Utilisateur:LetoAtreidesII/Brouillon

	projet GRIOTE
	; logo du projet GRIOTE
	Carte de l'organisation
Situation
Région	Pays de la Loire
Création	02/12/2013
Type	projet fédérateur
Siège	Nantes, France
Coordonnées	47° 14′ 13,5″ N, 1° 33′ 08,9″ O
Langue	français
Organisation
Membres	77
Porteur du projet	Jérémie Bourdon
Financeur principal	Région Pays de la Loire
Domaines	Bioinformatique
Personnes clés	Richard Redon, Dominique Tessier
Organisations affiliées	AgroCampus Ouest, CNRS, Ecole Centrale Nantes, IFREMER, INRA, INSERM, Oniris, Université d'Angers, Université de Nantes
Site web	griote.org
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Le projet GRIOTE est un projet fédérateur de la bioinformatique en région Pays de la Loire.

Il est soutenu financièrement par la région des Pays de la Loire à la suite de l’appel à projet qu’a lancé la région en 2012.

Il est porté par Jérémie BOURDON, maître de conférences à l’Université de Nantes, Richard REDON, directeur de recherche à l’Institut du thorax et Dominique TESSIER, ingénieure de recherche à l’INRA.

Il comprend treize partenaires principaux :

LINA (UMR 6241 – Nantes), Université de Nantes, CNRS,
BIA (UR BioPolymères, Interactions, Assemblages – Nantes), INRA,
Institut du thorax (UMR 1087 – Nantes), INSERM, CNRS, Université de Nantes,
Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS, UMR 1345 – Angers), INRA, AgroCampus Ouest, Université d’Angers,
IRCCyN (UMR 6597 – Nantes), CNRS, École Centrale de Nantes, École des mines de Nantes, Université de Nantes,
LERIA (EA 2645 – Angers), Université d’Angers,
UFIP (FRE CNRS 3478 – Nantes), INSERM, Université de Nantes,
LNBT (UPRES EA3143 – Angers), Université d’Angers,
Physiologie et Biotechnologie des Algues, IFREMER Nantes,
UMR_S 892 – C 6299 Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers, INSERM, CNRS, Université de Nantes, Université d’Angers,
UMR Sécurité des Aliments et Microbiologie, INRA, Oniris (Nantes),
ITUN (UMR 1064 – Nantes), INSERM,
BNMI INSERM UMR 1083 – CNRS UMR 6214 (Angers).

Le projet a été officiellement lancé le 2 décembre 2013 pour une durée totale de quatre ans.

Présentation

Contexte

Expliquer l’origine d’un phénotype particulier observé chez un individu à partir des informations portées par son génome est un enjeu majeur des sciences du vivant. Dans le domaine de la santé, cela peut permettre de comprendre les mécanismes qui contribuent à l’apparition de maladies à facteur génétique. Dans le domaine du végétal, cela peut permettre de comprendre et maîtriser la variabilité des caractères agronomiques en fonction des génotypes sélectionnés, des conditions environnementales. Dans le domaine de la mer, l'objectif est également de comprendre et maitriser les caractéristiques physiologiques de certaines espèces de micro-algues possédant un intérêt industriel.

Cependant, la relation entre les caractères observés d’un individu et l’ensemble de ses gènes, ce que l’on désigne par la relation phénotype/génotype, s’avère très complexe. Pour expliquer la plupart des phénotypes, il est nécessaire non seulement de rechercher tous les acteurs moléculaires impliqués mais également de comprendre leurs relations à différentes échelles d’organisation.

Objectifs

Pour répondre à cette problématique complexe, les biologistes disposent désormais d’outils permettant d’analyser les variations du génome, du transcriptome et du protéome. Ces données dites « omics » représentent des vues partielles mais bruitées des systèmes cellulaires étudiés. La gestion, l’analyse et l’intégration de ces données hétérogènes et à très forte volumétrie est donc un enjeu majeur en bioinformatique. Fort des collaborations solides déjà existantes entre ses partenaires et en partenariat avec les plateformes de BioGenouest, le projet GRIOTE a pour objectif de fédérer la communauté des chercheurs en bioinformatique des Pays de la Loire autour de la thématique de l’intégration des données biologiques à très grande échelle.

Méthodologie

Pour répondre aux enjeux, la bioinformatique doit mobiliser les capacités créatrices des sciences de l’information et des mathématiques appliquées. Les approches algorithmiques qui relèvent de la combinatoire, de l’intelligence artificielle sont particulièrement adaptées. La bioinformatique doit également accompagner les biologistes à mieux formaliser leurs problématiques pour trouver les modélisations les mieux adaptées qui permettront de répondre à leurs questionnements.

Résultats attendus

L’objectif scientifique de ce projet est de développer des méthodes originales de traitement et d’intégration des données générées par les plateformes régionales (données de spectrométrie de masse, séquençage haut débit, génotypage, transcriptomique, …) permettant d’accompagner les programmes de recherche en biologie, à la fois dans le domaine de la santé et dans le domaine du végétal. La diffusion de ces méthodes et leur mise à disposition via des portails web dédiés permettra d’accroître la reconnaissance nationale et internationale du consortium dans le domaine très actif de la biologie intégrative. Le projet vise également à accompagner le développement et le rayonnement de la bioinformatique en Pays de la Loire en participant à l’élaboration d’un schéma directeur et à l’enrichissement de l’offre de formation.

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes

(fr) Site officiel du projet GRIOTE
(fr) Compte Twitter du projet GRIOTE

Catégorie:Bio-informatique Catégorie:Université de Nantes

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