Planctomycetota
Les Planctomycetota (anc. Planctomycetes), en français les Planctomycètes, sont un phylum du règne des Pseudomonadati au sein du domaine Bacteria. Son nom provient de Planctomyces qui est le genre type de ce phylum.
| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Règne | Pseudomonadati |
- Planctobacteria (Cavalier-Smith 1987) Cavalier-Smith 2020
- Planctomycetota Whitman et al. 2018
- Planctomycetaeota Oren et al. 2015
- Planctomycetes Garrity & Holt 2001
Ce sont des bactéries aquatiques qui se trouvent dans des terrains saumâtres, marins ou d'eau douce, mais aussi des bactéries terrestres qui jouent un rôle important dans le processus anammox. Elles se reproduisent par bourgeonnement. La structure des organismes de ce groupe est ovoïde avec une tige, à la terminaison non-reproductive, qui les aide à se joindre les uns aux autres au cours du bourgeonnement.
Historique
modifierLes premières bactéries de ce phylum ont été découvertes dans les années 1920[2]. Ces bactéries formaient des micro-colonies en forme de rosettes composées de cellules sphériques munies de fins pédoncules. Appartenant à l'espèce Planctomyces bekefi, ces premières bactéries n'étaient pas cultivables[2]. Elles ont d'abord été caractérisées comme des champignons planctoniques sporulants puis comme un nouvel organisme probablement précurseur des eucaryotes, et n'ont été reconnues que bien plus tard comme des bactéries[2].
Les premières bactéries cultivables de ce phylum ont été les Pirellula staleyi en 1973 (alors décrites par James T. Staley sous le nom de Pasteuria ramosa)[2] mais la première espèce formellement décrite est l'espèce Planctomyces maris trois ans plus tard[2].
Le phylum est décrit en sous le nom de groupe Planctobacteria par Cavalier-Smith, appellation qui n'a jamais connu l'adhésion de la communauté scientifique. Il a ensuite été décrit sous le nom de Planctomycetes par Garrity et Holt[2]. Adopté par les scientifiques mais publié de manière non valide, ce taxon a été republié en pour se conformer aux règles de nomenclature de l'ICSP et renommé Planctomycetota en maintenant l'autorité d'invention à Garrity et Holt mais avec la date de validation de 2021[1],[2]. Le phylum Planctomycetota est au cœur d'un potentiel superphylum nommé PVC qui engloberait les Planctomycetota, Verrucomicrobiota , Chlamydiota, Candidatus Auribacterota, Candidatus Omnitrophota, Kiritimatiellota et Lentisphaerota[2].
Caractéristiques
modifierCe sont des bactéries difficiles à cultiver. De nombreuses espèces restent encore non cultivables et beaucoup d'autres ne peuvent être qu'enrichies en milieu de culture[2]. Les premières observations de ces bactéries ont utilisé leur capacité à se fixer sur le verre pour pouvoir les examiner. Elles ont généralement comme caractéristique un temps de doublement très long et la production d'une faible biomasse[2]. La compétition avec des bactéries à croissance plus rapide oblige à l'utilisation d'antibiotiques comme les bétalactamines pour améliorer leur sélection[2]. Elles ont aussi la capacité d'utiliser la N-acétylglucosamine comme unique source de carbone[2].
Structure
modifierLes organismes appartenant à ce groupe n'ont pas de maillage en peptidoglycane dans leur paroi cellulaire. Les peptidoglycanes sont des hétéropolymères importants présent dans la plupart des parois des cellules bactériennes, qui constituent un élément de protection dans la paroi squelettique. Au lieu de cela, les parois des Planctomycetota sont constituées de glycoprotéines riches en glutamate. Les planctomycètes ont des structures internes plus complexes que ce qu'on attend généralement chez les procaryotes. Même si elles n'ont pas de noyau au sens eucaryote, leur matériel nucléaire peut parfois être enfermé dans une double membrane. En plus de ce nucléoïde, il existe deux autres structures séparées par des membranes : le riboplasme (ou pirellulosome) qui contient les ribosomes et les protéines, et le paryphoplasme qui ne contient pas de ribosomes (Glockner, 2003).
Génome
modifierLe séquençage de l'ARN ribosomique montre que les Planctomycetota sont assez éloignées des autres Eubacteria. Les taxons les plus proches semblent être les Verrucomicrobiota et Chlamydiota[3]. Un certain nombre de gènes impliqués dans des voies essentielles ne sont pas organisés en opéron, ce qui est assez inhabituel chez les bactéries (Glöckner, 2003). Des gènes de planctomycètes semblables à des gènes eucaryotes ont été mis en évidence à l'aide de comparaisons de séquences. Par exemple un gène de Gemmata obscuriglobus présente une similarité significative avec le gène de l'intégrine alpha-V, une protéine qui joue un rôle important dans la transduction du signal transmembranaire chez les eucaryotes (Jenkins et al., 2002).
