Discussion:Variants du SARS-CoV-2

Fusion entre Variants du SARS-CoV-2 et Liste des souches et mutations du SARS-CoV-2

Discussion transférée depuis Wikipédia:Pages à fusionner
Bonjour, je pense que ces deux articles créés à 1 jour d'intervalle traitent du même sujet mais les contributeurs de chaque ne se sont pas encore rencontrés. Ced78180 (discuter) 12 février 2021 à 20:57 (CET)

Avis très favorable à la fusion d'articles proposée (et aux harmonisations qui en résulteront). mm Mazzella2 (discuter) 14 février 2021 à 07:07 (CET)

Avis favorable. A priori je cherche "Variant" comme nom d'article (principe de moindre surprise), mais peut-être que liste de souche est le nom correct, je n'en sais rien. Pour information je crois qu'il n'y pas d'article liste de souche de la grippe, mais elles sont bien détaillées dans l'article Vaccin contre la grippe saisonnière alors qu'elles ne sont pas détaillées dans l'article Vaccin contre la Covid-19. Il est vrai que ce dernier est volumineux et la logique voudrait qu'à l'heure actuelle tous les vaccins soient issus de la même souche.--JackAttack (discuter) 15 février 2021 à 10:21 (CET)

• Pour, les 2 articles traitent du même sujet. --Thepat (discuter) 16 février 2021 à 12:47 (CET)

Fait. Nouill 18 février 2021 à 01:17 (CET)

clarification du sujet

Bonjour, Dans l'article tel qu'il est actuellement, le quidam moyen non initié dont je suis à un peu de mal à s'y retrouver entre souches, variants, séquences, mutations, termes pour l'instant pas tous reliés à leurs article général. On ne comprends pas bien actuellement si les variants "héritent" les uns des autres, si il y a une sorte de hiérarchie familiale? comment les mutations sont reliées au variant. Je constate que l'article en anglais contient un tableau pour tenter d'expliquer la nomenclature mais les "variants" ne semblent pas porter le même nom que dans l'article en français. Il serait donc souhaitable que des spécialistes mettent un peu de cohérence dans tout ça. Ced78180 (discuter) 25 février 2021 à 19:14 (CET)

@Ced78180 Il faut mettre des phylogénies sinon on comprend rien. 2A01:E0A:852:9590:9178:F5AC:E9DC:A7B7 (discuter) 4 mai 2021 à 11:07 (CEST)

Mutation au codon 248 de la protéine S

Le NTD est le fragment le plus instable de la protéine S, autrement dit celui qui mute le plus rapidement. Il est anticipé que la prochaine mutation majeure sur le NTD se produise sur le codon 248. Cette mutation pourrait encore affaiblir davantage les anticorps des vaccins de première génération (AstraZeneca, Pfizer, Moderna…).

D'après nextstrain.org, le 1er variant qui mute sur le codon 248 est le lineage C37 classé pour l'instant dans le clade 20D. Il comporte les mutations suivantes :

• Protéine S: L5F, G75V, T76I, R246-, S247-, Y248-, L249-, T250-, P251-, G252-, D253N, L452Q, F490S, D614G, T859N
• Protéine N: P13L, R203K, G204R, G214C
• Protéine ORF9b: P10S
• ORF1a: T1246I, T1876I, I2235L, P2287S, F2387V, L3201P, T3255I, G3278S, S3675-, G3676-, F3677-
• ORF1b: P314L

Ce variant a été détecté pour la 1e fois en décembre 2020. Son génome peut être consulté à l'adresse suivante : accession MW938095.1. Il est présent au Chili et se répand en Amérique latine. Il a été détecté en Allemagne et en Espagne (https://cov-lineages.org/lineages/lineage_C.37.html). Ce variant a le potentiel pour faire des gros dégâts. --Polaert (discuter) 15 mai 2021 à 15:33 (CEST)

Cela mérite d'être présenté dans l'article. --A1AA1A (discuter) 15 mai 2021 à 17:23 (CEST)

Dans la presse, ce variant a été baptisé variant andin. Je le découvre aujourd'hui. Polaert (discuter) 15 mai 2021 à 19:44 (CEST)

D'après l'article de Emanuele Andreano 'SARS-CoV-2 escape in vitro from a highly neutralizing COVID-19 convalescent plasma' , une combinaison de mutations sur la protéine S, rendrait un variant particulièrement préoccupant. Il s'agit du trio : (1) F140- (2) E484K (3) Y248*

Depuis au moins mars 2021, le variant béta (le sud-af) commence à combiner les mutations F140- et E484K à Singapour (source : GISAID EPI ISL 1477028 / https://nextstrain.org/ncov/global?c=gt-S_140&s=Singapore/379/2021 . E: P71L ; N: T205I ; ORF1a: E55G, T265I, P1207L, K1655N, P2046L, N2596S, K3353R, S3675-, G3676-, F3677- ; ORF1b: P314L, I1074V ; ORF3a: Q57H, S171L ; ORF8: I121L ; S: L18F, D80A, F140-, L141-, G142-, V143-, D215G, L241-, L242-, A243-, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V).

