Discussion:Rhodophyta (classification phylogénétique)

Cette page ne serait-elle pas mieux comme partie de la page Rhodophyta où une phylogénie plus complète et plus récente est présentée ? TED 24 juillet 2006 à 11:14 (CEST)

Cette page fait partie de la série "Classification phylogénétique" lancée par le projet OEV (ici). L'idée est d'exclure les classifications taxonomiques/phylogénétiques de toutes les pages de haut niveau taxonomique (embranchements, classes) pour les reporter sur des pages spécifiques où sont présentées les classifications et débats scientifiques actuels autour de celles-ci. Donc par ex pour la page Rhodophyta, l'idée est d'associer les pages Rhodophyta (classification phylogénétique) et Rhodophyta (classification classique) (la phylogénétique étant en plein boom en ce moment et souvent contradictoire avec la classif dite "classique"). Ainsi, la classif de la page Rhodophyta rentre tout à fait dans le cadre de cette page au niveau du débat scientifique. Je pense que la meilleure démarche est de la présenter ici en sous-page et d'en débattre sur la page principale dans la section ad hoc. :) Elapied 24 juillet 2006 à 12:18 (CEST)

D'où vient l'arbre ?

Je pense qu'il faudrait sourcer l'arbre présenté ici. Il ne reflète pas les connaissances actuelles sur le sujet. TED 30 novembre 2006 à 13:40 (CET)

Je réitère ma demande de présenter des sources pour le premier arbre. C'est un arbre qui sort de quelque part ? Ou c'est un WP:TI ? Le lien donné vers Tolweb ne fonctionne plus. Il y a pas mal de données de l'arbre qui ne correspondent pas aux sources. TED 17 janvier 2011 à 13:26 (CET)

L'arbre vient des deux principales sources rappelées dans la discussion, Saunders et Hommersand d'une part, et Yoon et alii d'autre part (dont le lien était obsolète), ainsi que du ToL (dont le lien fonctionne toujours) qui porte une référence plus ancienne. J'ai rajouté (enfin !) les sources internet "de base" de toute la série d'articles (là où il y avait quelque chose sur la classification des Rhodophytes), mais beaucoup sont souvent dépassées par des publications non intégrées. As-tu des références plus récentes que Yoon et al. ?

David Mitrani (d) 20 janvier 2011 à 11:04 (CET)

PS. Toi qui maîtrises déjà la nouvelle manière de faire des arbres, peux-tu stp faire un clade avec les Bangiales et les Floridéophycées dans l'arbre de Yoon, dans la discussion ? Merci.

Il faudrait lier les sources dans le texte, avec les balises <ref></ref>, parce que là, on ne peut pas savoir quel lien externe sert de références à quoi. Il n'y a pas de clades chez Yoon, et il y a déjà l'ordre des Bangiales et la classe des Florideophyceae dans l'arbre d'après Yoon et al., donc je ne comprends pas ce que tu demandes.

Il y a une revue récente là. Je n'ai pas encor eu le temps de la lire dans le détail, mais il me semble qu'il n'y a rien de vraiment nouveau. TED 22 janvier 2011 à 00:22 (CET)

Merci pour la référence, qui fait le point de manière parfaitement satisfaisante. Reste à trouver une analyse phylogénétique des Floridéophycées au niveau de leurs familles...

David Mitrani (d) 22 janvier 2011 à 10:23 (CET)

Remontée dans l'arbre

Salut.
Dans l'état actuel des arbres des articles de la série XXX (classification phylogénétique), l'article qui permet de remonter dans l'arbre est Archaeplastida (classification phylogénétique), comme P.B l'a écrit. Qu'il y ait d'autres théories faisant éclater les Rhodophytes en y rajoutant les Chromistes, voire les Chromalvéolés, sinon même tous les Eucaryotes autres que les plantes vertes, comme annoncé dans la partie "débats" de l'article, ne modifie pas l'arrangement actuel des articles les uns par rapport aux autres. Il s'agit simplement que le lecteur puisse trouver sans problème la page "précédente"...
Cordialement, David Mitrani (d) 14 janvier 2008 à 10:42 (CET)

WP:NPOV. TED 14 janvier 2008 à 12:20 (CET)

Ça ne sert à rien d'écrire ça.

Prends plutôt un peu de temps pour développer, dans cet article ou, plutôt, dans l'article Archaeplastida (classification phylogénétique), la position de Nozaki et autres. – Mais, soit dit en passant (et ce n'est pas le sujet), tu ne peux pas défendre à la fois le caractère paraphylétique des Rhodophyta sensu Yoon^{[réf. nécessaire]} et le fait qu'elles doivent porter ce nom, qui devrait alors être réservé aux seules Rhodophytina sensu Yoon...

