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Fungi · Mycètes
Les champignons, ou mycètes, sont des organismes eukaryotes distincts des animaux et des plantes. Dans la classification du vivant, il forment le règne des Fungi. L'étude des champignons s'appelle la mycologie et ceux qui la pratiquent sont les mycologues.
Dans la langue courante, le champignon ne désigne que le sporophore des macromycètes, c'est-à-dire la partie visible qui constitue l'appareil reproducteur des champignons « supérieurs » et dont la silhouette la plus typique a la forme d'un parasol. Ces organismes ont été considérés depuis l'Antiquité comme des plantes en raison notamment de leur immobilisme, et ont longtemps été étudiés par les botanistes. Les mycètes possèdent toutefois des caractéristiques qui les distingent clairement des autres végétaux, à commencer par leur nutrition qui dépend, comme les animaux, de matières organiques préformées, plutôt que de la photosynthèse comme les plantes. Ces caractères particuliers ont conduit à la création, dans la deuxième moitié du XXe siècle, d'un règne séparé : les Fungi ou Mycota. Les progrès de la phylogénétique moléculaire ont permis de préciser les délimitations de ce règne fongique, qui exclut désormais certains groupes ayant développé des caractéristiques morphologiques proches par convergence évolutive, comme les Oomycètes ou les Myxomycètes. Inversement, les Microsporidies, qui étaient considérées comme des protozoaires, sont génétiquement proches des vrais champignons.
L'appareil végétatif des champignons est un thalle, qui peut être unicellulaire, comme chez les levures, ou filamenteux et former un mycélium. Contrairement aux animaux ou aux plantes supérieures, les champignons n'ont pas de véritables tissus. Ils sont largement répandus dans le monde entier, mais sont la plupart du temps peu visibles en raison de leur petite taille et de leur mode de vie cryptique dans le sol ou sur les matières mortes. Ils peuvent cependant devenir perceptibles lors de la fructification, sous forme de sporophores ou de moisissures.
Les champignons jouent un rôle essentiel dans les écosystèmes en participant à la décomposition de la matière organique et à l'échange des nutriments dans l'environnement. Par analogie à la faune et à la flore, on parle de fonge pour désigner l'ensemble des champignons d'une région ou d'un habitat donnés. Il existe un très grand nombre de taxons avec des écologies, des cycles de vie et des morphologies extrêmement variés. Le monde fongique reste cependant encore très peu connu : dans les années 2010 on comptait environ 120 000 espèces décrites pour une diversité totale estimée entre 2,2 et 3,8 millions.
Les rapports entre les champignons et les humains sont anciens et touchent de nombreux domaines. Les macromycètes sont utilisés comme source directe pour l'alimentation humaine dans un grand nombre de sociétés. Les levures sont connues depuis longtemps comme agent levant pour le pain et dans la fermentation de divers produits alimentaires, tels que le vin, la bière ou la sauce de soja. Depuis les années 1940, les champignons sont utilisés pour la production d'antibiotiques, comme la pénicilline. Ces rapports sont aussi parfois conflictuels : de nombreux champignons sont des agents de maladies cryptogamiques nuisibles à l'agriculture et à l'horticulture ; certaines espèces sont des pathogènes directs ou opportunistes pour les humains et causent des mycoses ou des infections fongiques étudiées par la mycologie médicale ; certains champignons lignivores peuvent menacer les matériaux et les constructions ; enfin, la détérioration des aliments ou leur contamination par des mycotoxines peuvent avoir un impact important sur l'approvisionnement alimentaire humain et les économies locales.