Discussion:Phytophthora alni

Appel à l'aide

@Jean-Christophe BENOIST : il me semble que tu avais compris que les champignons englobent non seulement les Fungi mais aussi tout un tas d’autres choses dont les Oomycetes (cf. ici). Pourrais-tu expliquer cela à @Abalg qui essaye encore de faire passer sur cet article son point de vue erroné que « champignon » et « Fungi » seraient synonymes et que les Oomycetes ne seraient pas des champignons ? TED 22 avril 2022 à 01:02 (CEST)

TED Premièrement : si nous en sommes là, c'est en grande partie parce que tu as refusé toutes les améliorations substancielles de la page champignon qui se retrouve donc dans une impasse par ta faute. J'aimerais que tu arrètes ton travail de sape du projet et que tu ne me harcèles pas comme tu l'as fait à maintes reprises avec d'autres personnes. Pour être clair : moins nous avons de contacts, mieux je me porte.

Deuxièmement et bonjour Jean-Christophe BENOIST au passage : les Oomycètes sont un ordre différent des Fungi : on est d'accord là dessus (au cas où). Or, il n'est pas du tout évident que les Oomycètes soient inclus dans les champignons culturellement parlant. On retrouve des définitions comme dans ce Pdf que j'ai utilisé dans l'article :

« Oomycète : micro-organisme filamenteux appartenant au règne des straménopiles et se différenciant des champignons par la production de zoospores nageuses dans l’eau. »

D'autres en anglais parlent de pseudochampignons (fungus-like) autre source utilisée dans l'article et de champignon-algue car les Oomycètes sont proches des Diatomées et des Algues brunes, mais il s'agit également d'une classification obsolète. Je te conseille la lecture de mon vénéré Marc-André Selosse (Animal ou végétal ? Une distinction obsolète.) qui aborde exactement cette notion de nom vernaculaire qui n'a plus de sens pour de nombreux règne. Et comme lui, je parlerai d'« organisation champignon » commune entre la Fonge, les Oomycètes et al.. Attention, je ne dis pas qu'il ne faut pas utiliser le terme de champignon sur l'encyclopédie : je dis que dans les cas où sa définition est trop floue comme c'est le cas avec les Oomycètes, nous devrions faire preuve de la plus grande prudence car champignon est trop inconsistant dans ce cadre pour pouvoir être employé dans la rigueur scientifique qui nous incombe. Si il faut faire un compromis, je propose de mettre en intro pseudochampignon. Abalg ^Bzzzzzz 22 avril 2022 à 02:33 (CEST)

Conflit d’édition —

Cela fait bien longtemps que je refuse tout contact avec toi en application des recommandations, et tu l’as bien compris, et tu en profites pour continuer tes attaques personnelles puisque tu sais que je n’y répondrai pas.

Je n’ai jamais voulu de blocage de l’article, bien au contraire. Je me suis opposé à la fusion Fungi-Champignon que tu continues apparemment à défendre, mais j’avais à plusieurs reprises demandé que l’article champignon devienne autre chose. S’il y a eu un blocage, c’est bien de ta part avec le refus d’autre chose que la fusion.

Tu détournes les propos de Marc-André Selosse (que je connais bien) : il dit très clairement et à plusieurs reprises que les Oomycètes sont des champignons et que les champignons ne sont pas monophylétiques. C’est exactement ce que je dis depuis le début !! (et il ne parle qu’une seule fois d’organisation « champignon » = pas de quoi généraliser cette expression). Et il ne faut pas essayer de coller à l’anglais qui a des termes totalement différents, et parfois trompeurs : Fungi, fungus (au pluriel : fungi, mais à ne pas confondre avec Fungi, et j’ai l’impression que tu le fais allègrement), mold, slime mold, mushroom, toadstool, etc. Les termes comme « champignons vrais », « pseudo-champignons » ou pire : « champignons-algues » sont à éviter à mon sens car ils n’ajoutent que plus de confusion à une situation pourtant simple : ce sont tous des champignons.