Cycle de vie
modifierLe cycle de vie est constitué de deux phases où alternent une cellule sessile (immobile, accrochée à une paroi) et une cellule à flagelle. Les cellules sessiles bourgeonnent pour former des cellules à flagelle, qui iront nager un certain temps avant de se rattacher à leur tour à une paroi et commencer leur reproduction.
Taxonomie
modifierLe nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Planctomycetota Garrity & Holt, 2021[4].
Le genre type de ce phylum est Planctomyces Gimesi 1924 (Approved Lists 1980)[4].
Étymologie
modifierL'étymologie de Planctomycetota est la suivante : Planc.to.my.ce.to’ta N.L. masc. n. Planctomyces, genre type du phylum; N.L. neut. pl. n. suff. -ota, suffixe pour définir un phylum; N.L. neut. pl. n. Planctomycetota, le phylum des Planctomyces[1],[4].
Phylogénie
modifierDans sa classification controversée, Cavalier-Smith a postulé que le groupe des Planctomycetes est dans le clade Planctobacteria, dans les grandes clade Gracilicutes.
Liste des classes
modifierSelon la LPSN ()[4] ce phylum contient deux classes publiées de manière valide :
- Phycisphaerae Fukunaga et al. 2010
- Planctomycetia Ward 2020
Il contient en outre deux classes Candidatus (Ca.) en attente de publication valide :
- « Ca. Brocadiia » corrig. Jenkins & Staley 2013
- « Ca. Uabimicrobiia » Lodha et al. 2021
Habitats
modifierInitialement retrouvées dans les environnements aquatiques jusque dans les années 1970s, les bactéries de ce phylum ont depuis été isolées ou observées dans divers types d'environnements tels que des sources thermales ou des environnements hyper-salins, des tourbières acides ou même dans les liquides d'écoulements de déchets ou de compost, dans de la glace prélevée sur des glaciers et à l'opposé dans des sédiments hydrothermaux. Les bactéries de ce phylum ont aussi été observées associées à des organismes tels que les Sphaigne, les éponges et les algues marines[2].
Notes et références
modifier- 1 2 3 Oren et Garrity 2021, p. 4.
- 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Lage et al. 2025.
- ↑ Hou S., Makarova K.S., Saw J.H., Senin P., Ly B.V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M.Y., Omelchenko M.V., Wolf Y.I., Yutin N., Koonin E.V., Stott M.B., Mountain B.W., Crowe M.A., Smirnova A.V., Dunfield P.F., Feng L., Wang L., Alam M. 2008 Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, "Methylacidiphilum infernorum", a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. Biol. Direct. 3(1):26.
- 1 2 3 4 List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le .
Bibliographie
modifier- (en) F. O. Glöckner, M. Kube, M. Bauer, H. Teeling, T. Lombardot, W. Ludwig, D. Gade, A. Beck, K. Borzym, K. Heitmann, R. Rabus, H. Schlesner, R. Amann, and R. Reinhardt, « Complete genome sequence of the marine planctomycete Pirellula sp. strain 1 », PNAS, vol. 100, no 14, , p. 8298–8303 (PMID 12835416, DOI 10.1073/pnas.1431443100)
- (en) Cheryl Jenkins, Vishram Kedar, and John A. Fuerst, « Gene discovery within the planctomycete division of the domain Bacteria », Genome Biology, vol. 3, no 6, , research0031.1–0031.11
- (en) A Oren et GM Garrity, « Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 71, no 10, , p. 005056 (DOI 10.1099/ijsem.0.005056)
- (en) Olga Maria Lage, Ofélia Godinho, Rubén García-Domínguez, Lise Øvreås et Damien P Devos, « A century of research on the Planctomycetota bacterial phylum, previously known as Planctomycetes », FEMS Microbiol Rev, vol. 49, , fuaf056 (DOI 10.1093/femsre/fuaf056).
Liens externes
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- (en) Catalogue of Life : Planctomycetota Garrity & Holt, 2021 (consulté le )
- (fr + en) GBIF : Planctomycetota Garrity & Holt, 2021 (consulté le )
- (en) IRMNG : Planctomycetota Garrity & Holt, 2021 (consulté le )
- (en) LPSN : Planctomycetota Garrity and Holt 2021 (consulté le )
- (en) « Planctomycetota », sur GTDB (consulté le )
- (en) NCBI : Planctomycetota (taxons inclus) (consulté le )
- (en) Taxonomicon : Planctomycetota (consulté le )
- (en) Tree of Life Web Project : Planctomycetes (dernière mise à jour de cette page Tree of Life le )
