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:::::::::::::# Penses-tu sérieusement que le nombre d'occurrences est un indicateur fiable de quel nom doit être favorisé ? Si non, pouvons-nous le reconnaître explicitement, et en conséquence cesser d'employer ces arguments moisis ? Si oui, nous aurons du mal à échanger.
:::::::::::::Cordialement, [[Utilisateur:Totodu74|Toto<small><small>du</small></small>74]] <small>([[Discussion Utilisateur:Totodu74|devesar…]])</small> 19 octobre 2021 à 16:07 (CEST)
::::::::::::::@[[Utilisateur:Basile Morin|Basile Morin]]@[[Utilisateur:Hexasoft|Hexasoft]]@[[Utilisateur:Totodu74|Totodu74]]
::::::::::::::*Taxonomie ou Taxinomie? Quand je te dit qu'en bactério, on utilise Taxonomie c'est qu'on enseigne et utilise taxonomie et rien d'autre (taxinomie est un synonyme ultra minoritaire surtout utilisé dans les autres domaines et désormais désuet). Une preuve?
::::::::::::::[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=%22taxinomie%22&sort=date Taxinomie] utilisé à 10 reprises dans les articles scientifiques en français depuis 1966 dont 6 fois dans les années 60 et 70, et la dernière utilisation date de 2013
::::::::::::::[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=%22taxonomie%22&sort=date Taxonomie] utilisé 175 fois depuis 1955 dont 8 fois dans les années 20 (euh 2020), 32 fois dans les années 2010, etc
::::::::::::::Je te laisse regarder les courbes mais tu vas encore essayer de contredire ou travestir la réalité des faits.
::::::::::::::Si tu veux on peut faire le test aussi sur Thèse.fr, le répertoire des thèses françaises (la mienne y est d'ailleurs).
::::::::::::::Allez c'est parti, sans distinction bactérie ou plante ou eucaryotes, etc.
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxonomie%22 "Taxonomie"] 3250 thèses
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxinomie%22 "Taxinomie"] 1148 thèses, ça fait quand même 3 fois plus pour Taxo que Taxi et ce sans distinction. Tu veux une distinction allez, on rajoute bactérie, chiche?
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxinomie%22+bact%C3%A9rie Taxinomie + bactérie] 18 thèses
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxonomie%22+bact%C3%A9rie Taxonomie + bactérie] 182 thèses, hum ça fait 10 fois plus non? (je t'épargne le chiffre après la virgule).
::::::::::::::Allez on change bactérie par Procaryote?
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxonomie%22+procaryote Taxonomie + procaryote] 96 thèses
::::::::::::::[http://www.theses.fr/fr/?q=%22taxinomie%22+procaryote Taxinomie + procaryote] 10 thèses, ça fait combien de fois moins? (presque 10 fois non?, allez on met la virgule, 9.6 fois, si je calcule bien de tête). Au fait, je t'ai dit que dans les résultats taxinomie et procaryote, le titre de la première thèse qui sort, c'est "TaxOnomie et inférence fonctionnelle des procaryotes"??? le titre du 4è résultat, c'est "Taxonomie des bactéries anaérobies ; De la reclassification à la découverte de nouveaux pathogènes" (zut 10-2=8 donc 96/8=12 12 fois moins...).
::::::::::::::Un nouveau test
::::::::::::::Taxonomie + Klebsiella =>138 thèses
::::::::::::::Taxinomie + Klebsiella => 8 thèses
::::::::::::::on peut continuer comme ça longtemps.
::::::::::::::*Concernant la publication d'Appel et al, l'identification bactérienne est la base même de la systématique et de la taxonomie. Pour différencier des espèces entre elles ou des genres, il faut des tests (séquençages, hybridation ADN-ADN, tests phénotypiques, etc) et c'est justement ce qu'ils montrent dans leur article, la capacité de différencier les ''Klebsiella'' du groupe ''K. pneumoniae'', des ''Raoultella spp.'' ou des ''Klebsiella'' du groupe ''K. oxytoca'' et d'ailleurs, ils citent ''Janda et al 2018'' (qui parle de modern bacterial taxonomy).