Bref, merci d’éviter à nouveau et encore tes sempiternelles attaques personnelles : je n’ai aucune « faute » à me reprocher dans cette histoire, je n’ai jamais « refusé les améliorations substantielles », je n’ai jamais « entrepris un travail de sape », et encore moins « harcelé » qui que ce soit, le tout étant donné sans aucun diff… (je peux en revanche retrouver tous les diff avec tes attaques personnelles à mon encontre, et on verra bien alors qui harcèle qui). C’est pour cela que j’ai lancé cet appel à l’aide (merci au passage de ne pas déformer mes propos en changeant le titre de la section) en demandant à @Jean-Christophe BENOIST un avis externe à nos désaccord. TED 22 avril 2022 à 03:19 (CEST)

Bonjour à tous. Si j'ai bien compris, le coeur de la polémique est de savoir s'il faut (ou non) utiliser des termes de Pseudochampignon ou Champignon-algue, au lieu de champignon tout court ? Peut être encore plus profondément, il y a peut-être une opposition entre une approche phylophylétique et phylogénétique des classifications ?

Sur le terme pseudochampignon : je ne sais pas ce que c'est, et le lien est rouge, donc le voyant est rouge aussi. Le terme "champignon" n'étant pas phylogénétique, c'est déjà un "pseudo" taxon à la base quelque-part, je ne vois pas pourquoi on l'utilise, cela fait pseudo-pseudo quelque part et le lien est rouge.

Sur le terme "Champignon-algue" : là j'ai du mal à avoir un avis. Les deux termes "Champignon" et "Champignon-algue" sont imprécis et ne sont pas phylogénétiques. Dans leur imprécision, "champignon-algue" est peut-être plus précis ? Comment les sources (francophones) présentent-elle, phylophylétiquement, les phytophtora alni ? Jean-Christophe BENOIST (discuter) 22 avril 2022 à 08:17 (CEST)

Bonjour Abalg, Jean-Christophe BENOIST et TED . Si je puis m'immiscer, il serait bienvenu TED d'apporter des sources à tes affirmations, comme le fait Abalg. Amicalement,--74laprune (discuter) 22 avril 2022 à 09:12 (CEST)

@74laprune : je parle de l’article de Marc-André Selosse dans Pour la Science de décembre 2006 qu’Abalg détourne complètement :

• « certains champignons, nommés eumycètes » (page 68, colonne de droite, lignes 18-19) : c’est bien certains champignons et pas tous les champignons (cf. aussi plus loin) ;
• « Les champignons (en marron) sont constitués de deux lignées éloignées. » (page 68, dans la légende de la figure 2) : les deux lignées en marron dans la figure sont les Fungi et les Oomycetes ;
• « champignons, dont les cellules sont elles aussi dotées d’une paroi et d’une vacuole, mais qui ne sont pas photosynthétiques […] Rappelons d’abord une définition des champignons. Ils sont hétérotrophes (ils se nourrissent de molécules organiques) et, leur paroi empêchant toute phagocytose, absorbent de petites molécules diffusant à travers cette paroi (on parle d’absorbotrophie). […] les champignons sont formés de fins filaments, nommés hyphes […] » (page 70) = c’est bien la définition générale des champignons qui englobent Fungi et Oomycetes ;
• « Filamenteux, hétérotrophes, dotés de paroi et absorbotrophes... Un seul groupe monophylétique réunit-il ces caractéristiques ? Encore une fois, à l’instar de la photosynthèse, la réponse est non : deux lignées indépendantes répondent à cette définition (en brun sur la figure 2). Les eumycètes, […] ; les oomycètes […] » : on peut difficilement être plus clair sur le fait que les champignons réunissent Fungi et Oomycetes !

De façons ahurissante, Abalg a pourtant choisi de retenir de cet article le contraire de ce qui est écrit : les Oomycètes ne seraient pas des champignons ! C’est très clairement du détournement de source ! TED 23 avril 2022 à 01:41 (CEST)

Oui, Selosse affirme que les champignons sont un regroupement lié à leur stratégie écologique qui est apparue plusieurs fois au cours de l'évolution. Pas un taxon. — Abalg ^Bzzzzzz 23 avril 2022 à 12:44 (CEST)

Oomycètes = champignons?

