Le prologue s'est déroulé le mercredi sur un circuit de 4,4 kilomètres dans Sittard-Geleen.
Les 4,4 km du parcours de ce prologue sont effectués dans la ville de Sittard, composante de la municipalité de Sittard-Geleen, dans la province de Limbourg. Le départ est donné sur la grand place (Markt) de Sittard. Le profil de la course n'est pas plat : les coureurs doivent en effet emprunter le Kollenberg. L'arrivée est située sur la Place du temple (Tempelplein)[1].
Dans ce prologue de 4,4 kilomètres, le FrançaisCyril Lemoine reste longtemps le meilleur temps grâce au temps. En effet, il s'est élancé dans les premiers quand le temps était sec. Plus tard, il s'est mis à pleuvoir et les coureurs étaient désavantagés. Le chrono réalisé par le Français semblait inabordable sous la pluie même pour des spécialistes comme Stijn Devolder, Leif Hoste, Michael Rogers ou Joost Posthuma. Le dernier coureur à s'élancer était le tenant du titre, l'Espagnol José Iván Gutiérrez. Le rouleur de la Caisse d'Épargne réussit à battre pour moins d'une seconde le temps du Français et il devient ainsi le premier leader.
Cette première étape, longue de 173,8 km, relie Beek à Ruremonde, dans la province de Limbourg aux Pays-Bas. La première moitié de parcours emprunte en partie les routes de l'Amstel Gold Race. Il passe notamment à Valkenburg et par plusieurs monts jalonnant la classique printanière néerlandaise : le Cauberg (km 18,7), le Camerig(nl) (km 50,5) et l'Eyserweg(nl) (km 72,7). La suite de l'étape jusqu'à l'arrivée à Ruremonde ne présente pas de relief[2].
Dans cette première étape en ligne, deux coureurs néerlandais, à savoir Floris Goesinnen et Bram Tankink ont choisi de s'élancé dans une échappée. Les primes et les classements intermédiaires ont été partagés entre eux deux. Malgré tout, ils se font rejoindre à 11 kilomètres et personne ne peut empêcher le sprint massif.
La première partie de la deuxième étape a été marquée par un gros rythme, de sorte que personne n'ai réussit à s'échapper. Le peloton a fini par ralentir lorsque cinq coureurs : Matthé Pronk, Artur Gajek, Ermanno Capelli, Javier Aramendia et David Deroo se sont extirpés du groupe. Malheureusement pour eux, ils se sont reprendre à 9 kilomètres du but. Le sprint massif était donc inévitable, et cette fois l'équipe Quick Step-Innergetic fut piégé par l'équipe Team Columbia qui envoya André Greipel remporté son dixième succès de la saison, son sixième sur le ProTour. José Iván Gutiérrez conserve son maillot de leader.
La troisième étape de cet Eneco Tour est la dernière étape se déroulant entièrement sur les routes néerlandaises. Longue de 185,9 km, elle prend son départ dans la ville-arrivée de la veille, Nieuwegein, et se conclut à Terneuzen, dans la province de Zélande. Le parcours ne présente pas de difficulté[4].
Comme les deux précédentes étapes une autre longue échappée se forma, avec Aitor Hernandez, Raúl Alarcón, Yohann Gène et encore une fois Matthé Pronk. Plus de 100 kilomètres plus loin, ils furent rejoints par Maarten Tjallingii et Laurent Mangel. La direction du vent et la vitesse de la poursuite des Quick Step-Innergetic, avantagea les cassures dans le peloton. Ce qui finit par provoquer un éclatement en deux morceaux du peloton, sans conséquences pour les 10 premiers du général.
L'allure élevée permit un regroupement du premier peloton avec les échappées et un troisième sprint massif d'affilée. Cette fois c'est Daniele Bennati qui s'imposa et prit du même coup, grâce aux bonifications la tête du général.
L'Eneco Tour franchit la frontière belgo-néerlandaise à l'occasion de cette étape, la plus longue de la course (212,4 km). Le peloton entre en Belgique peu après le départ de Terneuzen. Il se dirige vers le sud, en contournant Gand, pour rejoindre les Ardennes flamandes. Le milieu d'étape est ainsi marqué par le franchissement de monts empruntés par de nombreuses courses flandriennes : le Wolvenberg, l'Edelareberg, le Leberg, le Valkenberg, le Kruisberg, le Paterberg, le Vieux Quaremont, le Mont de l'Enclus et le Tiegemberg. Trois d'entre eux offrent des points pour le classement de la montagne : le Kruisberg, le Vieux Quaremont et le Tiegemberg. Les soixante derniers kilomètres jusqu'à l'arrivée à Ardooie, en Flandre-Occidentale, sont relativement plats[5].
Il s'agit de la dernière étape en ligne de l'Eneco Tour 2008. Le départ est donné à Maldeghem, en Flandre-Occidentale. Un passage au sud de la province permet d'emprunter le mur de Grammont et le Bosberg. Le peloton entre ensuite dans le Brabant flamand, où se trouvent d'autres difficultés : le Congoberg, l'Alsemberg, le Bruine Put et le Putberg. La ligne d'arrivée est située à Bruxelles, près du stade Victor Boin[7].