Je redis juste que la mention de la page où aller pour remonter dans les arbres présentés par cette série d'article est évidemment liée à ce que portent les pages en question. Modifier ce petit lien ici signifierait d'une part un autre contenu à la page, et d'autre part la suppression de celle des Archaeplastida et la modification en profondeur de celle des Eucaryotes. En attendant, n'est-ce pas...

À plus. Et, sérieusement, fais-nous un petit paragraphe sympa sur la position de Nozaki stp... Tu l'avais promis il y a longtemps.

David Mitrani (d) 14 janvier 2008 à 17:28 (CET)

Le petit paragraphe est dans Archaeplastida dans lequel tu n'as toujours pas mis les ref que tu avais promises.

Plus grave : tu dis ci-dessus le caractère paraphylétique des Rhodophyta sensu Yoon^{[réf. nécessaire]} ???? D'où sors-tu cela ? J'ai Yoon et al., 2006 où au contraire, ils insistent sur le caractère monophylétique du groupe pour y réintégrer les Cyanidiophyceae que Saunders et Hommersand (2004) avaient séparées.

Je n'ai jamais vu nulle part que les Rhodophyta seraient un groupe paraphylétique. TED 14 janvier 2008 à 20:11 (CET)

Si les Rhodophytes sont à la base d'un ensemble contenant les Chromistes (où sont les Alvéolés ?) – j'ai encore relu hier Nozaki^{[réf. nécessaire]} et Yoon^{[réf. nécessaire]} –, elles sont donc paraphylétiques, le groupe frère des Cyanidiophycées étant l'ensemble {Rhodophytines + Chromistes}^{[réf. nécessaire]}. Non ? David Mitrani (d) 15 janvier 2008 à 09:40 (CET)

Non !!!! Et je viens de comprendre d'où vient ton erreur (ce serait sympa si tu précisais de quel article tu parles, j'aurais compris plus vite d'où venait l'erreur).

D'abord, j'ai relu les deux Nozaki :

• (en) Nozaki, Hisayoshi, Matsuzaki, Motomichi, Takahara, Manabu, Misumi, Osami, Kuroiwa, Haruko, Hasegawa, Masami, Shin-i, Tadasu, Kohara, Yuji, Naotake, Ogasawara, Kuroiwa, Tsuneyoshi (2003) The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids J Mol Evol 56: 485-497
• (en) Nozaki, H. (2003) A new scenario of plastid evolution: plastid primary endosymbiosis before the divergence of the "Plantae," emended. J Plant Res 118: 247-255

Aucun des deux ne sépare les Cyanidiophyceae (représentées par Cyanidioschizon) des Rhodophyceae (représentées par Porphyra) réunies sous le vocable "red algae", et dissociées des autres bicontes : les Rhodophyta {Rhodophyceae + Cyanidiophyceae} sont le groupe frère des autres bicontes.

Puis je me suis penché sur les Yoon :

• (en) Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Pinto, Gabriele et Bhattacharya, Debashish (2002) The single, ancient origin of chromist plastids, PNAS 99 (24): 15507-15512
• (en)Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Ciniglia, Claudia, Pinto, Gabriele, Bhattacharya, Debashish (2004) A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes, Mol. Biol. Evol. 21(5):809-818
• (en) Yoon, Hwan Su, Müller, Kirsten M., Sheath, Robert G., Ott, Franklyn D., Bhattacharya, Debashish (2006) Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). J. Phycol. 42: 482-492

En 2006 : il n'y a pas les chromistes dans l'études : seules quelques Viridiplantae, Glaucophyta et Cyanobacteria sont utilisées comme groupe exerne. Et l'étude aboutit à une monophylie des Rhodophyta (Cf. supra).

Enfin, j'ai regardé en dernier 2002 et 2004 : il y a effectivement un groupement avec les PLASTES des Chromista : il faut lire correctement la légende des figures ! Ces articles se penchent sur l'origine du plaste des Chromistes parmi les algues rouges. La phylogénie porte sur les plastes desChromista et les plastes des Rhodophyta.On ne peut rien en déduire sur la phylogénie des hôtes de l'endosymbiose. TED 15 janvier 2008 à 11:21 (CET)

OK, merci pour l'éclairage !

C'est pour ça aussi qu'une petite présentation de ta part (pas que deux lignes pour justifier la référence de l'article...) serait la bienvenue. Dans Eukaryota (classification phylogénétique), peut-être, pour préciser le pourquoi du comment Nozaki et Yoon proposent ainsi une phylogénie des Eucaryotes qui n'est pas celle "généralement admise" (c'est-à-dire par tous les autres) pour le moment.

David Mitrani (d) 15 janvier 2008 à 15:05 (CET)

Ou ce serait bien que tu indiques qui admet la classification que tu proposes ("les autres" = à ma connaissance Le Guyader). TED 15 janvier 2008 à 17:52 (CET)