Jean-Christophe BENOIST, TED a habillement transformé le débat, il s'agit de savoir si les Oomycètes sont des champignons. — Abalg ^Bzzzzzz 22 avril 2022 à 09:07 (CEST)

Pas de procès d'intention SVP ! C'est exactement en ces termes que TED a présenté le débat tout au départ. C'est moi qui a essayé de le recentrer sur le revert de ce matin et sur les termes utilisés dans le revert, pour être plus proche du "terrain". Mais comme tout le monde (y compris TED !) semble d'accord pour présenter le conflit en ces termes, allons y. Je répondrais un peu plus tard. D'une part il faut que je réfléchisse, d'autre part je n'ai pas beaucoup de temps en journée. Jean-Christophe BENOIST (discuter) 22 avril 2022 à 09:39 (CEST)

D'ac. Par contre, n'oubliez pas de sourcer vos propos. — Abalg ^Bzzzzzz 22 avril 2022 à 10:29 (CEST)

Avant, il faut éclaircir certains points. Il semble qu'il existe 3 niveaux de définition de "Champignon". 1) Un niveau "vernaculaire", culturel, informel et non scientifique 2) Un niveau phylophylétique (je ne suis pas sûr du terme, corrigez moi) bref : un niveau scientifique, obsolescent, qui classifie scientifiquement selon des caractéristiques externes 3) Un niveau scientifique fondé sur la phylogénie, mais là il s'agit (d'un avis unanime je crois) des Fungi. S'il y a d'autres sens, faites le moi savoir, mais cela ne change rien dans le fond de ce qui suit.

Mais donc, quand on dit "les oomycètes sont des champignons" il s'agit de dire à quel niveau de définition de "champignon" on fait allusion, sinon cela n'a aucun sens et aucune solution. Le sens 2) étant obsolescent, je pense que on devrait vraiment éviter de faire (implicitement) référence à ce niveau. Le sens 3) ayant un nom officiel, il faudrait utiliser "Fungi" en lieu et place. Donc il reste le sens 1).

Le problème est aussi que les sources ne disent pas forcément non plus à quel sens ils font allusion. Cela ne simplifie pas les choses : il faut voir le contexte.

Dans le sens 1), l'article Champignon dit (à tort ou à raison) que les oomycètes sont des "champignons". Il faudrait déjà résoudre le problème (s'il y en a un dans le sens 1)) dans cet article.

Sinon, pour cet article (et sans doute pour beaucoup d'autres !), il faudrait trouver un consensus sur ce que l'on dit dans un RI. Dans la première phrase, on pourrait (et sans doute on devrait) s'en tenir à des sens scientifiques, précisément définis, et éviter de mélanger choux et carottes, c'est à dire des noms vernaculaires et des noms phylogénétiques. Mais il n'est pas interdit - a priori du moins - de dire que telle ou telle espèce est vernaculairement considérée comme un "champignon", en spécifiant explicitement que c'est un terme vernaculaire, en tout cas tant que le RI de Champignon est ce qu'il est. Jean-Christophe BENOIST (discuter) 22 avril 2022 à 12:56 (CEST)

Un petit post-scriptum, en lien avec ce qui précède : je suis songeur devant la catégorie Catégorie:Espèce de champignons (nom scientifique). Compte tenu de ce qui précède, cela devrait être Catégorie:Espèce de Fungi, non ? Il ne faut pas employer "champignon" à toutes les sauces Et surtout "Champignon" et "Nom scientifique" semble être un oxymore. --Jean-Christophe BENOIST (discuter) 22 avril 2022 à 12:59 (CEST)

