Modèle:Infobox Gène/Documentation

Vous êtes sur la page du Modèle Infobox Gène basé sur le Template Infobox Gène (de WP:en). Les données de cette infobox proviennent de Wikidata. Le code Lua de ce modèle est localisé dans le Module:Infobox/Gène.

Utilisation sur l'article d'un gène

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(Actuellement inactif) Ajoutez {{infobox Gène}} en haut de la page de l'article sur le gène. L'infobox est alimentée par l'item Wikidata de la page où cette infobox est placée. Pour connaître l'élément Wikidata auquel est liée cette page, cliquez sur le lien "élément Wikidata" dans le menu "Outils" situé sur un des côtés de l'article (variable selon votre habillage).

Utilisation sur une page de protéine

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Ajoutez {{infobox Gène}} en haut de la page de la protéine. Cette infobox est remplie en utilisant l'élément wikidata de la protéine pour trouver le gène codant et alors utiliser l'élément wikidata du gène pour remplir l'infobox.

Utilisation sur d'autres pages

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Toute page peut afficher l'Infobox même si elle n'a pas de gène ou de liaison interwiki protéique. L'élément Wikidata doit être explicitement ajouté en tant que paramètre et le module sous-jacent est invoqué. Par exemple, appuyer {{#invoke:Infobox_gene|getTemplateData|QID=Q414043}} en haut de n'importe quelle page créera une infobox pour le gène Reln. QID est l'élément de gène Wikidata utilisé pour remplir l'infobox. Remplacez l'ID d'élément Wikidata (QID) d'intérêt comme paramètre QID.

Message d'erreur

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"An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox" Indique un élément wikidata non gène / protéine ou un élément incomplet de wikidata

Catégories

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L'inclusion de ce modèle entraînera automatiquement l'ajout de catégories pertinentes en fonction des propriétés du gène. Ceux-ci incluent la catégorie: protéines et catégories humaines qui correspondent au chromosome où se trouve le gène, comme la catégorie: Chromosome_3_humain. D'autres catégories ajoutées manuellement à l'article en dehors du modèle fonctionneront comme d'habitude.

Structure des données

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Structure de réseau de base du projet wikidata ProteinBoxBot
  • Les articles de Wikipedia sont liés à la page de données des gènes de Wikidata (#Case A) ou page de données protéiques (#Case B) à travers d:Help:Sitelinks. Dans la plupart des cas, les articles sont connectés à la page de données des gènes.
  • Les pages du gène et des protéines sont interconnectées par "encodes (d:P:P688)" et "encoded by (d:P:P702)" réclamations de propriété (flèches horizontales "→", "←" dans la tableaux).
  • Les pages gènes de différentes espèces sont interconnectées par le biais des revendications de propriété "(D: P: P684)" (flèches verticales "↑", "↓" dans le tableau).

Les données que l'infobox gène montre aux lecteurs est collectée à partir de ces pages Wikidata interconnectées.

In most cases, Wikipedia article page is connected to Human gene data page. For example, Sonic hedgehog.

Wikipedia
(Article)
Wikidata
(Gene)
Wikidata
(Protein)
Human Wikipedia article page
Sonic hedgehog
d:Help:Sitelinks
d:Help:Sitelinks
Human gene data page
SHH (d:Q14860072)
→encodes (d:P:P688)→
←encoded by (d:P:P702)←
Human protein data page
Sonic hedgehog (d:Q2477760)
↑   ↓
ortholog (d:P:P684)
↑   ↓
Mouse Mouse gene data page
Shh (d:Q14860079)
→encodes (d:P:P688)→
←encoded by (d:P:P702)←
Mouse protein data page
Sonic hedgehog (d:Q14860215)
↑   ↓
ortholog (d:P:P684)
↑   ↓

Dans certains cas, la page de l'article de Wikipedia est liée à la page dédiée à la protéine de l'homme. Par exemple, pour la page Reelin.

Wikidata
(Gene)
Wikidata
(Protein)
Wikipedia
(Article)
Human Human gene data page
RELN (d:Q414043)
→encodes (d:P:P688)→
←encoded by (d:P:P702)←
Human protein data page
Reelin (d:Q13561329)
d:Help:Sitelinks
d:Help:Sitelinks
Wikipedia article page
Reelin
↑   ↓
ortholog (d:P:P684)
↑   ↓
Mouse Mouse gene data page
Reln (d:Q14331135)
→encodes (d:P:P688)→
←encoded by (d:P:P702)←
Mouse protein data page
Reelin (d:Q14331165)
↑   ↓
ortholog (d:P:P684)
↑   ↓

Localisation des données

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Les suivants sont la liste des données qui sont utilisées dans ce modèle. Afficher l'exemple de données et l'emplacement des données dans le cas de Sonic hedgehog.

Donnée Wikidata
property
Donnée exemple Donnée de localisation Autres
Homme
Gène
Page
Homme
Protéine
Page
Souris
Gène
Page
Souris
Protéine
Page
Q14860072 Q2477760 Q14860079 Q14860215

Gene name Label raw
Aliases Aliases raw
HGNC gene symbol P353 raw
Entrez Gene ID P351 raw
Image P18 (image inexistante)
Ensembl Gene ID P594 raw
UniProt ID P352 raw
EC number P591 raw
OMIM ID P492 raw
MGI ID P671 raw
HomoloGene ID P593 raw
PDB id P638 raw
Gene Atlas Image P692 raw
Gene ontology P680
P681
P682
raw
RefSeq RNA ID P639 raw
RefSeq Protein ID P637 raw
Ensembl Transcript ID P704 raw
Chromosome P1057 linked
Chromosome number P1813 raw
Chromosome length P2043 raw
Chromosome category P910 raw
Cytogenetic location P4196 linked
Genomic start P644 raw
Genomic end P645 raw
Strand orientation P2548 raw

Liens externes

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  • BioGPS, un site permettant la création automatique d'ébauches pour les pages sur les gènes humains utilisant ce modèle en anglais
  • Jon W Huss, Camilo Orozco, James Goodale, Chunlei Wu, Serge Batalov, Tim J Vickers, Faramarz Valafar et Andrew I Su, « A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function », PLoS Biology, vol. 6, no 7,‎ , e175 (PMID 18613750, DOI 10.1371/journal.pbio.0060175)


Utilisation

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Description du rôle de ce modèle à compléter.

Exemple

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{{Infobox Gène|getTemplateData|QID=Q18031947}}

An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox