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biologie d'eau douce

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Présentation

La biologie d'eau douce est l'étude scientifique des écosystèmes d'eau douce (en) et constitue une branche de la limnologie. Cette discipline vise à comprendre les interactions entre les organismes vivants et leur environnement physique. Ces environnements peuvent inclure les cours d'eau, tels que les fleuves et les rivières, les plans d'eau, tels que les lacs et les étangs, les zones humides ou encore les réservoirs. Les connaissances issues de ce domaine sont largement utilisées dans les procédés industriels, pour tirer parti des processus biologiques impliqués dans le traitement des eaux usées et la purification de l'eau. La présence et le débit de l'eau (en) sont des aspects essentiels de la répartition des espèces, qui influencent le moment et le lieu de leurs interactions en eau douce.

La biologie d'eau douce est également utilisée pour étudier les effets du changement climatique et de l'impact humain accru sur les systèmes aquatiques et les écosystèmes au sens large. Les organismes d'eau douce, en particulier les vertébrés, semblent être plus exposés au risque d'extinction dû au changement climatique (en) que les organismes terrestres ou marins.

Lumière sur...

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La Loutre géante, Loutre géante du Brésil ou Loutre géante sud-américaine (Pteronura brasiliensis) est un mammifère carnivore d'Amérique du Sud. C'est le plus grand représentant de l'ordre des Mustelidae, et l'unique représentant du genre Pteronura. Contrairement aux autres mustélidés, la Loutre géante vit en groupes familiaux comprenant trois à huit membres. Le groupe familial est centré autour du couple reproducteur et est très soudé. Bien que généralement paisible, c'est une espèce territoriale et on peut parfois observer des agressions entre groupes. La Loutre géante est un animal diurne, actif uniquement pendant la journée. C'est l'espèce de loutre la plus bruyante et elle utilise des cris bien distincts pour signaler un danger, montrer son agressivité ou rassurer. La Loutre géante peut se rencontrer dans toute la partie centrale et septentrionale d'Amérique du Sud. Elle est particulièrement bien présente le long de l'Amazone et dans le Pantanal.

Sa répartition a été fortement réduite au cours du temps et est aujourd'hui discontinue. Des décennies de braconnage, notamment pour sa fourrure, qui ont connu un pic dans les années 1950 et 1960, ont fait fortement diminuer sa population. L'espèce est considérée comme menacée depuis 1999 et on estime la population à moins de 5 000 individus à l'état sauvage. Les Guyanes sont la dernière véritable place forte pour cette espèce, qui est l'un des mammifères les plus menacés des tropiques. La dégradation de son habitat est le danger majeur qui l'inquiète. La Loutre géante demeure également rare en captivité avec seulement 60 animaux détenus en 2003.

La Loutre géante est bien adaptée au milieu aquatique. Ainsi elle possède une fourrure épaisse et imperméable, une queue semblable à une aile et des pieds palmés. Elle apprécie particulièrement les rivières et ruisseaux d'eau douce, qui inondent occasionnellement les terres alentours, et peut également vivre à proximité de lacs. Elle bâtit d'importants gites proches de l'eau, en coupant de grandes quantités de végétation. Elle se nourrit principalement de poisson, notamment de carassins et de poissons-chats, et mange également parfois des crabes. Elle n'a pas réellement de prédateurs mis à part l'Homme, mais entre en compétition dans sa niche écologique avec la Loutre à longue queue et le caïman.

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Image du jour

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Banc de carpes koï au Spirited Garden, en Corée du Sud.

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Le saviez-vous ?

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Depuis décembre 2020, l'Union internationale pour la conservation de la nature considère que toutes les espèces de dauphins d'eau douce sont menacées d'extinction.

