Modèle:Infobox Gène/Documentation
Vous êtes sur la page du Modèle Infobox Gène basé sur le Template Infobox Gène (de WP:en). Les données de cette infobox proviennent de Wikidata. Le code Lua de ce modèle est localisé dans le Module:Infobox/Gène.
Utilisation sur l'article d'un gène
modifier(Actuellement inactif) Ajoutez {{infobox Gène}}
en haut de la page de l'article sur le gène. L'infobox est alimentée par l'item Wikidata de la page où cette infobox est placée. Pour connaître l'élément Wikidata auquel est liée cette page, cliquez sur le lien "élément Wikidata" dans le menu "Outils" situé sur un des côtés de l'article (variable selon votre habillage).
Utilisation sur une page de protéine
modifierAjoutez {{infobox Gène}}
en haut de la page de la protéine. Cette infobox est remplie en utilisant l'élément wikidata de la protéine pour trouver le gène codant et alors utiliser l'élément wikidata du gène pour remplir l'infobox.
Utilisation sur d'autres pages
modifierToute page peut afficher l'Infobox même si elle n'a pas de gène ou de liaison interwiki protéique. L'élément Wikidata doit être explicitement ajouté en tant que paramètre et le module sous-jacent est invoqué. Par exemple, appuyer
{{#invoke:Infobox_gene|getTemplateData|QID=Q414043}}
en haut de n'importe quelle page créera une infobox pour le gène Reln. QID est l'élément de gène Wikidata utilisé pour remplir l'infobox. Remplacez l'ID d'élément Wikidata (QID) d'intérêt comme paramètre QID.
Message d'erreur
modifier"An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox" Indique un élément wikidata non gène / protéine ou un élément incomplet de wikidata
Catégories
modifierL'inclusion de ce modèle entraînera automatiquement l'ajout de catégories pertinentes en fonction des propriétés du gène. Ceux-ci incluent la catégorie: protéines et catégories humaines qui correspondent au chromosome où se trouve le gène, comme la catégorie: Chromosome_3_humain. D'autres catégories ajoutées manuellement à l'article en dehors du modèle fonctionneront comme d'habitude.
Structure des données
modifier![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9d/ProteinBoxBot_Network_Diagram_Oct_2016.png/220px-ProteinBoxBot_Network_Diagram_Oct_2016.png)
- Les articles de Wikipedia sont liés à la page de données des gènes de Wikidata (#Case A) ou page de données protéiques (#Case B) à travers d:Help:Sitelinks. Dans la plupart des cas, les articles sont connectés à la page de données des gènes.
- Les pages du gène et des protéines sont interconnectées par "encodes (d:P:P688)" et "encoded by (d:P:P702)" réclamations de propriété (flèches horizontales "→", "←" dans la tableaux).
- Les pages gènes de différentes espèces sont interconnectées par le biais des revendications de propriété "(D: P: P684)" (flèches verticales "↑", "↓" dans le tableau).
Les données que l'infobox gène montre aux lecteurs est collectée à partir de ces pages Wikidata interconnectées.
Case A
modifierIn most cases, Wikipedia article page is connected to Human gene data page. For example, Sonic hedgehog.
Wikipedia (Article) |
Wikidata (Gene) |
Wikidata (Protein) | |||
Human | Wikipedia article page Sonic hedgehog |
→d:Help:Sitelinks→ ←d:Help:Sitelinks← |
Human gene data page SHH (d:Q14860072) |
→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)← |
Human protein data page Sonic hedgehog (d:Q2477760) |
↑ ↓ ortholog (d:P:P684) ↑ ↓ |
|||||
Mouse | Mouse gene data page Shh (d:Q14860079) |
→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)← |
Mouse protein data page Sonic hedgehog (d:Q14860215) | ||
↑ ↓ ortholog (d:P:P684) ↑ ↓ |
|||||
⋮ | ⋮ | ⋮ |
Case B
modifierDans certains cas, la page de l'article de Wikipedia est liée à la page dédiée à la protéine de l'homme. Par exemple, pour la page Reelin.
Wikidata (Gene) |
Wikidata (Protein) |
Wikipedia (Article) | |||
Human | Human gene data page RELN (d:Q414043) |
→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)← |
Human protein data page Reelin (d:Q13561329) |
→d:Help:Sitelinks→ ←d:Help:Sitelinks← |
Wikipedia article page Reelin |
↑ ↓ ortholog (d:P:P684) ↑ ↓ |
|||||
Mouse | Mouse gene data page Reln (d:Q14331135) |
→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)← |
Mouse protein data page Reelin (d:Q14331165) |
||
↑ ↓ ortholog (d:P:P684) ↑ ↓ |
|||||
⋮ | ⋮ | ⋮ |
Localisation des données
modifierLes suivants sont la liste des données qui sont utilisées dans ce modèle. Afficher l'exemple de données et l'emplacement des données dans le cas de Sonic hedgehog.
Donnée | Wikidata property |
Donnée exemple | Donnée de localisation | Autres | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Homme Gène Page |
Homme Protéine Page |
Souris Gène Page |
Souris Protéine Page | ||||
Q14860072 | Q2477760 | Q14860079 | Q14860215 | ||||
Gene name | Label | raw | ● | ● | |||
Aliases | Aliases | raw | ● | ● | |||
HGNC gene symbol | P353 | raw | ● | ||||
Entrez Gene ID | P351 | raw | ● | ● | |||
Image | P18 | (image inexistante) | ● | ||||
Ensembl Gene ID | P594 | raw | ● | ● | |||
UniProt ID | P352 | raw | ● | ● | |||
EC number | P591 | raw | ● | ● | |||
OMIM ID | P492 | raw | ● | ||||
MGI ID | P671 | raw | ● | ||||
HomoloGene ID | P593 | raw | ● | ● | |||
PDB id | P638 | raw | ● | ● | |||
Gene Atlas Image | P692 | raw | ● | ||||
Gene ontology | P680 P681 P682 |
raw | ● | ● | |||
RefSeq RNA ID | P639 | raw | ● | ● | |||
RefSeq Protein ID | P637 | raw | ● | ● | |||
Ensembl Transcript ID | P704 | raw | ● | ● | |||
Chromosome | P1057 | linked | ● | ● | |||
Chromosome number | P1813 | raw | ● | ||||
Chromosome length | P2043 | raw | ● | ||||
Chromosome category | P910 | raw | ● | ||||
Cytogenetic location | P4196 | linked | ● | ● | |||
Genomic start | P644 | raw | ● | ● | |||
Genomic end | P645 | raw | ● | ● | |||
Strand orientation | P2548 | raw | ● | ● |
Liens externes
modifier- BioGPS, un site permettant la création automatique d'ébauches pour les pages sur les gènes humains utilisant ce modèle en anglais
- Jon W Huss, Camilo Orozco, James Goodale, Chunlei Wu, Serge Batalov, Tim J Vickers, Faramarz Valafar et Andrew I Su, « A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function », PLoS Biology, vol. 6, no 7, , e175 (PMID 18613750, DOI 10.1371/journal.pbio.0060175)
Utilisation
modifierDescription du rôle de ce modèle à compléter.
Exemple
modifier{{Infobox Gène|getTemplateData|QID=Q18031947}}
An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox