Variovorax
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Variovorax est un genre de bactéries gram négatives de la famille des Comamonadaceae.
Historique
modifierLe genre Variovorax a été créé en 1991 à partir de l'espèce Alcaligenes paradoxus lorsqu'il a été remarqué que celle-ci n'était pas reliée phylogénétiquement aux autres Alcaligenes[1].
Description
modifierLes bactéries du genre Variovorax sont formées de cellules aérobies seules ou en paires ayant la forme de bâtonnets droits ou légèrement incurvés. La taille de ces bactéries est de 0,5 µm à 0,6 µm de large et de 1,2 µm à 3 µm. Elles sont mobiles par l'intermédiaire de un à trois flagelles péritriches[1],[2]. Le diamètre des flagelles est de 15 à 17 nm[2]. Les pili sont présents aux extrémités polaires[2]. LA paroi cellulaire des Variovorax est typique de celle des bactéries à Gram négatif avec une membrane externe séparée de la membrane cytoplasmique par une couche de peptidoglycanes[2].
En culture, une bonne croissance peut être obtenue sur des milieux contenant des carbohydrates, des acides organiques ou du peptone[3]. Les colonies sont de couleur jaunes[1].
Ce sont des bactéries oxydase et catalase positives. Elles sont chemorganotrophes mais certaines souches peuvent avoir une croissance lithoautotrophe avec de l'hydrogène utilisé comme source d'énergie (ces souches forment le biotype I, les autres étant du biotype II). Le métabolisme oxydatif des glucides est possible avec l'oxygène comme accepteur d’électrons terminal[1]. Le contenu en bases nucléiques G et C est de 66,8 % et 69,4 %[4],[2].
Croissance racinaire
modifierLes bactéries du genre Variovorax ont été caractérisées comme des bactéries capables de favoriser la croissance racinaire des Arabidopsis. Elles ont la capacité d'inhiber l'inhibition provoquée par l'auxine et l'éthylène[5].
Dépollution biologique
modifierLes différentes espèces de Variovorax peuvent être impliquées dans la bioremédiation, c'est-à-dire, la dégradtion des xénobiotiques et la dépollution biologique[6].
Liste des espèces
modifierSelon LPSN (28 mai 2024)[7], le genre Variovorax comprend 13 espèces publiées de manière valide :
- Variovorax boronicumulans Miwa et al. 2008
- Variovorax defluvii Jin et al. 2012
- Variovorax dokdonensis Yoon et al. 2006
- Variovorax durovernensis Alcolea-Medina et al. 2023
- Variovorax ginsengisoli Im et al. 2010
- Variovorax gossypii Kämpfer et al. 2015
- Variovorax guangxiensis Gao et al. 2015
- Variovorax humicola Nguyen & Kim 2016
- Variovorax paradoxus (Davis 1969) Willems et al. 1991
- Variovorax rhizosphaerae Nguyen et al. 2018
- Variovorax robiniae Nguyen et al. 2018
- Variovorax soli Kim et al. 2006
- Variovorax ureilyticus Nguyen et al. 2018
Le genre compte également deux espèces publiées de manière non valide et dont le nom n'est que le nom préféré mais pas accepté selon les standards de l'ICSP, ce sont les espèces suivantes[7] :
- "Variovorax beijingensis" Gao et al. 2020
- "Variovorax terrae" Woo et Kim 2022
Taxonomie
modifierLe nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Variovorax Willems et al. 1991[7],[1].
L'espèce type est : Variovorax paradoxus (Davis 1969) Willems et al. 1991[7],[4].
Étymologie
modifierL'étymologie du nom de ce genre est la suivante : Va.ri.o.vo.rax. L. masc. adj. varius, divers, varié; L. adj. vorax, vorace; N.L. masc. n. Variovorax, bacterie qui dévore une grande variété de substrats[7].
Phylogénie
modifierL'analyse phylogénétique des séquences de l'ARN ribosomal 16S de ce qui était considéré comme l'espèce Alcaligenes paradoxus a démontré que cette espèce n'appartient pas aux Alcaligenes mais à un nouveau genre appelé Variovorax. Ce taxon est équidistant des autres taxons présent dans la famille Comamonadaceae en 1991, à savoir les genres Acidovorax, Comamonas, Hydrogenophaga, et Xylophilus[4] et fait partie des Betaproteobacteria[8].
Références
modifier- Willems et et al. 1991, p. 446.
- Willems, Mergaert et Swings 2006, p. 732.
- Willems et et al. 1991, p. 446-447.
- Willems et et al. 1991, p. 447.
- Michel Delseny, « Le genre Variovorax, un acteur clé du microbiome racinaire », Comptes Rendus Biologies, vol. 343, no 3, , p. 221-222 (DOI 10.5802/crbiol.28)
- (en) Nisha Ghimire, Byeollee Kim, Chang-Muk Lee et Tae-Jin Oh, « Comparative genome analysis among Variovorax species and genome guided aromatic compound degradation analysis emphasizing 4-hydroxybenzoate degradation in Variovorax sp. PAMC26660 », BMC Genomics, vol. 23, no 375,
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 28 mai 2024
- Willems, Mergaert et Swings 2006, p. 735.
Bibliographie
modifier- Publication originale (en) A Willems, J De Ley, M Gillis et K. Kersters, « Comamonadaceae, a new family encompassing the acidovorans rRNA complex, including Variovorax paradoxus gen. nov., comb. nov., for Alcaligenes paradoxus (Davis) 1969. », Int. J. Syst. Bacteriol., vol. 41, no 3, 1re juillet 1991, p. 445-450 (DOI 10.1099/00207713-41-3-445)
- (en) Anne Willems, Joris Mergaert et Jean Swings, « Genus X. Variovorax Willems, De Ley, Gillis and Kersters 1991a, 446VP », dans David R. Boone, Don J. Brenner, Fred A. Rainey, George Garrity, James T. Staley, Karl-Heinz Schleifer, Michael Goodfellow, Noel R. Krieg, Paul De Vos, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. Two. The Proteobacteria (Part C), SpringerUS, , 1388 p., p. 732-735
Liens externes
modifier- (en) Référence Catalogue of Life : Variovorax Willems et al., 1991 (consulté le )
- (fr + en) Référence EOL : Variovorax (consulté le )
- (fr + en) Référence GBIF : Variovorax Willems et al., 1991 (consulté le )
- (fr) Référence INPN : Variovorax Willems, De Ley, Gillis & Kersters, 1991 (TAXREF) (consulté le )
- (en) Référence IRMNG : Variovorax Willems, De Ley, Gillis & Kersters, 1991 (consulté le )
- (fr + en) Référence ITIS : Variovorax Willems et al., 1991 (consulté le )
- (en) Référence LPSN : Variovorax Willems et al. 1991 (consulté le )
- (en) Référence NCBI : Variovorax (taxons inclus) (consulté le )
- (en) Référence Taxonomicon : Variovorax Willems et al. 1991 (consulté le )
- (en) Référence WoRMS : Variovorax Willems, De Ley, Gillis & Kersters, 1991 (+ liste espèces) (consulté le )