A suivre Polaert (discuter) 27 juin 2021 à 14:08 (CEST)

Autre variant à suivre : le AT.1 identifié en Russie qui comporte aussi la double mutation F140- et E484K.

Les mutations du AT.1 sont M: L16I ; N: R203K, G204R ; ORF1a: L39K, S376L, V1006F, T1093A, T2247N, T3255I, Q3729R, S4119T ; ORF1b: A190S, P314L, T1173N, V1905L, A2431V ; ORF3a: T24I, L95M ; S: P9L, C136-, N137-, D138-, P139-, F140-, L141-, G142-, V143-, Y144-, D215G, H245P, E484K, D614G, E780K (Source : GISAID EPI ISL 1652607 - https://nextstrain.org/ncov/global?f_pango_lineage=AT.1&s=Russia/SPE-RII-MH15729S/2021) Polaert (discuter) 4 juillet 2021 à 00:45 (CEST)

Renommer les articles avec les nouveaux noms de l'OMS

Bonjour à tous, je propose d'utiliser les noms vernaculaires officiels choisis par l'OMS et de renommer les articles en conséquence :

• VOC-202012/01 → Variant Alpha du SARS-CoV-2 ;
• Variant 501.V2 → Variant Bêta du SARS-CoV-2 ;
• Variant P.1 du SARS-CoV-2 → Variant Gamma du SARS-CoV-2 ;
• Variant B.1.617 → Scission entre Variant Delta du SARS-CoV-2 et Variant Kappa du SARS-CoV-2.

Chaque variant a plusieurs noms scientifiques et plusieurs surnoms. Ces nouveaux noms ont été créés pour mettre de la clarté dans tout ça. Qu'en pensez-vous ? --François C. (discuter) 10 juin 2021 à 21:18 (CEST)

Pour Je suis on ne peut plus d'accord avec l'idée d'harmoniser les titres des variants, cela serait vraiment une bonne chose selon moi. Le principe de moindre surprise est par ailleurs rompu avec ces titres composés de chiffres et de lettres que personne ne retient. J'avais proposé il y a quelques temps une harmonisation des articles concernant les vaccins mais je n'ai jamais eu de réponse... cela me semble pourtant être du bon sens. Rbrugeat93 (discuter) 10 juin 2021 à 21:49 (CEST)

Exemple :

• Tozinaméran → Vaccin Pfizer–BioNTech contre la Covid-19
• VLA2001 → Vaccin de Valneva contre la Covid-19

Je vais faire les renommages (WP:NHP) des variants car de toutes façons les titres actuels sont un peu incohérents en utilisant aux moins deux nomenclatures différentes. Concernant les vaccins,  Rbrugeat93 : pourquoi pas mais je pense que c'est plutôt une discussion à avoir sur la page Vaccin contre la Covid-19 . --François C. (discuter) 11 juin 2021 à 11:34 (CEST)

Concernant les deux options Variant Alpha et Variant alpha, je suis allé faire le tour de la presse et des sites officiels et la majuscule est utilisée en majorité. On retrouve la minuscule au Figaro, chez Libé ou la RTBF mais ce n'est pas l'usage majoritaire. --François C. (discuter) 11 juin 2021 à 11:38 (CEST)

@François Calvaresi le résultat de la discussion disait Variant B.1.617 → Scission entre Variant Delta du SARS-CoV-2 et Variant Kappa du SARS-CoV-2.. Je veux bien des titres en Delta et Kappa mais c'est arbitraire d'avoir un titre Delta pour un article qui parle des deux variant. Tant que l'article est pas scindé on ne peut pas donner l'un ou l'autre des deux titres à l'article. --Panam (discuter) 19 juin 2021 à 02:31 (CEST)

@Panam2014 : je suis d'accord que c'est resté flou. Le variant Delta est de loin majoritaire donc le renommage me paraît justifié. Que faire pour le variant Kappa : un paragraphe ou un bien son propre article comme en anglais ? --François C. (discuter) 19 juin 2021 à 10:47 (CEST)

