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En 2009, il soutient que {{Citation|les psychothérapies psychanalytiques ont encore une place importante à tenir, moins pour éclairer sur la cause intime de l’autisme, que pour nous aider à mieux comprendre le monde interne de ces enfants dont les souffrances sont immenses}}<ref>{{Article|langue=fr|auteur1=Bernard Golse|titre=Comme si l'autisme était contagieux|périodique=[[Libération (journal)|Libération]]|date=23 septembre 2009|issn=|lire en ligne=http://www.liberation.fr/societe/2009/09/23/comme-si-l-autisme-etait-contagieux_583350|consulté le=2017-05-23|pages=}}</ref>. En 2010, il déplore dans la presse l'intervention de l'État français en faveur de la notion de [[trouble envahissant du développement]] et de [[Trouble du spectre de l'autisme|spectre de l'autisme]], et de la [[Analyse appliquée du comportement|méthode ABA]]<ref>{{Article|langue=fr|auteur1=Bernard Golse|titre=Autisme, et si l’Etat se mêlait de ses affaires?|périodique=Libération|date=27 avril 2010|issn=|lire en ligne=http://www.liberation.fr/societe/2010/04/27/autisme-et-si-l-etat-se-melait-de-ses-affaires_622887|consulté le=2017-05-23|pages=}}.</ref>, ce qui fait réagir Brigitte Axelrad, de l'[[Association française pour l'information scientifique|AFIS]], qui souligne ses positions pro-psychanalyse<ref>{{Lien web|titre=Le « packing » confirmé malgré l’absence d’intérêt thérapeutique prouvé ! - Afis - Association française pour l'information scientifique|url=http://www.pseudo-sciences.org/spip.php?article1400|site=www.pseudo-sciences.org|consulté le=2017-05-23}}</ref>.Le {{date|14|février|2012}}, pendant ''[[Le Magazine de la santé]]'' sur [[France 5]], il s'oppose aux conclusions de la [[Haute autorité de santé]] sur les [[méthodes de prise en charge de l'autisme]], et soutient que la méthode ABA n'est pas validée scientifiquement<ref>{{Lien web|nom1=Autisme2012|titre=AUTISME : la Psychanalyse mise au ban ("Le magazine de la Santé" sur France 5 le 14/02/2012)|url=https://www.youtube.com/watch?v=fXnO84nvs1A|date=2012-02-14|consulté le=2017-05-23}}.</ref>{{,}}<ref>{{lien web|url=http://www.soutenonslemur.org/2012/02/14/france-5-autisme-la-psychanalyse-mise-au-ban-analyse-des-propos-de-bernard-golse/|titre=France 5 : « Autisme – La Psychanalyse mise au ban » – Analyse des propos de Bernard Golse|éditeur=Collectif Le Mur|}}.</ref>. En 2016, il s'oppose à une proposition de loi de [[Daniel Fasquelle]], qu'il qualifie d'{{citation|adversaire fanatique de la psychanalyse}}<ref>{{Article|langue=fr-FR|prénom1=Violaine de|nom1=Montclos|titre=Autisme : le député Daniel Fasquelle en guerre contre les psys|périodique=Le Point|date=2016-12-07|lire en ligne=http://www.lepoint.fr/politique/autisme-le-depute-daniel-fasquelle-en-guerre-contre-les-psys-07-12-2016-2088649_20.php|consulté le=2017-05-23}}</ref>{{,}}<ref>{{Article|langue=fr-FR|auteur1=Bernard Golse|titre=Lettre ouverte de la CIPPA destinée aux députés|périodique=Club de Mediapart|date=2016|issn=|lire en ligne=https://blogs.mediapart.fr/bernard-golse/blog/051216/lettre-ouverte-de-la-cippa-destinee-aux-deputes|consulté le=2017-05-23|pages=}}.</ref>.
