Né à Paris en 1999, Youssouf Fofana est d'origine ivoiriennemalienne<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Youssouf Fofana - Profil du joueur 22/23 |url=https://www.transfermarkt.fr/youssouf-fofana/profil/spieler/569598 |site=www.transfermarkt.fr |consulté le=2022-09-15}}</ref>. Il évolue dans les clubs parisiens de l'Espérance Paris 19{{e}} de 2005 à 2013. En revenant sur son passage, un de ses anciens éducateurs Morad Djeddi se souvient « Youssouf était un jeune dégourdi. Je me souviens d’un match à Epinay-sur-Seine où les parents étaient absents, il est rentré tout seul et s’est occupé de toute l’organisation et de la logistique. Il avait une maturité et une intelligence avancée, cela se traduisait aussi dans son jeu »<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |nom=S'inscrire |titre=Youssouf Fofana, la nouvelle étoile de la Meinau |url=http://www.actufoot.com/national/youssouf-fofana-letoile-de-la-meinau |site=Actufoot |date=2018-11-14 |consulté le=2021-04-23}}</ref>.
Il intègre l'[[Institut national du football de Clairefontaine|INF Clairefontaine]] à l'âge de treize ans, pour deux ans de préformation à l'issue desquels il ne trouve pas de club professionnel. Il évolue en parallèle au [[Red Star Football Club|Red Star]] de 2013 à 2014, et rebondit à la [[Jeanne d'Arc de Drancy|JA Drancy]] après son passage à l'INF.
