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À l'origine, les sciences naturelles désignaient l'étude et la description des aspects physiques (du grec, physis, « nature ») du monde.

D'autres acception du terme "sciences naturelles" existaient également. Ainsi, les botanistes, zoologues et mycologues ont longtemps été appelés naturalistes parce que leur étude du monde vivant se fait principalement sur le terrain (herborisation, récolte), alors que le terme de biologiste était réservé à l'étude en laboratoire.

Aujourd'hui, les sciences naturelles sont plus généralement comprises comme « l'ensemble formé par les "sciences de la vie" et celles de l'écosystème ayant permis l'éclosion de la vie. » D. Andler, A. Fagot-Largeault, B. Saint-Sernin, Philosophie des sciences (t. 1), Gallimard, 2002, p. 495.

La séparation d'avec les "sciences de la nature" fut institutionnellement établi en France en 1958, avec l'apparition des options "sciences de la terre" et "sciences biologiques" au sein de l'agrégation de sciences naturelles.

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