::::::::::::::*L'article de Saati-Santamaria et al. et son allusion au cut-off utilisé par Ma est une remise en cause directe puisqu'il affirme qu'il n'y a pas de valeurs reconnues, donc proposer une comb. nov sur des valeurs non reconnues est un peu incongru...
::::::::::::::*Quand aux aspirations personnelles sur les paraphylie, on est sur Wikipedia et on se doit de donner des informations fiables pour un article. On est pas là pour écrire un article TI qui mériterait sa place dans IJSEM, JCM, Nature ou autres. Les sources les plus importantes fiables actuellement, c'est que le genre ''Raoultella'' est reconnu officiellement depuis 2001 et plus du tout l'ancien nom de ces espèces. Si ça change un jour officiellement après notification dans une "validation list" de l'IJSEM ou validation par l'ICSP alors il faudra changer l'article dans WP. Ce n'est pas le cas actuellement.
::::::::::::::*Des propositions de nouveaux noms, de nouvelles combinaisons, de retour à d'anciennes dénominations, il en existe des centaines et des centaines qui n'ont jamais été validées. C'est pour cela qu'il faut attendre une éventuelle hypothétique validation sinon c'est du pur TI en dehors de toutes les règles de WP et qui plus est fausse scientifiquement si on publie cela dans WP sans validation scientifique !
::::::::::::::*Klebsiella, un seul genre, 2 genres, 3 genres , plus... difficile à dire. Toutes les études phylogéniques (monogénique, digénique, genome entier, proteome, etc...) ainsi que les résultats d'hybridation ADN-ADN ou la DDH ou l'ANI ou les test phénotypiques montrent clairement 3 à 4 groupes distincts au sein du clade Klebsiella (exemple [https://www.researchgate.net/figure/Klebsiella-phylogeny-Tree-for-108-genomes-based-on-a-293-Mbp-alignment-rooted-at-the_fig1_262927765 Bent et al. malgré le biais d'utilisation d'énormément de séquences de Kpn], idem pour la publi [https://www.researchgate.net/figure/Phylogenetic-tree-of-16S-rRNA-gene-sequences-showing-the-position-of-Klebsiella-variicola_fig2_280390942 de Lin et al.]... Se plaindre que Raoultella est monophylétique mais qu'il casse la monophylie des Klebsiella, c'est juste une preuve supplémentaire que le clade Klebsiella n'est pas monophylétique. Ah oui, j'oubliai une des grosses erreurs de Ma et al. 2021, dire qu'un groupe (Raoultella) est au milieu des Klebsiella alors qu'il suffit faire tourner l'axe du noeud pour que le groupe Raoultella soit placé à l'extérieur est juste de l'amateurisme. Ce serait valable exclusivement si le groupe "Raoultella" était positionné sur un noeud interne à l'arbre phylogénique or il l'est sur le noeud le plus externe et montre donc soit une certaine méconnaissance de la phylogénie, soit une volonté (classique dans les publications) d'essayer de faire paraître les données dans le sens des affirmations de l'article (tout le contraire de la science, ce n'est pas à l'idée de façonner l'ordre des données, ce sont les données qui doivent aider à la décision)...
::::::::::::::*Pour rappel, le clade Klebsiella est débattu dans tous les sens depuis longtemps et notamment l'appartenance au même genre entre K. pneumoniae et K. oxytoca est très débattu et une première proposition de séparer scinder le genre Klebsiella en deux existait déjà en 1974 avec d'un côté K. pneumoniae et de l'autre K. oxytoca (Raoultella est très proche de K. oxytoca beaucoup moins de Kpn). Bref, la composition du clade Klebsiella est mouvante et loin d'être stabilisée. Mais pour en revenir à l'article, seuls les faits officiels (validation list, etc) comptent et pas les propositions qui ne sont que des propositions.
::::::::::::::cordialement [[Utilisateur:GF38storic|GF38storic]] ([[Discussion utilisateur:GF38storic|discuter]]) 20 octobre 2021 à 00:09 (CEST)
=== Avis ===
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