UniProt

banque de données de protéines

UniProt est une base de données de séquences de protéines. Son nom dérive de la contraction de Universal Protein Resource (base de données universelle de protéines). C'est une base de données ouverte, stable et accessible en ligne, elle est issue de la consolidation de l'ensemble des données produites par la communauté scientifique. UniProt est une base annotée, hiérarchisée où chaque séquence est accompagnée d'un ensemble riche de métadonnées et de liens vers de nombreuses autres bases de données : bibliographiques, phylogénétiques, nucléotidiques[1]... Outre la séquence en acides aminés des protéines, UniProt fournit des informations sur leur fonction et leur structure ainsi que des liens vers d'autres bases de données.

UniProt
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base de données biologiques, base de données en ligne, bibliothèque de données, base de données orientée graphe, ELIXIR Core Data Resource
Partie deWeb sémantique, Diagramme de données liées ouvertes, Institut Suisse de bioinformatique, ELIXIR EMBL-EBI Node Modifier
PaysRoyaume-Uni, Suisse, États-Unis Modifier
Créé parInstitut européen de bio-informatique, Institut Suisse de bioinformatique, Protein Information Resource Modifier
Collaborateur ou collaboratrice au travail de créationInternational Society for Biocuration Modifier
Langue de l'œuvre, du nom ou du termeanglais Modifier
OpérateurInstitut européen de bio-informatique, Institut Suisse de bioinformatique, Protein Information Resource Modifier
Site officielhttps://www.uniprot.org/, http://www.uniprot.org/ Modifier
URLhttps://sparql.uniprot.org/ Modifier
Point d'accès SPARQLhttps://sparql.uniprot.org/sparql Modifier
LicenceCreative Commons Attribution-NoDerivs 3.0 Unported, Creative Commons Attribution 4.0 International Modifier
Statut des droits d'auteursous droit d'auteur Modifier
Maintenance assurée parAlex Bateman, Sandra Orchard, Alan J Bridge Modifier
Point d'accès APIhttps://www.ebi.ac.uk/proteins/api/swagger.json Modifier

UniProt combine les données des bases Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR) et est mise à jour régulièrement. Ses données reposent entre autres sur le serveur ExPASy de l'Institut suisse de bioinformatique et celui de l'EBI. Ces serveurs proposent en particulier la recherche de séquences homologues dans la base au moyen d'outils d'alignement de séquences comme FASTA ou BLAST.

Notes et références

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  1. (en) Uniprot Consortium, « The Universal Protein Resource (UniProt) », Nucleic Acids Res., vol. 35,‎ , D193-7 (PMID 17142230, DOI 10.1093/nar/gkl929)

Voir aussi

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Articles connexes

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Liens externes

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