiella'' est hétérogène<ref name="Drancourt"/>. Ce genre est alors scindé en deux et le genre ''Raoultella'' créé, intégrant les espèces ''K. ornithinolytica'', ''K. planticola'', ''K. trevisanii'' (synonyme de ''K. planticola'') et ''K. terrigena''<ref name="Drancourt"/>. Une autre étude phylogénétique portant sur les gènes ''gyrA'' et ''parC'', publiée en parallèle dans le même journal confirme l'hétérogénéité du genre ''Klebsiella'' où {{citation|les données des séquences supportent la séparation évolutive de ''K. pneumoniae'' d'un groupe phylogénétique incluant ''K. oxytoca'', ''Klebsiella planticola'' et ''Klebsiella ornithinolytica''<ref name=Brisse2001>{{article |langue=en |prénom1=Sylvain |nom1=Brisse |prénom2=Jan |nom2=Verhoef |titre=Phylogenetic diversity of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca clinical isolates revealed by randomly amplified polymorphic DNA, gyrA and parC genes sequencing and automated ribotyping |périodique=International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology |année=2001 |date=01 mai 2001 |volume=51 |numéro=3 |pages=915-924 |doi=10.1099/00207713-51-3-915}}</ref>.}}
 
En 2014, une nouvelle analyse phylogénétique basée sur le gène de l'ARNr 16S mais incluant l'ensemble des espèces et tous les genres de la famille des ''Enterobacteriaceae'' différencie le genre ''Raoultella'' des ''Klebsiella'', et conclut que {{citation|[...] ''Providencia'', ''Raoultella'' [...] sont regroupées dans un seul [[Cluster de gènes|cluster]] (chacune) [...] et donc sont très certainement monophylétiques}}, alors que {{citation|sept genres [...] ''Escherichia'', ''Klebsiella'' [...] sont certainement polyphylétiques{{sfn|Octavia|Lan|2014|p=235|id=Prok}}}} avec les ''Klebsiella'' séparées en trois groupes{{sfn|Octavia|Lan|2014|p=235|id=Prok}}{{,}}<ref> Un groupe contenant la majorité des ''Klebsiella'', un groupe contenant ''K. oxytoca'' et ''Enterobacter gergoviae'', un groupe contenant ''K. michiganensis'' proche du groupe ''K. oxytoca'' mais indépendant</ref>. Les auteurs de cette étude analysent la polyphylie des ''Klebsiella'' en expliquant que lors de sa description {{citation| l'assignation taxonomique (de ''K. michiganensis'') semblait robuste mais exposait le problème de ne pas inclure suffisamment d'autres espèces et genres pour s'assurer de l'identité de genre de la nouvelle espèce{{sfn|Octavia|Lan|2014|p=235|id=Prok}}.}} Cette même année, une autre étude [[phylogénie|phylogénétique]] des [[Klebsiella|klebsielles]] utilisant majoritairement des génomes incomplets (dont ceux de deux souches de ''Raoultella''), et quelques génomes complets uniquement pour les ''Klebsiella'', montre que ''R. ornithinolytica'' est située à proximité de l'[[arbre phylogénétique]] de klebsielles, sur une branche proche de ''K. oxytoca''. Malgré une diversité limitée à seulement deux genres supplémentaires à ''Klebsiella'' et ''Raoultella'', et dans une étude ne ciblant pas la taxonomie mais la recherche de gènes de résistance, les auteurs concluent que le genre ''Raoultella'' devrait être abandonné<ref name="Hudson">{{Bibliographie|Q21132017}} La vérification des données montre diverses erreurs dont la classification du génome B43 comme étant celui d'une ''Klebsiella'' alors qu'il s'agit d'une ''Raoultella''</ref>. La synonymie avec ''[[Klebsiella]]'' est explicitement demandée à nouveau par Ma {{et al.}} en 2021<ref name="Ma2021">{{Bibliographie|Q108677989}}.</ref>.
 
=== Liste d'espèces ===
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