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Index thématique

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Animaux

Hippopotames amphibies (Hippopotamus amphibius)	Mammifères d'eau douce Quelques artiodactyles Buffle d'eau Chevrotain aquatique Dauphins d'eau douce Hippopotames Marsouin aptère Quelques carnivores Chat viverrin Civette-loutre Genette aquatique Loutres Phoques d'eau douce (en) Visons Quelques insectivores Desmans Limnogale Musaraignes aquatiques Potamogalidae Lamantins Quelques marsupiaux Opossum à grosse queue Opossum aquatique Noctilions Ornithorynque Quelques rongeurs Campagnol amphibie Capybaras Castors Dasymys Neusticomys Ragondin Rakali Rat musqué
Canard colvert (Anas platyrhynchos)	Oiseaux d'eau (en) Ansériformes Anatidae Caurale soleil Ciconiidae Cincles Charadriiformes Charadriidae Laridae Scolopacidae Flamants Grèbes Gruiformes Grues Rallidae Martins-pêcheurs Pélécaniformes Ardeidae Pélicans Threskiornithidae Plongeons Quelques rapaces Balbuzards Chouettes-pêcheuses Kétoupas Pygargues Quelques suliformes Anhingas Cormorans Termes annexes Échassiers Limicoles Palmipèdes
Alligator d'Amérique (Alligator mississippiensis)	Reptiles d'eau douce Crocodiliens Alligatoridae Crocodiles Gavials Lézards aquatiques Quelques agames Quelques anolis Lanthanotus borneensis Quelques scinques Shinisaurus crocodilurus Quelques tégus Quelques varans Serpents aquatiques Acrochordus Agkistrodon Anacondas Colubridae Quelques Elapidae Homalopsidae Tortues aquatiques Carettochelys insculpta Chelidae Chelydridae Dermatemys mawii Emydidae Geoemydidae Kinosternidae Pelomedusidae Platysternon megacephalum Podocnemididae Trionychidae
Grenouille verte (Pelophylax kl. esculentus)	Amphibiens Anoures Archaeobatrachia Mesobatrachia Neobatrachia Quelques cécilies Urodèles Cryptobranchoidea Salamandroidea
Poissons rouges (Carassius auratus)	Poissons d'eau douce téléostéens Quelques acanthuriformes Anabantiformes Quelques anguilliformes Quelques athériniformes Quelques béloniformes Quelques blenniiformes Quelques centrarchiformes Characiformes Cheimarrichthys fosteri Cichliformes Quelques clupéiformes Cypriniformes Cyprinodontiformes Galaxiidae Quelques gobiiformes Quelques gonorynchiformes Gymnotiformes Laquaiches Lepidogalaxias salamandroides Lote de rivière Quelques mugiliformes Quelques ophidiiformes Quelques osmériformes Ostéoglossiformes Quelques perciformes Percopsiformes Quelques salmoniformes Siluriformes Synbranchiformes Quelques syngnathiformes Quelques tétraodontiformes Thalassophryninae (en) Termes annexes Poissons blancs Poissons carnassiers
Sterlet (Huso ruthenus)	Autres poissons d'eau douce Acipensériformes Dipneustes Lamproies Lepisosteidae Poisson-castor Poissons-scies Polypteridae Raies d'eau douce Requins d'eau douce (en)

Larves de moustique (Culex sp.)	Insecte aquatiques et apparentés Quelques collemboles Quelques diptères Chironomes Moustiques Simulies Taons Tipules Éphémères Quelques hémiptères Gerris Hydromètres Punaises aquatiques Bélostomes Corises Naucorides Nèpes Notonectes Ranatres Vélies Quelques hyménoptères Quelques lépidoptères Acentropinae Quelques mécoptères Mégaloptères Corydales Quelques neuroptères Sisyridae Odonates Demoiselles Libellules Quelques orthoptères Plécoptères Scarabées d'eau (en) Dytiques Elmidae Gyrins Haliplidae Hydraenidae Hydrophiles Trichoptères Phryganes
Gammare (Gammarus tigrinus)	Crustacés d'eau douce Amphipodes Gammares Niphargidae Argulidae Branchiopodes Chirocephalidae Daphnies Quelques copépodes Canthocamptidae (en) Cyclopidae Quelques décapodes Aeglidae (en) Crabes d'eau douce Gecarcinucidae Potamidae Pseudothelphusidae Crevettes d'eau douce Atyidae Palaemonidae Écrevisses Astacidae Cambaridae Parastacidae Sergestidae (en) Quelques isopodes Aselles Quelques Mysidae Quelques ostracodes Candonidae Cyprididae Pseudocumatidae (en) Spelaeogriphacea (en) Syncarida Quelques Tanaidacea Thermosbaenacea
Argyronètes (Argyroneta aquatica)	Arachnides d'eau douce Quelques acariens Hydrachnidia (en) Mesostigmata Oribatida Araignées ichtyophages Argyronète Dolomedes
Grande limnée (Lymnaea stagnalis)	Mollusques d'eau douce Bivalves d'eau douce Cyrenidae Dreissenidae Sphaeriidae Unionoida Escargots d'eau douce Amnicolidae Cochliopidae Hydrobiidae Limnées Nérites Pachychilidae Physes Planorbes
Hydres (Hydra sp.)	Cnidaires d'eau douce Astrohydra japonica Cordylophora (en) Craspedacusta Hydres Limnocnida Myxozoa Polypodium hydriforme
Sangsue (Hirudo verbana)	Vers d'eau douce Quelques annélides Oligochètes Polychètes Sangsues Quelques gastrotriches Chaetonotida Quelques nématodes Dorylaimida Mermithida (en) Quelques nématomorphes Gordioidea (en) Quelques némertes Prostoma (en) Quelques plathelminthes Planaires Rhabdocoela
Pectinatelles (Pectinatella magnifica)	Bryozoaires d'eau douce Quelques Gymnolaemata Paludicella (en) Phylactolaemata Plumatellidae
Bdelloida sp.	Rotifères d'eau douce Quelques acanthocéphales Bdelloida Monogononta Collothecaceae (en) Flosculariaceae (en) Ploima
Spongilla lacustris	Autres animaux d'eau douce Quelques entoproctes Éponges d'eau douce Spongillidae Limnognathia maerski Quelques tardigrades

