La CAOmoléculaire permet aussi bien de fournir une définition numérique d'une molécule existante, que d'en concevoir. La visualisation des molécules permet d'en faciliter la compréhension.
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CAO moléculaire avec le logiciel Rasmol. L’une des deux molécules est représentée en bâtons, l’autre en bâtons et sphères, et sur cette image on examine leurs possibilités d’imbrication physique, à la manière des atomes crochus d’autrefois