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Sur le plan religieux, le {{s-|XIV|e}} fut marqué par la [[Papauté d'Avignon]] de 1305-1378, durant laquelle le pape résida dans la [[Comtat Venaissin|ville du même nom]] dans le sud de la France{{sfn|Thomson|1998|p=170-171}}. Cette situation était liée à l'affrontement entre le pape Boniface VIII et le roi [[Philippe IV le Bel]] concernant l'autorité pontificale. Après la mort rapide du [[Benoît XI|successeur]] de Boniface VIII, le [[conclave]] désigna [[Clément V]] (pape 1305-1314), qui refusa de se rendre à Rome et fit venir la [[Gouvernement de l'Église catholique#Curie romaine|Curie]] à [[Avignon]] quatre ans plus tard. Durant cet exil, parfois qualifié de {{citation|[[Exil à Babylone|captivité babylonienne]]}}{{sfn|Loyn|1989|p=45}}, la Papauté passa sous l'influence grandissante de la [[Couronne de France]]. Le pape [[Grégoire XI]] (pape 1370-1378) décida de retourner à Rome en 1377 mais les [[Guerre des Huit Saints|conflits en Italie]] et l'autoritarisme réformateur de son successeur [[Urbain VI]] (pape 1378-1389) provoquèrent le [[Grand Schisme d'Occident]]. Durant cette période qui dura de 1378 à 1418, il y eut deux puis trois [[Antipape|papes rivaux]], chacun soutenu par des États différents{{sfn|Loyn|1989|p=153}}. Après un siècle de troubles, l'empereur [[Sigismond de Luxembourg|Sigismond]] organisa en 1414 le [[concile de Constance]], qui déposa deux des papes rivaux et désigna [[Martin V]] (pape 1417-1431) comme seul pape{{sfn|Thomson|1998|p=184-187}}.

 

 

Le rejet de ces évolutions théologiques par la Papauté éloigna le clergé des laïcs et ce fossé fut accentué par l'accroissement du [[commerce des indulgences]] et le pontificat marqué par les [[Libertin|excès]] et le [[népotisme]] d'[[Alexandre VI]] (pape 1492-1503). Des [[Mystique rhénane|mystiques]] comme [[maître Eckhart]] (d. 1327) ou [[Thomas a Kempis]] (d. 1471) rédigèrent des travaux appelant les laïcs à se concentrer sur leur vie spirituelle intérieure, ce qui posa les bases de la [[Réforme protestante]] du {{s-|XVI|e}}. Aux côtés du mysticisme, les croyances concernant la [[sorcellerie]] se répandirent ; l'Église ordonna l'[[Summis desiderantes affectibus|éradication]] de ces pratiques en 1484 et elle publia le ''{{lang|la|[[Malleus Maleficarum]]}}'' (« Marteau des Sorcières ») en 1486, qui servit de base à la [[chasse aux sorcières]]{{sfn|Davies|1996|p=436-437}}.