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L'AFIS est à l'initiative d'une pétition s'opposant à un [[moratoire]] d'un maïs OGM en France en 2007<ref>{{Lien web|url=http://www.lexpress.fr/actualite/environnement/des-scientifiques-s-en-prennent-aux-anti-ogm_468677.html|titre=Des scientifiques s'en prennent aux anti-OGM|site=lexpress.fr|mois=décembre|année=2007}}</ref>{{,}}<ref>[http://nonaumoratoire.free.fr/ Non au gel (moratoire) de la culture du maïs OGM résistant à la pyrale]</ref>. Elle a publié de nombreux articles à propos des OGM<ref>{{Lien web|url=http://www.pseudo-sciences.org/spip.php?rubrique38|titre=OGM – Afis|site=pseudo-sciences.org}}</ref>. Elle a également exercé une activité de lobbying au Sénat lors de la discussion de la loi sur les OGM en 2008<ref>{{Lien web|url=http://www.mediapart.fr/journal/france/010408/comment-le-senat-et-les-lobbies-ont-reecrit-le-projet-de-loi-ogm?page_article=2|titre=Comment le Sénat et les lobbies ont réécrit le projet de loi OGM|site=Mediapart|mois=avril,année=2008}}</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|url=http://www.agrobiosciences.org/article.php3?id_article=2265|titre=Biotechnologies & Agriculture durable, un post-Grenelle de l’environnement|site=agrobiosciences.org|mois=janvier|année=2008}}</ref>.
Ces prises de position ont suscité le départ de l'association en mars 2008 d'un des membres du comité scientifique, [[Marcel-Francis Kahn]], professeur émérite de médecine à [[Université_Paris_7|Paris 7]] au motif que {{Citation|l'AFIS s'est transformé — sans que notre avis soit sollicité — en un véritable lobby pro OGM}}<ref>http://www.combat-monsanto.org/spip.php?article114</ref>. Il met également en cause des liens entre deux membres de l'association, Marcel Kuntz et Louis-Marie Houdebine, enet raison{{Citation|Monsanto ou ses filiales}}. Ces accusations ne reposent cependant sur aucune {{Citation|preuve matérielle}} d'après Kahn lui-même<ref name="asi">{{Lien web|url=http://www.arretsurimages.net/contenu.php?id=684|site=arretsurimages.net|titre=OGM : Marie-Monique Robin contre Monsanto|jour=25|mois=04|année=2008|citation=Interrogé par @si, Marcel-Francis Kahn confirme bien volontiers qu'il est "opposé à la campagne de défense inconditionnelle des OGM menée l'Afis depuis deux ans" et qu'il juge "probable que des liens avecexistent entre ces deux chercheurs et Monsanto ou ses filiales". Mais le médecin ajoute aussitôt qu'il n'a pas connaissance de "fait précis" et qu'il ne possède "pas de preuve matérielle" pour étayer ses propos.}}</ref>. Néanmoins des liens existent entre M. Kuntz et Houdebine et certaines industries commercialisant des OGM <ref>{{Lien web|url=http://wwwfr.googleespacenet.com/patentspublicationDetails/US6437221biblio?DB=fr.espacenet.com&adjacent=true&locale=fr_FR&FT=D&date=19990408&CC=WO&NR=9916879A1&KC=A1|titre=PatentSEQUENCES US6437221PROMOTRICES -DES GeneGENES promoterET sequencesLEURS and uses thereofUTILISATIONS|site=Google PatentsEspacenet}}</ref>{{,}}<ref>http://www.bioprotein.com/fr/company.htm</ref>{{,}}<ref>https://www.google.com/patents/EP1727423A1</ref>.
L'AFIS, quant à elle, affirme son {{Citation|indépendance totale vis-à-vis de tout groupe industriel}} <ref>[http://www.pseudo-sciences.org/spip.php?article2080 Elle court, elle court la rumeur]</ref>.
 
=== Réchauffement climatique ===