@François Calvaresi en attendant j'ai renommé en variants Kappa et Delta. Moi je dirais deux articles. --Panam (discuter) 19 juin 2021 à 15:23 (CEST)

@François Calvaresi Pour ma part je suis également favorable à la rédaction de 2 articles distincts.Rbrugeat93 (discuter) 19 juin 2021 à 18:24 (CEST)

On fait quoi de VOC-202101/02 ? --Panam (discuter) 19 juin 2021 à 19:37 (CEST)

@Panam2014 : je dirais fusion dans Variant Gamma du SARS-CoV-2 --François C. (discuter) 20 juin 2021 à 00:32 (CEST)

Faudrait-il fusionner la section 'Variant « brésilien » ou « japonais » B.1.1.248' avec celle 'Gamma (P.1)' ? Polaert (discuter) 20 juin 2021 à 11:15 (CEST)

Je propose de fusionner avec l'article principal. --Panam (discuter) 20 juin 2021 à 17:13 (CEST)

Sondage : Nettoyage - Suppression de sections

Bonjour à tous,

Y a-t-il des objections à la suppression des sections 3.3.1 « Variant 20A/EU2 ou B.1.160 » et 3.3.3 « Variant 20A/EU1 (Espagne) » dans le chapitre 3.3 Autres variants notables ? Ces variants semblent un peu obsolètes et n'apportent pas grand chose à l'article. Merci par avance pour vos retours. Polaert (discuter) 31 juillet 2021 à 19:41 (CEST)

Pour 20A/EU2 (Espagne) pas d'opinion : je le retrouve pas dans cette source de synthèse [1]. Par contre, pour le variant breton B.1.160, qui a été classé comme VOI par l'OMS (même source), il suffit de rajouter qu'il n'est plus considéré comme tel. --Pa2chant.bis (discuter) 31 juillet 2021 à 23:22 (CEST)

Variant B.1.621 semble t il à l'origine de de 7 décès en EHPAD de personnes vaccinées, désormais suivi par l'OMS

https://www.lesoir.be/392356/article/2021-09-01/coronavirus-mu-le-nouveau-variant-surveille-par-loms?from_direct=true

je ne sais pas où et comment rajouter cette info. Pertinente me semble t il Reneza (discuter) 1 septembre 2021 à 10:25 (CEST)

Variants du SARS-CoV-2#Mu (B.1.621) --Ryse93 (discuter) 1 septembre 2021 à 22:46 (CEST)

Lien entre «préoccupant» et «nombre extrêmement élevé de mutations»?

«Découvert en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant B.1.1.529 désigné par l'OMS sous le nom de variant Omicron est un variant désigné comme préoccupant par l'OMS, en effet celui-ci contiendrait un nombre extrêmement élevé de mutations : une trentaine environ sur la protéine Spike contre deux pour le variant Delta110.»

Lien entre «préoccupant» et «nombre extrêmement élevé de mutations»?

Ne faudrait-il pas plutôt écrire: Ce variant présente un grand nombre de mutations, dont certaines sont préoccupantes.

Mise à jour

Bonjour. Après consultation du site de l'OMS, seuls Lambda et Mu restent classés variants of interest. Ne faudrait-il pas déplacer les autres dans les catégories anciens variants d'intérêt ? Lebrouillard ^{demander audience} 31 décembre 2021 à 18:52 (CET)

Kappa

Salut

Le variant Kappa a été rétrogradé, ne faut-il pas le retirer de l'article, sa nomenclature pouvant être reprise par un autre variant ? --Panam (discuter) 22 janvier 2022 à 19:20 (CET)

La référence 205 est vide

Voir Discussion_utilisateur:Mike_Coppolano#La référence 205 de Variants du SARS-CoV-2 est vide.

Romanc19s (discuter) 17 septembre 2023 à 18:50 (CEST)

Bonjour,

J'ai wikifié une référence.

J'ai supprimé une référence vide. J'ai bien vérifié. Si on cliquait sur la référence, on arrivait sur le chapitre "Références" et on voyait en rouge le message d'erreur "Erreur de référence : Balise <ref> incorrecte : aucun texte n’a été fourni pour les références nommées BA286."

Amicalement. Romanc19s (discuter) 21 septembre 2023 à 22:37 (CEST)

C'est réparé Mike d 22 septembre 2023 à 03:00 (CEST)

C'était la référence ref name - il manquait le /> Mike d 22 septembre 2023 à 03:37 (CEST)