En 2001, François Gernigon intègre l’équipe municipale de [[Saint-Sylvain-d'Anjou|Saint-Sylvain-d’Anjou]], commune de 4 800 habitants, en qualité d’Adjoint aux Finances, fonction exercée jusqu’en 2014, lorsqu'il est élu Maire de sa commune.
Après 14 années de responsabilités municipales, François Gernigon, brigue, au mois de mai 2015, le siège de Conseiller départemental sur le [[Canton d'Angers-6|Canton d’Angers-6]]. Il est élu avec Véronique Goukassow, adjointe au maire de [[Seiches-sur-le-Loir]] et sont réélus en 2021.
En 2016, avec Jean-Pierre Mignot, Maire de [[Pellouailles-les-Vignes]], ils proposent à leurs équipes municipales respectives de créer [[Verrières-en-Anjou|Verrières-en-Anjou]], commune nouvelle de 7 500 habitants. Il en devient le premier maire.
En 2020, il est réélu dans ses fonctions de Maire de la commune de Verrières-en-Anjou, et devient Vice-Président aux Finances d'[[Angers Loire Métropole]], sous la présidence de [[Christophe Béchu]].