Dans le cadre des décisions de justice familiale relatives aux séparations parentales, bien que Bernard Golse désapprouve la résidence alternée des enfants lorsqu’ils sont jeunes ou lorsqu’il existe une conflictualité entre les parents séparés, sa bibliographie<ref>{{Lien web|titre="bernard golse" - Google Scholar|url=https://scholar.google.fr/scholar?start=0&q=%22bernard+golse%22&hl=fr&as_sdt=1,5&as_vis=1|site=scholar.google.fr|consulté le=2017-08-05}}</ref> montre qu’il n’est l’auteur d’aucune recherche scientifique sur ce sujet. En se basant donc sur sa propre clinique psychanalytique, Bernard Golse écrit<ref>{{Ouvrage|langue=Français|auteur1=Jacqueline Phélip et Maurice Berger|titre=Divorce, séparation: les enfants sont-ils protégés ?|passage=Préface|lieu=|éditeur=Dunod|année=2012|pages totales=278|isbn=978-2-10-057662-3|lire en ligne=}}</ref> : « ''[…] si la période de 0 à 3-4 ans comporte une spécificité particulière tout à fait cruciale à respecter, il semble également nécessaire de faire preuve de précaution pour des enfants plus âgés. En effet, de plus en plus de cliniciens […] observent des enfants plus grands qui vont mal en résidence alternée, y compris lorsque les parents ont choisi ce mode d'hébergement de façon consensuelle. Ils constatent que la perte répétée chaque semaine des personnes et des lieux peut avoir en elle-même un effet traumatique sévère et durable. […] le législateur, mais également les magistrats, se devrait aujourd'hui d'être au fait des avancées les plus récentes en matière de psychologie du développement précoce des enfants, et savoir refuser aux parents une pseudo-égalité de temps de présence, illusoire et dommageable quand l'enfant est encore jeune.'' ». Ainsi Bernard Golse n’est pas en adéquation avec le constat établi par les psychologues scientifiques suivants (liste non exhaustive) : Amandine Baude et Chantal Zaouche-Gaudron<ref>{{Ouvrage|langue=Français|auteur1=Amandine Baude et Chantal Zaouche-Gaudron|titre=Le développement de l’enfant en résidence alternée : revue de la question, Volume 58, Issue 8|passage=Pages 523-531|lieu=|éditeur=Neuropsychiatrie de l'Enfance et de l'Adolescence|année=2010|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Gérard Poussin et Elisabeth Martin-Lebrun<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Gérard Poussin et Elisabeth Lebrun-Martin|titre=A french study of children’s self-esteem after parental separation|passage=313-326|lieu=|éditeur=International Journal of Law, Policy and the Family, 16|année=2002|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Richard A Warshak<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Richard A Warshak|titre=Social science and parenting plans for young children: A consensus report|passage=46-67|lieu=|éditeur=Psychology, Public Policy, and Law, Vol 20(1)|année=Février 2014|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Robert Bauserman<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Robert Bauserman|titre=Child adjustment in joint-custody versus sole-custody arrangements: A meta-analytic review|passage=91-102.|lieu=|éditeur=Journal of Family Psychology, 16(1)|année=2002|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, William Fabricius et Linda J. Luecken<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=William Fabricius et Linda J. Luecken|titre=Postdivorce living arrangements, parent conflict, and long-term physical health correlates for children of divorce|passage=195-205|lieu=|éditeur=Journal of Family Psychology, 21(2)|année=2007|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Linda A. Nielsen<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Linda A. Nielsen|titre=Shared Physical Custody: Summary of 40 Studies on Outcomes for Children|passage=|lieu=|éditeur=Journal of Divorce & Remarriage, Volume 55|année=2014|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Joan B. Kelly<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Joan B. Kelly|titre=Children's Adjustment in Conflicted Marriage and Divorce: A Decade Review of Research|passage=963-973|lieu=|éditeur=Journal of the American Academy of Child & Adolescent Psychiatry, Volume 39, Issue 8|année=août 2000|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, Michael E. Lamb<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Joan B. Kelly and Michael E. Lamb|titre=Using child development research to make appropriate custody and access decisions for young children|passage=297–311|lieu=|éditeur=Family Court Review, Volume 38, Issue 3|année=Juillet 2000|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref> et alii. Ces psychologues chercheurs sont tous à l’origine de travaux de recherches dans le domaine des besoins de l’enfant en matière de parentalité qu'ils ont publiés dans des revues spécialisées internationales. Ainsi, Bernard Golse prend position contre l’avis des professionnels de l'enfance regroupés au sein du [http://www.filiatio.be/ciraiicsp-la-residence-alternee-en-pensees-en-paroles-en-actions-et-en-recommandations/ CIRA] et celui des 110 experts internationaux qui ont cosigné un article de consensus sur ce sujet<ref>{{Ouvrage|langue=Anglais|auteur1=Richard A. Warshak|titre=Social Science and Parenting Plans for Young Children: A Consensus Report|passage=|lieu=|éditeur=American Psychological Association|année=2014|pages totales=|isbn=|lire en ligne=}}</ref>, entre autres.
== Polémiques ==
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