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Le média est publié en ligne par une [[association à but non lucratif]], la Pile (Association pour une presse indépendante, libre et écologique), dont le président est Olivier Mugler, gérant de magasins du réseau [[Biocoop]]<ref>{{Lien web |titre=Les femmes et les hommes de Reporterre |url=https://reporterre.net/Les-femmes-et-les-hommes-de-Reporterre-72 |site=reporterre.net |consulté le=2024-09-08}}</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |titre=Qui sommes-nous ? |url=https://www.biocoop-canalenbio.fr/qui-sommes-nous/ |site=biocoop-canalenbio.fr |consulté le=2024-09-08}}</ref>{{,}}<ref>{{Lien web |titre=Le regard d’Olivier Mugler sur l’environnement |url=https://www.rfi.fr/fr/emission/20100325-1-le-regard-olivier-mugler-environnement |site=rfi.fr |date=2010-03-31 |consulté le=2024-09-08}}</ref>. Les ressources de ''Reporterre'' dépendent à 98 % des dons de ses lecteurs et pour les 2 % restants de ventes éditoriales (droits notamment)<ref name="raison">{{Lien web |langue=fr |auteur=Hervé Kempf |titre=Les comptes 2022 de Reporterre |url=https://reporterre.net/Les-comptes-de-Reporterre-2022-faire-naitre-le-monde-ecologique-de-l-avenir |site=reporterre.net |date=21 juillet 2023 |consulté le=21 juillet 2023}}.</ref>{{,}}<ref name=Libe2022>{{article | langue=fr | titre= Ecologie: les médias indépendants se plient en quatre | périodique= [[Libération (journal)|Libération]] | jour=30 | mois=juillet | année=2022 | auteur1= Adrien Franque | auteur2= Aurore Coulaud | url texte= https://www.liberation.fr/economie/medias/ecologie-les-medias-independants-se-plient-en-quatre-20220730_ESV7IW56TZCYJNMKXI6HMICF6E/?redirected=1 }}</ref>. Le média emploie vingt-troissix salariés permanents, dont seizedix-neuf journalistes professionnels, et une quinzaine de collaborateurs réguliers<ref name=raison/>. PourEn le mois de juin 20222023, le site revendique {{Unité|133,65|million}}s de visiteurs uniquesvisites, et un chiffre d'affaires annuel d'environ {{Unité|12,65|millionmillions}} d'euros<ref>{{Lien nameweb |auteur="Libe2022"Hervé Kempf |titre=Les comptes 2023 de Reporterre |url=https://reporterre.net/Reporterre-un-media-independant-en-pleine-sante}}</ref>.

Dans un entretien pour ''[[Ballast (revue)|Ballast]]'', Hervé Kempf détaille la ligne éditoriale, et la définit comme l'articulation entre journalisme et engagement politique : {{citation|Nous avons une ligne rédactionnelle très claire, qui est inscrite sur le site : nous considérons que la [[question écologique]] est la question historique et politique principale de ce début de {{s-|XXI}}. C'est une grille de lecture visible, assumée, et à partir de laquelle nous faisons notre travail de journaliste. Nous sommes aussi engagés, et j'allais même dire moins, que des journaux comme ''[[The Economist]]'', ''[[Les Échos]]'', ''[[Le Figaro]]'' ou ''[[Le Monde]]'', qui défendent explicitement, à des degrés divers, une ligne néolibérale et affirment la primauté de l'économie comme mode principal de l'activité sociale. […] À partir de ça, nous menons une bagarre contre la vision du monde dirigée par l'économie, pour faire simple.}}<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Hervé Kempf : « On redécouvre ce qu'est la politique » |url=https://www.revue-ballast.fr/herve-kempf/ |site=[[Ballast (revue)|Ballast]] |date=2016-07-29 |consulté le=2023-10-22}}</ref>{{,}}<ref name=":0">{{Lien web |langue=fr |titre=Russie, bébés prématurés, homéopathie… Quand Reporterre verse dans le "confusionnisme" |url=https://www.lexpress.fr/idees-et-debats/russie-bebes-prematures-homeopathie-quand-reporterre-verse-dans-le-confusionnisme-UMJDV2YPJNDPXB6GKCXLUFQPNE/ |site=L'Express |date=2023-07-02 |consulté le=2023-10-22}}</ref>.

En juinmai 20222024, ''Reporterre'' annonce 133,65 millionmillions de visiteursvisites uniques mensuels desur son site suren la2023.<ref>{{Lien baseweb des|titre=Les relevéscomptes 2023 de [[GoogleReporterre Analytics]]<ref name|url=Libe2022 https:/>/reporterre.net/Reporterre-un-media-independant-en-pleine-sante}}</ref>

En {{Date-||juillet|2023}}, ''[[L'Express]]'', [[L'Express|journal d'obédience libérale]] et [[L'Express#Soutien d.27Emmanuel Macron|pro-macroniste]], critique ''Reporterre'', dont plusieurs articles sont qualifiés de [[Confusionnisme|confusionnistes]], voire de [[Théorie du complot|complotistes]]<ref name=":0">{{Lien web |langue=fr |titre=Russie, bébés prématurés, homéopathie… Quand Reporterre verse dans le "confusionnisme" |url=https://www.lexpress.fr/idees-et-debats/russie-bebes-prematures-homeopathie-quand-reporterre-verse-dans-le-confusionnisme-UMJDV2YPJNDPXB6GKCXLUFQPNE/ |site=L'Express |date=2023-07-02 |consulté le=2023-10-22}}</ref>. Le {{Date|15|novembre|2023-}} de la même année, le média répond à ces allégations<ref>{{Lien web |titre=Réponse de Reporterre à l'article de l'Express |url=https://faq.reporterre.net/article/66-reponse-a-lexpress}}</ref>.