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Utilisateur:En rouge/test/Variants du SARS-CoV-2

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Nomenclature modifier

Aucune nomenclature pour les lignées évolutives du SARS-CoV-2 n'est universellement acceptée[1], cependant en janvier 2021, l’Organisation mondiale de la santé travaille sur une « nomenclature standard pour les variantes du SARS-CoV-2 qui ne fait pas référence à une localisation géographique »[2].

Bien qu'il existe plusieurs milliers de variantes du SARS-CoV-2[3], les sous-types du virus peuvent être placés dans des groupes beaucoup plus larges tels que les lignées ou les clades . Plusieurs nomenclatures différentes pour ces sous-types ont été proposées.

Catégorisation des variants modifier

  • variant préoccupant[4], VOC (variant of concern)
  • variant d'intérêt[4], ou variant à suivre[4], VOI (variant of interest) ; également VUI (variant under investigation)[5]
  • variant en cours d’évaluation[4], VUM (variant under monitoring)

Différentes nomenclatures modifier

Entités d'attribution de noms modifier

  • Nextstrain
  • PANGO Lineage
  • GISAID
  • Public Health England

Variants préoccupants (VOC) modifier

Variants préoccupants (sources : OMS[6], Santé Publique France[7], Public Health England[8])
Nom officiel
de l'OMS		 Nextstrain PANGO Lineage (en)
PANGOLin		 GISAID Public Health England
(PHE)		 Date et lieu
de première
détection		 Mutations clées[VOC 1] Autre nom
- non défini -[VOC 2] 20I/501Y.V1 B.1.1.7 GR VOC-20DEC-01
précédemment :[9]
VOC 202012/01[VOC 3]
(first VOC of december 2020)
Royaume-Uni		 L18F • Δ69/70 • Δ144Y • N501Y • A570D • P681H • H655Y
- non défini - 20H/501Y.V2[VOC 3] B.1.351 GH VOC-20DEC-02
précédemment :
VOC 202012/02
(second VOC of december 2020)
Afrique du Sud		 L18F • K417N • E484K • N501Y
- non défini - 20J/501Y.V3 B.1.1.28.1, alias P.1[VOC 3] GR VOC-21JAN-02
précédemment :
VOC 202101/02
Brésil / Japon		 L18F • K417N/T • E484K • N501Y • H655Y
- non défini - B.1.1.7
+ mutation E484K		 VOC-21FEB-02
précédemment :
VOC 202102/02
Royaume-Uni		 Δ69/70 • Δ144Y • E484K • N501Y • A570D • P681H • H655Y

Notes du tableau, VOC :

  1. ↑ Dénomination des mutations :
    • Δ indique une délétion, par exemple Δ69/70 indique la délétion des codons aux positions 69 et 70 (sens 5' vers 3');
    • αnnβ signifie que le codon en position nn a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder, précédemment, l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminé β. Les vingt-deux acides aminés sont représentés par un code : une lettre capitale (voir la liste des codes). Par exemple N501Y signifie : en position 501, le codon de l'asparagine (N) est remplacé par l'un des codons de la tyrosine (Y).
  2. ↑ En , l'OMS n'a pas défini de noms officiels de variants.
  3. ↑ a b et c Les noms en gras (ou les portions de nom) sont les noms d'usage de l'OMS (en , les noms des variants ne sont pas officiellement définis par l'OMS).

Variants d'intérêt (VOI) modifier

Variants d'intérêt (sources : OMS[6], Santé Publique France[7], Public Health England[8])
Nom officiel
de l'OMS		 Nextstrain PANGO Lineage (en)
PANGOLin		 GISAID Public Health England
(PHE)		 Date et lieu
de première
détection		 Mutations clées[VOI 1] Autre
- non défini -[VOI 2] 20C B.1.525 G/484K.V3 VUI-21FEB-03
Royaume-Uni / Nigéria		 Δ69H/70V • Δ144Y • Q52R • E484K • Q677H • D614G • F888L
- non défini - 20C/S:452R B.1.427/B.1.429 GH/452R.V1
Étas-Unis		 L452R • W152C • S13I • D614G CAL.20C/L452R
- non défini - 20J B.1.1.28.2, alias P.2 VUI-21JAN-01
Brésil		 L18F • T20N • P26S • F157L • E484K • D614G • S929I • V1176F

Notes du tableau, VOI :

  1. ↑ Dénomination des mutations :
    • Δ indique une délétion, par exemple Δ69/70 indique la délétion des codons aux positions 69 et 70 (sens 5' vers 3');
    • αnnβ signifie que le codon en position nn a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder, précédemment, l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminé β. Les vingt-deux acides aminés sont représentés par un code : une lettre capitale (voir la liste des codes). Par exemple N501Y signifie : en position 501, le codon de l'asparagine (N) est remplacé par l'un des codons de la tyrosine (Y).
  2. ↑ En , l'OMS n'a pas défini de noms officiels de variants.
  1. ↑ (en) "6.8.7 Lineage classification". Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health. p. 56. Geneva: World Health Organization. 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. [PDF] (ISBN 978-92-4-001844-0 et 978-92-4-001845-7).
  2. ↑ (en) World Health Organization, « Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic » [html], (consulté le )
  3. ↑ (en) Koyama, Takahiko, Platt, Daniel et Parida, Laxmi, « Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes », Bulletin of the World Health Organization, vol. 98, no 7,‎ , p. 495–504 (PMID 32742035, PMCID 7375210, DOI 10.2471/BLT.20.253591, lire en ligne Accès libre [html]) :

    « We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants. »
  4. ↑ a b c et d « Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2 », voir § « Comment sont classés ces différents variants ? », sur santepubliquefrance.fr, (consulté le ).
  5. ↑ (en) « Variants: distribution of cases data », sur gov.uk, (consulté le ).
  6. ↑ a et b (en) « COVID-19 Weekly Epidemiological Update », sur who.int, (consulté le )[PDF].
  7. ↑ a et b « Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2 », sur santepubliquefrance.fr, (consulté le ).
  8. ↑ a et b (en) « Variants: distribution of cases data », sur gov.uk, (consulté le ).
  9. ↑ (en) « Variants: distribution of cases data », voir § Changes in nomenclature, sur gov.uk, (consulté le )
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