Jean-Christophe BENOIST, même s'il n'est pas sourcé, je partage entièrement votre avis ainsi que vos conclusions. Malheureusement, les tentatives de clarification du terme champignon ayant été sapées les deux années passées, le fait que les Oomycètes fassent partie du sens 1) ne fait pas du tout consensus au sein du projet. De plus, à propos des usages culturels nommant le groupe des Oomycètes et plus largement des Chromistes, sont sourcés (cf supra) pseudochampignon et champignon-algue. Et ce, même s'ils correspondent à d'anciens regroupements phylogénétiques comme l'est champignon. En conclusion, comme vous le dites avec justesse, « le sens 2) étant obsolescent, je pense [aussi] que on devrait vraiment éviter de faire (implicitement) référence à ce niveau. ». En réponse à la possibilité que vous laissez d'utiliser les anciens termes vulgarisés et vernaculaires, je propose ces phrases d'intro :

Phytophthora alni est un complexe d'espèces d'oomycètes du genre Phytophthora. Ces organismes à la biologie intermédiaire sont parfois réunis au sein des champignons, des pseudochampignons ou des champignons-algues.

Qu'en dites-vous? — Abalg ^Bzzzzzz 22 avril 2022 à 15:22 (CEST) P.S. Quant à la catégorie, n'allons pas plus vite que la musique, un problème après l'autre, si vous voulez bien.

Votre proposition étant dans la ligne de ce que je proposais (termes précisément définis en 1ère phrase, compléments "vernaculaires" ensuite) elle me parait forcément très bien. Mais il y a peut-être des inconvénients potentiels que je ne vois pas. Mais il me semble que on converge. Jean-Christophe BENOIST (discuter) 22 avril 2022 à 15:34 (CEST)

Joli WP:POINT d’Abalg qui ouvre une deuxième discussion sur la même question (ce que @Jean-Christophe BENOIST confirme dans sa première intervention de la section) pour désorganiser la discussion pour son argumentation personnelle… c’est regrettable !

@Jean-Christophe BENOIST : tu te trompes, il n’y a pas plusieurs niveaux de définition de « champignon » : il n’y en a qu’un, et c’est la définition rappelée par Marc-André Selosse dans Pour la Science de décembre 2006 : « champignons, dont les cellules sont elles aussi dotées d’une paroi et d’une vacuole, mais qui ne sont pas photosynthétiques […] Rappelons d’abord une définition des champignons. Ils sont hétérotrophes (ils se nourrissent de molécules organiques) et, leur paroi empêchant toute phagocytose, absorbent de petites molécules diffusant à travers cette paroi (on parle d’absorbotrophie). […] les champignons sont formés de fins filaments, nommés hyphes […] ». C’est bien une définition scientifique. Ce n’est pas un groupe monophylétique (point sur lequel Marc-André Selosse insiste beaucoup : cf. ma réponse dans la section ci-dessus), et il comprend plusieurs lignées = plusieurs groupes monophylétiques = Fungi et Oomycetes.

« Phylophylétique » n’existe pas, et je ne comprend pas ce que tu entends par là.

Le plus simple : « […] est une espèce de champignons oomycètes » = on dit que c’est un champignon, et parmi les champignons, c’est un oomycète ; et ce n’est pas la peine de parler de choses dont plus personne ne parle depuis plus d’un demi-siècle comme les « champignons-algues » (il faudrait d’ailleurs renommer l’article champignon-algue en Phycomycetes), etc.

Pour ton post-scriptum : les recommandations sur les catégories demandent une catégorie pour la classification dont l’arborescence reproduit en fait la classification et on y trouvera Fungi, Oomycetes, etc. + une catégorie générale pour préciser le rang (espèce, genre, famille, etc.) et si c’est un nom vernaculaire ou scientifique… mais pour cette deuxième catégorie, il est contre-productif de reproduire toute l’arborescence de la première catégorie, ce qui démultiplie les maintenances inutilement.