Plantes et apparentés

Myriophylles aquatiques (Myriophyllum aquaticum)	Eudicotylédones Apiales Apiaceae Araliaceae Asterales Asteraceae Campanulaceae Menyanthaceae Brassicales Brassicaceae Caryophyllales Amaranthaceae Droseraceae Polygonaceae Cornales Nyssaceae Ericales Ebenaceae Ericaceae Lecythidaceae Primulaceae Fabales Fabaceae Gentianales Rubiaceae Lamiales Acanthaceae Lamiaceae Lentibulariaceae Linderniaceae Phrymaceae Plantaginaceae Scrophulariaceae Malpighiales Elatinaceae Phyllanthaceae Podostemaceae Myrtales Combretaceae Lythraceae Onagraceae Proteales Nelumbonaceae Ranunculales Ranunculaceae Saxifragales Crassulaceae Haloragaceae Penthorum (en)
Massettes à feuilles larges (Typha latifolia)	Monocotylédones Acorus Alismatales Alismataceae Aponogeton Araceae Butomus Hydrocharitaceae Juncaginaceae Potamogetonaceae Ruppia Asparagales Amaryllidaceae Iridaceae Orchidaceae Commelinales Commelinaceae Pontederiaceae Poales Cyperaceae Eriocaulaceae Juncaceae Mayaca Poaceae Thurniaceae Typhaceae Xyridaceae Zingiberales Marantaceae
Nénuphars blancs (Nymphaea alba)	Autres angiospermes Ceratophyllaceae Nymphaeales Cabombaceae Nymphaeaceae Trithuria (en) Piperales Saururaceae
Retrophyllum minor	Gymnospermes Dacrycarpus dacrydioides Dacrydium guillauminii (en) Glyptostrobus pensilis Mélèze laricin Retrophyllum minor Taxodium
Salvinies aquatiques (Salvinia natans)	Polypodiopsides Fougères Polypodiales Blechnaceae Dryopteridaceae Lomariopsidaceae Polypodiaceae Pteridaceae Thelypteridaceae Salviniales Marsileaceae Salviniaceae Prêles Prêle des eaux Prêle des marais

Isoètes à spores épineuses (Isoetes echinospora)	Lycophytes Isoètes Lycopodiella Sélaginelles
Fontinalis hypnoides	Bryophytes Anthocérotes Anthocerotaceae Notothyladaceae Hépatiques Jungermanniales Geocalyx (en) Marchantiales Marchantiaceae Monosolenium tenerum (en) Ricciaceae (en) Pelliales (en) Pelliaceae (en) Mousses Dicranales Fissidens Hypnales Amblystegiaceae Fontinalaceae (en) Hypnaceae Hookeriales Hookeriaceae Sphagnales Sphagnaceae
Chara de Braun (Chara braunii)	Algues vertes charophytes Charophyceae Charales Coleochaetophyceae Chaetosphaeridiaceae (en) Coleochaetaceae (en) Klebsormidiales Mesostigma viride Zygnematophyceae Desmidiales Zygnematales
Marimo (Aegagropila linnaei)	Algues vertes chlorophytes Chlorodendrales Chlorophyceae Chaetopeltidales (en) Chaetophorales Chlamydomonadales Oedogoniaceae (en) Sphaeropleales Coccomyxaceae (en) Trebouxiophyceae Chlorellales Lemmermannia (en) Leptosira (en) Microthamniaceae (en) Prasiolales (en) Rhopalosolen (en) Trebouxiales Ulvophyceae Cladophorales Ulotrichales
Batrachospermum moniliforme	Algues rouges Bangiophyceae Bangiales Compsopogonophyceae Compsopogonales Florideophyceae Acrochaetiales Batrachospermales Ceramiales Hildenbrandiaceae Pneophyllum cetinaensis (en) Thoreaceae (en)
Glaucocystis sp.	Autres Archaeplastida Glaucophytes Glaucocystaceae Rhodelphis

