Le {{date|1|janvier|1994}}, il épouse [[Melinda Gates|Melinda French]], responsable du marketing de Microsoft, avec laquelle il aura deux filles, prénommées Jennifer Katharine (née en [[1996]]) et Phœbe Adele (née en [[2002]]), et un garçon, Rory John (né en [[1999]]).
Il habite avec sa famille au bord du [[lac Washington]] près de [[Seattle]] dans une [[Maison de Bill et Melinda Gates|maison]] estimée à {{unité|131|millions}} de dollars<ref>{{en}} [http://labnol.blogspot.com/2005/05/inside-bill-gates-home.html Inside Bill Gates House - Pictures of Bill Gates Home] - Digital Inspiration, 30 mai 2005.</ref>. LeMelinda Gates contacte des avocats spécialisés dans les divorces en 2019. Cette résolution est prise notamment en raison des liens entre Bill Gates et le criminel sexuel [[Jeffrey Epstein]] à partir de 2011 selon le ''Wall Street Journal''<ref>{{Article |langue=en-US |prénom1=Emily Glazer and Khadeeja |nom1=Safdar |titre=Melinda Gates Was Meeting With Divorce Lawyers Since 2019 to End Marriage With Bill Gates |périodique=Wall Street Journal |date=2021-05-09 |3issn=0099-9660 mai|lire en ligne=https://www.wsj.com/articles/melinda-gates-was-meeting-with-divorce-lawyers-since-2019-to-end-marriage-with-bill-gates-11620579924 |consulté le=2021-05-29 }}</ref>. Un article du ''New York Times'' évoque également des conduites inappropriées au sein de l'entreprise Microsoft comme de leur fondation<ref>{{Article |langue=en-US |prénom1=Emily |nom1=Flitter |prénom2=Matthew |nom2=Goldstein |titre=Long Before Divorce, Bill etGates MelindaHad GatesReputation annoncentfor leurQuestionable Behavior |périodique=The New York Times |date=2021-05-16 |issn=0362-4331 |lire en ligne=https://www.nytimes.com/2021/05/16/business/bill-melinda-gates-divorce-epstein.html |consulté le=2021-05-29 }}</ref>. Le divorce, qui devrait être prononcé au printemps 2021<ref>[https://www.wsj.com/articles/melinda-gates-was-meeting-with-divorce-lawyers-since-2019-to-end-marriage-with-bill-gates-11620579924 2022].</ref>, est annoncé sur les réseaux sociaux le {{date-|3 mai 2021}}<ref>{{Article |langue=en |auteur1=Rupert Neate |titre=Bill and Melinda Gates to divorce after 27 years of marriage |périodique=[[The Guardian]] |date=04-05-2021 |lire en ligne=https://www.theguardian.com/technology/2021/may/03/bill-gates-divorce-melinda-gates-billionaire-couple |accès url=libre |consulté le=04-05-2021}}.</ref>{{,}}<ref>{{Article |auteur1=Le Monde avec [[Agence France-Presse|AFP]] |titre=Bill Gates et sa femme Melinda annoncent leur divorce |périodique=[[Le Monde]] |date=04-05-2021 |lire en ligne=https://www.lemonde.fr/international/article/2021/05/04/bill-gates-et-sa-femme-melinda-annoncent-leur-divorce_6078971_3210.html |accès url=libre |consulté le=04-05-2021}}.</ref> qui devrait être prononcé au printemps<ref>[https://www.wsj.com/articles/melinda-gates-was-meeting-with-divorce-lawyers-since-2019-to-end-marriage-with-bill-gates-11620579924 2022].</ref>.