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Dans la [[croûte terrestre]], l'hydrogène ne représente que 0,22 % des atomes, loin derrière l'[[oxygène]] (47 %) et le [[silicium]] (27 %)<ref name=Biologie>{{p.|6}}
{{Ouvrage|langue=fr|auteur1=Reginald H. Garrett|auteur2=Charles M. Grisham|auteur3=B. Lubochinsky|traducteur=Bernard Lubochinsky|titre=Biochimie|lieu=Paris|éditeur=[[De Boeck Supérieur|De Boeck Université]]|année=2000|pages totales=1292|isbn=978-2-7445-0020-6|oclc=44434958|bnf=37106164}}
</ref>. Il est rare également dans l'[[atmosphère terrestre]], puisqu'il ne représente en volume que {{unité|0,55 [[partie par million|ppm]]}} des gaz atmosphériques. Sur Terre, la source la plus commune d'hydrogène est l'[[eau]], dont la molécule est constituée de deux atomes d'hydrogène et d'un atome d'[[oxygène]] ; l'hydrogène est surtout le principal constituant (en nombre d'atomes) de toute matière vivante, associé au [[carbone]] dans tous les [[Composé organique|composés organiques]]. Par exemple, l'hydrogène représente 63 % des atomes et 10 % de la masse du corps humain<ref name=Biologie/>. Des accumulations d'hydrogène existent dans la croutecroûte terrestre, l'une d'elles au Mali est quasiment pure (à 96%) et est utilisée pour produire de l'électricité<ref>{{Article |prénom1=Alain |nom1=Prinzhofer |prénom2=Cheick Sidy |nom2=Tahara Cissé |prénom3=Aliou Boubacar |nom3=Diallo |titre=Discovery of a large accumulation of natural hydrogen in Bourakebougou (Mali) |périodique=International Journal of Hydrogen Energy |volume=43 |numéro=42 |date=2018-10 |issn=0360-3199 |doi=10.1016/j.ijhydene.2018.08.193 |lire en ligne=http://dx.doi.org/10.1016/j.ijhydene.2018.08.193 |consulté le=2021-08-09 |pages=19315–19326 }}</ref>. D'autres sont actuellement recherchées<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Isabelle |nom1=Moretti |prénom2=Emyrose |nom2=Brouilly |prénom3=Keanu |nom3=Loiseau |prénom4=Alain |nom4=Prinzhofer |titre=Hydrogen Emanations in Intracratonic Areas: New Guide Lines for Early Exploration Basin Screening |périodique=Geosciences |volume=11 |numéro=3 |date=2021-03-22 |issn=2076-3263 |doi=10.3390/geosciences11030145 |lire en ligne=https://www.mdpi.com/2076-3263/11/3/145 |consulté le=2021-08-09 |pages=145 }}</ref>.
 
Sous de très faibles pressions, comme celles qui existent dans l'[[espace (cosmologie)|espace]], l'hydrogène a tendance à exister sous forme d'atomes individuels car il n'entre pas en collision avec d'autres atomes pour se combiner. Les [[Nuage moléculaire|nuages d'hydrogène]] sont à la base du processus de la [[Étoile#Formation|formation des étoiles]].
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