TED 23 avril 2022 à 01:58 (CEST)

Bon, au moins, j'ai l'impression que on a identifié le "noyau dur" de toutes ces polémiques : quelle est LA définition contemporaine scientifique de "Champignon" (aucune ? une seule ? plusieurs ?). S'il n'y en a qu'une, on devrait tomber dessus systématiquement. J'ai maladroitement nommé le sens 2) mais il s'agit tout simplement d'une définition selon une classification classique versus 3) selon une classification phylogénétique. La définition de 2006 (cela commence à être un peu loin) semble être du côté 2), en tout cas ne parle pas de phylogénie. Il y en a sans doute qu'une du côté 2), en effet, mais dire cela ne fait pas avancer le problème global.

On en revient aux pratiques scientifiques contemporaines, et savoir si la classification classique est obsolescente ou non, au moins concernant les champignons.

Dans cette optique, dire un XXXX (classification phylogénétique) est un YYYY (classification classique), n'est-il pas doublement dangereux ? D'une part en mélangeant CP et CC (je disais choux et carottes) et d'autre part en faisant appel à une notion scientifique obsolescente ? Je pose réellement la question, je n'ai pas d'avis. N'est-ce pas le fond du problème ?

Je n'en dirais pas beaucoup plus maintenant sans consulter des sources, je suis en train d'en télécharger. D'une part sur l'obsolescence de la CC, et d'autre part sur les pratiques contemporaines de définition de "Champignon". Jean-Christophe BENOIST (discuter) 23 avril 2022 à 10:52 (CEST)

TED, c'est toi qui biaise complètement le débat avec ton appel à l'aide. Pour ma part, je n'ai aucunement l'intention de participer à ton sauvetage, surtout que tu m'accuses implicitement te t'avoir poussé à l'eau. D'où ce titre. Et puis je sais pertinemment que ça ne sert à rien de discuter avec toi : tu es un mur incapable du moindre compromis et tes antécédents avec de nombreux autres contributeurs sont trop lourds pour que je puisses espérer autre chose. Je fais un dernier effort.

Je suis d'accord avec la définition de champignon que tu donnes, mais 1, ce n'est pas la seule comme l'a affirmé Jean-Christophe et 2, les Oomycètes sont aussi autre chose et c'est toute la question. Dans son concept des pseudochampignons, Thomas Cavalier-Smith affirme que les Oomycètes sont des algues qui ont perdu leur faculté de pratiquer la photosynthèse et donc ont acquis la même stratégie écologique que les champignons (2010, pas du tout un concept arriéré comme tu l'affirmes avec mépris). Marc-André Selosse reprend exactement ce concept quand il dit : « Par ailleurs, certains organismes perdent secondairement leurs plastes, et avec eux, la photosynthèse: ils retournent à l’état ancestral hétérotrophe. On le sait, car le génome de leur noyau contient encore des gènes qui proviennent d’un plaste, preuve qu’il en existait un autrefois dont quelques gènes ont été transférés au noyau. C’est le cas des oomycètes, qui sont donc secondairement des champignons, mais aussi des trypanosomidés. ». Par contre, je ne sais pas ce qu'il entend par Trypanosomidés, les Trypanosoma n'ayant rien à voir. Bref, c'est justement parce que les champignons sont un groupe paraphylétique qu'il y a plusieurs définitions de ce terme et que sa valeur scientifique est faible. Et c'est pour cette raison qu'il doit être employé avec prudence et qu'il n'est pas possible d'être aussi simpliste dans notre définition des Oomycètes. C'est pourquoi, j'ai fais la proposition du dessus et que je la maintiens. Abalg ^Bzzzzzz 23 avril 2022 à 10:56 (CEST) P.S. Jean-Christophe, j'attends vos conclusions avec impatience.

Ainsi, la ou les définitions non phylogénétiques ont toujours cours ? Evidemment, dans ce cas, il n'y a pas qu'une seule. Et donc l'opposition CP/CC est sans issue, on peut mélanger ?

Donc la question maintenant précise est : les Oomycètes (CP) sont-ils des Champignons (CC, définition de 2006). Si la définition de 2006 se fonde uniquement sur des comportements et structures, et si les Oomycètes possèdent ces comportements et structures, alors.. c'est le défaut de la CC. Je crois comprendre ce que dit Abalg et Cavalier-Smith : les Oomycètes ne sont pas phylogénétiquement des champignons, n'ont même rien à voir, mais ont la même stratégie écologique. Donc les mêmes comportements et structures.. donc on peut défendre que ce sont des Champignons au sens 2006..

