Dans les rangs juniors, Natan Medhanie se fait remarquer au cours de la saison 2018 en finissant premier du contre-la-montre par équipes, troisième du contre-la-montre individuel et cinquième de l'épreuve en ligne aux championnats d'Afrique. Il court à cette occasion pour l'équipe nationale d'Érythrée.
En 2022, il intègre la formation continentale May Stars, qui évolue sous licence rwandaise. Il ne dispute toutefois aucune compétition officielle avec cette structure. Deux ans plus tard, il s'adjuge une médaille d'argent dans le contre-la-montre par équipes mixtes aux championnats d'Afrique. Il termine également cinquième de la course en ligne aux championnats d'Afrique de 2025.
Au printemps 2026, il se classe septième du Tour du Bénin, puis huitième du Grand Prix de Cotonou.
Médaillé d'argent du championnat d'Afrique du contre-la-montre par équipes mixtes
Année