Champignons et apparentés

Ascomycètes

Dothideomycetes
- Jahnulales (en)
- Kirschsteiniotheliales (en)
- Minutisphaerales (en)
- Natipusillales (en)
- Pleosporales
- Tubeufiales (en)
Sordariomycetes
- Diaporthomycetidae
  - Annulatascales (en)
  - Atractosporales (en)
  - Cancellidiales
  - Jobellisiales (en)
  - Diaporthales
  - Distoseptisporales (en)
  - Magnaporthales
  - Myrmecridiales (en)
  - Ophiostomatales
  - Phomatosporales (en)
  - Sporidesmiales (en)
  - Tirisporellales (en)
  - Togniniales (en)
  - Xenospadicoidales (en)
- Hypocreomycetidae
  - Coronophorales (en)
  - Glomerellales
  - Hypocreales
  - Microascales
  - Torpedosporales (en)
- Lulworthiomycetidae (en)
  - Pisorisporiales (en)
- Savoryellomycetidae (en)
  - Conioscyphales (en)
  - Fuscosporellales (en)
  - Pleurotheciales (en)
  - Savoryellales (en)
- Sordariomycetidae
  - Chaetosphaeriales (en)
  - Coniochaetales (en)
  - Cordanales (en)
  - Phyllachorales
  - Sordariales
- Xylariomycetidae
  - Xylariales
Leotiomycetes
- Helotiales

Autres champignons

Rozella allomycis parasitant Allomyces

Apparentés (en dehors des Eumycètes)

Aphelidiaceae
Rozellida
- Microsporidies
- Rozella

« Protistes »

Paramécie (Paramecium aurelia)	Alvéolates Apicomplexes Conoidasida Eugregarinorida (en) Ciliés Armophorea Colpodea Heterotrichida Litostomatea Loxodes (en) Nassophorea Oligohymenophorea Apostomatida Hymenostomatida Mobilida (en) Peniculida Sessilida (en) Phyllopharyngea Prostomatea Spirotrichea Euplotida Tintinnida Colponemida (en) Dinoflagellés Dinophyceae Gonyaulacales Gymnodiniales (en) Peridiniales Syndiniales (en) Perkinsea (en)
Amibe protée (Amoeba proteus)	Amibozoaires Archamoebea Pelobiontida Discosea Centramoebida (en) Dactylopodida Himatismenida Thecamoebida (en) Vannellidae Idionectes vortex (en) Myxogastria Liceales Physarales Variosea Protostelium (en) Tubulinea Arcellinida Euamoebida Leptomyxida
Euglène (Euglena sp.)	« Excavata » Euglénozoaires Diplonemidae Euglenida Anisonemidae (en) Entosiphon Euglenales Eutreptiaceae (en) Heteronema (en) Peranemidae (en) Petalomonadida (en) Kinetoplastea Bodonida (en)/Eubodonida Neobodonida Parabodonida Trypanosomatidae Heterolobosea Schizopyrenida (en) Jakobida Malawimonas Preaxostyla (en) Paratrimastix (en) Trichozoa (en) Hexamitidae (en) Retortamonadidae Tsukubamonas globosa
Rhodomonas salina	Autres Diaphoretickes (en) Cryptista Cryptophyceae Cryptomonadales Pyrenomonadales Goniomonas Kathablepharididae (en) Haptista Centroplasthelida (en) Raphidista (en) Haptophytes Pavlovaceae (en) Prymnesiophyceae Prymnesiales (en) Telonemidae (en)

