« Cyanobacteriota » : différence entre les versions

{{Taxobox début | bactérie | ''Cyanobacteriota'' | Anabaena sperica2.jpg | ''[[Anabaena sphaerica]]'' | classification=LPSN | règne=cacher }}

{{Taxobox taxon| bactérie | embranchementphylum | Cyanobacteriota | Oren {{et al.}} [[2022 en science|2022]]{{sfn|Oren|et al.|2022|p=5528|id=Oren2022}}}}

Les [[taxon]]s appartenant àau l'embranchementphylum ''Cyanobacteria'' n'ont pas été validés par le ''[[Nomenclature bactérienne|Bacteriological Code]]'' (version de 1990), excepté<ref name=":0">{{Lien web|langue=en|titre=Classification of Cyanobacteria|url=http://www.bacterio.net/-classifcyano.html|site=www.bacterio.net|date=31/08/2009|consulté le=19/08/2019 }}</ref> :

Le nombre de classes deau l'embranchementphylum des ''Cyanobacteriota'' varie selon les références (et les dates de mise à jour). Liste non exhaustive de ces références :

La [[taxonomie]] des cyanobactéries est en cours de révision, avec l'apparition de deux nouvelles classes en 2014 (Candidatus ''MelainabacteriaCandidatus'' Melainabacteria et ''Sericytochromatia'') regroupant au moins une partie des cyanobactéries provisoirement qualifiées d'''[[incertae sedis]]''<ref>{{lien web |langue=en |titre=Class "Candidatus Melainabacteria" |site=LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature |url=https://lpsn.dsmz.de/class/melainabacteria |consulté le=25 mai 2023}}</ref>{{,}}<ref>{{lien web |langue=en |titre=Class "Candidatus Sericytochromatia" |site=LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature |url=https://lpsn.dsmz.de/class/sericytochromatia |consulté le=25 mai 2023}}</ref>.

La taxonomie la plus utilisée dans les années 1980 est celle de Rippka et ses collègues (J. Gen. Microbiol. 111: 1-61, 1979), qui inclut 5 ordres : ''Chroococcales'', ''Pleurocapsales'', ''Oscillatoriales'', ''Nostocales'', et ''Stigonematales''. Elle se fonde sur la morphologie générale, l'ultrastructure, le mode de reproduction, la physiologie, la chimie, et parfois la génétique à partir de spécimens de collection et de culture.

La classification d'Anagnostidis et Komarek, fondée sur la morphologie générale, l'ultrastructure, le mode de reproduction et autres critères, et présentée dans une série d'articles datant de 1985 jusqu'à 1990 dans la revue Algology Studies et une autre série dans la revue ''Archives of Hydrobiology'' aussi de 1985 à 1990, comprenait 4 ordres : ''Chroococcales'', ''Oscillatoriales'', ''Nostocales'', et ''Stigonematales''. Les ''Pleurocapsales'' étaient fusionnés aux ''Chroococcales''.

Des analyses moléculaires fondées sur l'ARNr 16S par Giovannoni et ses collègues en 1988 (Evolutionary relationships among Cyanobacteria and green chloroplasts, J. Bacteriol. 170 : 3584-92) et par Turner et ses collègues datant de 1989 (The relationships of a prochlorophyte ''Prochlorothrix hollandica'' to green chloroplasts, Nature 337 : 380-85) comprend 9 ordres (10 si on inclut les ''Prochlorales'') répartis en 6 super-groupes de plus en plus exclusifs. Les ancêtres des super-groupes sont ''Gleobacter'' (''Chroococcales'' 1), ''Pseudanabena'' (''Chroococcales'' 2) (qui était la racine dans l'analyse de Giovannoni et collègues), ''Oscillatoriales'' 1, ''Prochlorales'' (Prochlorophytes), ''Synechococcus'' (''Chroococcales'' 3), et ''Chroococcales'' 4 + ''Pleurocapsales''. Le {{6e|super-groupe}} est composé d'''Oscillatoriales'' 2 + (''Nostocales'' + ''Stigonematales''). Donc les ''Chroococcales'' et les ''Oscillatoriales'' sont polyphylétiques. Ces résultats correspondent au phénotype pour la plupart — par exemple, ''Gleobacter'' est probablement le genre le plus primitif, n'ayant pas de filaments, thylakoïdes, hormogonies, akinètes, ni hétérocystes, et se reproduisant par la fission binaire au lieu de la sporulation, et le groupe ''Nostocales'' + ''Stigonematales'' se démarquant surtout par la possession d'hétérocystes.

Jusqu'à récemment cetce embranchementphylum comportait l'unique [[classe (biologie)|classe]] des '''''Cyanophyceae''''' ('''Cyanophycées''') ou '''''Oxyphotobacteria''''' ('''Oxyphotobactéries'''). Ces bactéries fixent par [[photosynthèse]] le [[carbone]] du [[dioxyde de carbone]] et libèrent du [[dioxygène]].

* En 2013 un groupe de bactéries apparentées aux cyanobactéries connues mais non photosynthétiques a été découvert dans l'intestin de l'Homme et dans les eaux de surface. Il forme la classe des ''{{lien|Melainabacteria}}'', ou peut-être un nouvelnouveau phylum embranchement<ref>{{article|langue=en|auteur1=Sara C Di Rienzi|auteur2=Itai Sharon|auteur3=Kelly C. Wrighton|auteur4=Omry Koren|et al.=oui|titre=The human gut and groundwater harbor non-photosynthetic bacteria belonging to a new candidate phylum sibling to Cyanobacteria|périodique=eLife|mois=octobre|année=2013|doi=10.7554/eLife.01102}}.</ref>.

* En 2017 un nouveau groupe a été découvert, apparenté aux précédents mais phylogénétiquement basal, également non photosynthétique. Il forme la classe des ''[[Sericytochromatia]]'', ou peut-être un nouvel embranchementphylum <ref>{{article|langue=en|auteur=Robert E. Blankenship|titre=How Cyanobacteria went green|périodique=Science|lien périodique=Science (revue)|volume=355|numéro=6332|jour=31|mois=mars|année=2017|doi=10.1126/science.aam9365|pages=1372-1373}}.</ref>{{,}}<ref name="Soo2017">{{article|langue=en|auteur1=Rochelle M. Soo|auteur2=James Hemp|auteur3=Donovan H. Parks|auteur4=Woodward W. Fischer|auteur5=Philip Hugenholtz|titre=On the origins of oxygenic photosynthesis and aerobic respiration in Cyanobacteria|périodique=Science|lien périodique=Science (revue)|volume=355|numéro=6332|jour=31|mois=mars|année=2017|doi=10.1126/science.aal3794|pages=1436-1440}}.</ref>.

Sur la base des théories d'[[horloge moléculaire]], la séparation des deux classes des ''Melainabacteria'' et des ''Oxyphotobacteria'' daterait de 2,5 à 2,6 milliards d'années (la classe des ''Sericytochromatia'' se serait séparée antérieurement). La photosynthèse oxygénique daterait ainsi de la même époque voire serait plus tardive, donc serait nettement plus récente que ce que l'on a longtemps pensé<ref name=Soo2017/>.