En raison des conditions sanitaires liées à la Covid-19, certains athlètes, notamment Therese Johaug, ou fédérations, expriment leurs inquiétudes. La fédération norvégienne propose à la FIS d'aménager le calendrier initial, afin de réduire les déplacements, notamment entre les différents pays, comme le regroupement des compétitions dans le même pays[1]. Après la décision finale des organisateurs de conserver le calendrier initial, avec trois étapes en Suisse au Val Müstair, deux à Dobbiaco (aussi connu sous le nom allemand de Toblach) en Italie et trois également en Italie, à Val di Fiemme[1], la fédération norvégienne de ski annonce en que ses athlètes ne disputeront pas les étapes de Davos, Dresde et le Tour de ski[2]. La fédération suédoise quant à elle annonce que ses athlètes ne participent pas aux épreuves de Davos et Dresde[3].
Le 4 décembre, la FIS annonce l'annulation des épreuves hommes et femmes qui devaient avoir lieu en Chine sur le site olympique.
Le 12 février, la FIS annonce l'annulation de toutes les étapes ayant lieu en Norvège et donc l'annulation définitive des étapes à Lillehammer pour les Finales[4].
La FIS introduit une nouveauté lors de cette saison. Elle décide d'octroyer des points aux membres des relais, ces points comptant pour le classement individuel de la coupe du monde[5]. Les membres du relais vainqueur récupère 25 points, puis 20 pour le deuxième, 15, 12 points[5]. Cette décision est critiquée par de nombreux athlètes, comme le Norvégien Johannes Høsflot Klæbo qui estime que c'est un désavantage pour son adversaire russe Alexander Bolshunov et déclare « Imaginez-vous possible qu’un nouveau Dario Cologna puisse émerger sans équipe de relais ? ». Son coéquipier Simen Hegstad Krüger déclare que « le succès sera encore plus difficile pour les concurrents qui n’ont pas d’équipe pour se battre dans un relais »[5].
21 
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Alexander Bolshunov 
Jessica Diggins 
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Dresde
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France I
Italie I
Lahti
Ulricehamn
Suisse I
Slovénie I