Ceratium sp.	Rhizaires Cercozoaires Granofilosea (en) Clathrulinidae (en) Heliomonadida (en) Leucodictyida (en) Limnofila (en) Mesofila limnetica (en) Imbricatea (en) Euglyphida Kraken carinae (en) Thaumatomonadida (en) Sarcomonadea (en) Cercomonadidae (en) Glissomonadida (en) Thecofilosea (en) Tectofilosida (en) Endomyxa (en) Gromiida (en) Phytomyxea (en) Plasmodiophoridae (en) Vampyrellida (en) Foraminifères Monothalamea Lacogromia Lieberkuehnia Limnogromia Poseidonella Reticulomyxidae Tubothalamea Spirolocammina
Pinnularia sp.	Straménopiles Bigyra Bikosea Bicoecida Labyrinthulomycetes Ochrophytes Actinophryida Algues brunes Bodanella lauterborni Ectocarpus subulatus Fluvioralfsia iberica Heribaudiella fluviatilis Lithoderma zonatum Pleurocladia lacustris Porterinema fluviatile Sphacelaria (en) Algues dorées Chromulinales Hibberdiales Hydruraceae Chattonellales Diatomées Bacillariophyceae Coscinodiscophyceae Fragilariophyceae Melosirophyceae (en) Thalassiosirophyceae (en) Dictyochophyceae Pedinellales Eustigmatophyceae Eustigmatales Phaeosacciales Xanthophyceae Mischococcales Rhizochloridales Tribonematales Vaucheriaceae Oomycètes Miracula (en) Peronosporales Saprolegniales (en)
Desmarella moniliformis	Autres eucaryotes Ancyromonadida (en) Choanoflagellés Craspedida CRuMs Diphylleidae (en) Rigifilida (en) Filasterea Ichthyosporea Eccrinida Dermocystida Nucleariidae Syssomonas multiformis (en)

Bactéries

Pseudomonadati

Acidobacteriota
- "Acidobacteriia (en)"
- Holophagae (en)
Aquificota
- Aquificia
Bacteroidota
- Bacteroidia
- Chitinophagaceae (en)
- Cytophagales (en)
- Flavobacteriia
- Saprospirales
- Sphingobacteriia
Bdellovibrionota (en)
- Bacteriovoracales
- Bdellovibrionales (en)
Campylobacterota (en)
- "Campylobacteria (en)"
Chlamydiota
- Chlamydiia
Chlorobiales
Deferribacterales
Fibrobacterota
- Fibrobacteria
Gemmatimonadota
- Gemmatimonadetes
"Ignavibacteriia (en)"
Lentisphaerota
- Lentisphaeria
Myxococcota (en)
- Myxococcia
Nitrospirota
- Nitrospira
Planctomycetota
- Planctomycetia
Pseudomonadota
- Alphaproteobacteria
- Betaproteobacteria
- Gammaproteobacteria
- Zetaproteobacteria
Spirochaetota
- Spirochaetia
Thermodesulfobacteriota
- Desulfobacteria (en)
- Desulfobulbia (en)
- Desulfuromonadia (en)
- Desulfovibrionales (en)
- Syntrophorhabdia (en)
Thermomicrobiota
- Thermomicrobia
Verrucomicrobiota
- Opitutales (en)
- Verrucomicrobiia

Nostoc pruniforme	Bacillati Actinomycetota Acidimicrobiia (en) Actinomycetes Armatimonadota Fimbriimonas ginsengisoli (en) Bacillota Bacilli Clostridia Chloroflexota Anaerolineae (zh) Chloroflexia Cyanobacteriota Cyanophyceae Vampirovibrionophyceae (en) Mycoplasmatota Mollicutes
Deinococcus radiodurans	Autres bactéries Fusobacteriales "Omnitrophica (en)" "Patescibacteria (pt)" Saccharibacteria (en) Thermotogati Deinococci Synergistota Synergistia Thermotogota Thermotogae

Archées

Methanobacteriati

Methanobacteriota
- Halobacteria
  - Halobacteriales
- Methanobacteria
  - Methanobacteriales
- Methanococcales
- "Methanomicrobia"
  - Methanocellales
  - Methanomicrobiales
  - Methanosarcinales
- Thermococci
  - Thermococcales
Thermoplasmatota
- Thermoplasmata
  - Thermoplasmatales

Nitrosopumilus maritimus	Thermoproteati Thermoproteota Bathyarchaeia Bathyarchaeales Nitrososphaeria Nitrosopumilales Nitrososphaerales Thermoprotei Desulfurococcales Thermoproteales
Promethearchaeum syntrophicum	Autres archées Nanobdellati "Altarchaeum hamiconexum (en)" "Iainarchaeia" "Iainarchaeum" Micrarchaeia Nanobdellia Nanobdellales Pacearchaeota Woesearchaeota Promethearchaeati Promethearchaeota Promethearchaeia Promethearchaeales