Il s'est également opposé à la protection du [[loup gris en France]] (espèce protégée et dont la population locale est classée en danger par l'[[Union internationale pour la conservation de la nature]]) et s'est positionné en faveur de sa chasse<ref>{{Lien web|titre=Quand José Bové crie haro sur le loup|url=https://www.lemonde.fr/planete/article/2012/08/02/quand-jose-bove-crie-haro-sur-le-loup_1741618_3244.html|site=lemonde.fr|date=2 août 2012}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|titre=José Bové, le loup et les naturalistes...|url=http://www.politis.fr/Jose-Bove-le-loup-et-les,19178.html|site=politis.fr|date=6 août 2012}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|titre=José Bové : « Il faut éliminer le loup|url=http://www.ledauphine.com/societe/2014/01/03/jose-bove-il-faut-eliminer-le-loup|site=ledauphine.com|date=4 janvier 2014}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|titre=Lozère : Bové fait le procès du loup|url=http://www.lepoint.fr/environnement/lozere-bove-fait-le-proces-du-loup-15-09-2015-1964962_1927.php|site=lepoint.fr|date=15 septembre 2015.}}.</ref>.
Après être venu à Épannes (Deux-Sèvres) le dimanche 11 octobre 2020 pour soutenir la lutte contre le projet de 16 réserves de substitution prévues sur le bassin du Mignon, José Bové a déclaré " '''C'est de l'agriculture Shadoks, et l'on sait comment ils ont terminé à force de pomper''' " et à agité la menace de la " '''désobeissance civile'''<ref>{{Lien web |titre=https://www.lanouvellerepublique.fr/deux-sevres/commune/saint-hilaire-la-palud/jean-luc-melenchin-et-jose-bove-ont-embarque-ce-matin-dans-le-marais-poitevin |url=https://www.lanouvellerepublique.fr/deux-sevres/commune/saint-hilaire-la-palud/jean-luc-melenchin-et-jose-bove-ont-embarque-ce-matin-dans-le-marais-poitevin |site=lanouvellerepublique.fr |consulté le=2021-07-05}}</ref> " face à ce projet soutenu par la politique régionale de Nouvelle Aquitaine du président Alain Rousset, politique qualifiée par José Bové "'''d'absurdie'''" lors de son allocution publique devant les manifestants.
Mais lors des élections régionales de Nouvelle Aquitaine en 2021, José Bové a publiquement apporté son soutien au président sortant de la région Alain Rousset en indiquant que ce dernier était "''...aujourd’hui lui qui est le mieux placé pour engager la transition écologique de la société et faire barrage à la montée de la radicalité et de la haine qui progressent partout en France''"<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=VIDEO. Pour les régionales, José Bové, ex-eurodéputé Vert, soutient…Alain Rousset ! |url=https://www.charentelibre.fr/2021/06/17/video-pour-les-regionales-jose-bove-ex-eurodepute-vert-soutient-alain-rousset,3758218.php |site=CharenteLibre.fr |consulté le=2021-07-05}}</ref><ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Élections régionales en Nouvelle-Aquitaine : José Bové soutient Alain Rousset |url=https://www.sudouest.fr/elections/regionales/elections-regionales-jose-bove-soutient-alain-rousset-3797599.php |site=SudOuest.fr |consulté le=2021-07-05}}</ref> via la presse et une vidéo postée sur la chaîne Youtube AR21<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=AR21 Soutien de José Bové |url=https://www.youtube.com/watch?v=hRjOUoYZNRw |consulté le=2021-07-05}}</ref> créée pour soutenir la candidature du président sortant. Ce soutien, au détriment du candidat EELV Nicolas Thierry maintenu au second tour de cette même élection, a stupéfait les militants anti-bassines qui s'opposent à la politique du président Rousset, fervent partisan des réserves de substitution. Ce soudain soutien a été vécu comme un revirement de parole suite à l'intervention à Épannes citée plus haut et une véritable trahison de la part de José Bové envers les militants qui lui avaient fait confiance.
=== Opposition à la recherche et à l'action scientifique en lien avec le vivant ===