Mais du coup, puisque on remet en piste la CC, il y a peut-être plusieurs définitions 2) ? Même sûrement, les CC étant par définition assez arbitraires.. donc le problème serait que on donne un seul sens classique à "Champignon" (la définition de 2006) ? S'il y en a plusieurs, alors l'affirmation "un oomycète est un champignon (CC)" est polysémique et n'a pas qu'une seule réponse, et même n'a pas de sens. Est-ce qu'il existe une définition classique reconnue où cette phrase serait fausse ? Jean-Christophe BENOIST (discuter) 23 avril 2022 à 11:51 (CEST)

Je suis entièrement d'accord avec votre raisonnement. Je ne peux pas dire mieux. Mais je ne suis pas la personne à convaincre. Je ne sais pas quoi vous dire. TED est dans un immense dénis, tellement incapable d'écouter l'autre et tellement prêt à tout pour rester sur ses positions que cette discussion peut durer des mois sans avancer d'un pouce... Ça fait des années que ça dure. Ça le bouffe et ça nous bouffe. J'espère sans trop y croire que vous arriverez à faire quelque-chose car il semble avoir confiance en vous. Moi, je jette l'éponge. — Abalg ^Bzzzzzz 23 avril 2022 à 13:01 (CEST)

@Abalg : mon appel à l’aide n’était pas du tout pour obtenir mon sauvetage, mais pour le tien ! Mais tu continues à t’enfermer dans le détournement de sources…

@Jean-Christophe BENOIST : il n’y a qu’une seule définition des champignons, et il n’existe pas de définition phylogénétique. La seule chose que l’on peut dire sur le plan phylogénétique, c’est que les champignons sont polyphylétiques et ne sont pas un taxon, ce qu’Abalg a fini par reconnaître ci-dessus. TED 29 novembre 2022 à 22:59 (CET)

On peut peut-être tout de même dire une chose sur le plan phylogénétique (qui n'est pas incompatible avec ce que tu viens de dire), c'est énumérer les branches de l'arbre phylogénétique qui appartiennent au champignons selon cette définition. Cela ne peut être qu'une énumération puisque en effet ils sont parsemés dans l'arbre. C'est mon fantasme d'avoir dans l'article Champignon un arbre phylogénétique avec en gras les branches appartenant aux champignons. S'il n'y a qu'une seule définition, alors ce travail a certainement été effectué selon cette définition par des sources. Jean-Christophe BENOIST (discuter) 30 novembre 2022 à 10:09 (CET)

Renommage en dépérissement des Aulnes

Bonjour Lapin du Morvan, cette page était nommée Phytophthora alni et vous venez de la renommer Dépérissement des Aulnes. Il aurait été plus respectueux et sérieux d'en décider collectivement avant de faire ce changement. Or, et c'est là tout le problème de votre empressement, Phytophthora alni n'a pas pour nom vernaculaire Dépérissement des Aulnes, il s'agit de l'agent pathogène d'une maladie comme l'est le SARS-CoV-2 pour la maladie du COVID 19 et qui sont deux sujets différents. De plus, j'ai eu quelques lectures qui suggéraient que cette maladie est provoquée par d'autres espèces d'Oomycètes tout en étant asymptomatiques, notamment en Italie si mes souvenirs sont bons. De toutes manières, la façon dont j'ai écrit cet article est plus orientée vers l'agent pathogène et sa taxonomie. Bref, merci de défaire que vous n'auriez pas du faire. Bien à vous. Abalg ^Bzzzzzz 22 février 2023 à 22:03 (CET)

Fait. Lapin du Morvan (discuter) 23 février 2023 à 09:53 (CET)

Merci. — Abalg ^Bzzzzzz 23 février 2023 à 11:05 (CET)