Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Mars-avril 2021

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Encore une liste ?

Bonjour. J'aimerais planter un marronnier.

Plus sérieusement je vais commencer par mes dernières connaissances des bonnes pratiques, à savoir : éviter les listes autant que possible. Il se trouve que l'article Anthropophilie fait étalage d'une liste déjà conséquente d'espèces/taxons synanthropes.

D'une part ça prend la moitié de l'article proprement dit (si on met de côté la longue introduction) ; d'autre part cette liste (fort incomplète au demeurant) est vouée à s'allonger, du fait la dégradation continuelle des habitats "naturels" (non-anthropisés à outrance) en plus des introductions d'espèces à tout crin ici et là.

Je sais que certains sont chatouilleux quant à créer des articles "Liste de ..." mais ça me semble nécessaire dans le présent cas pour plusieurs raisons :

• d'une part refondre et compléter/approfondir l'article Anthropophilie (suffit de piocher sur la Toile ou même traduire ce qui manque à partir des autres wiki)
• d'autre part établir en parallèle une liste malgré tout la plus exhaustive possible dans une optique encyclopédique pour référencer lesdites espèces anthropophiles, quelle que soit l'ancienneté de cette synanthropie/anthropophilie.

Il y a encore des gens qui s'étonnent de trouver des espèces sauvages en ville, pas seulement des piafs ou des rats. Je pense par exemple au lérot, à diverses chauve-souris, mais aussi au lapin de garenne (si vous passez par le périphérique parisien mais aussi en bordure des aéroports, vous pourrez apercevoir légion de terriers, car malgré le bruit ils y vivent pépères) ou encore certaines perruches (pas en France bien sûr) et quantité d'autres espèces (fonction des continents/régions).

Bref. Risqué-je une levée de bouclier ou même une révocation/suppression si je scinde l'article en deux pour ce que j'analyse un plus grand bénéfice ?

En vous remerciant pour vos avis et conseils éventuels. 176.149.114.93 (discuter) 2 mars 2021 à 22:10 (CET)

Pourquoi ne pas appeler ce deuxième article Faune synanthrope plutôt que « Liste de… » ?

Il y a des perruches en France : Perruche à collier#Expansion. TED 2 mars 2021 à 22:28 (CET)

Et j’en profite pour rappeler le site perruche-a-collier.fr/ (une collaboration entre le MNHN, le département des Hauts-de-Seine, la LPO, les villes de Sceaux, Châtenay-Malabry et Antony, la Fredon et l’ONCFS) où vous pouvez participer en mettant vos observations de perruches à collier. Les données sont très utiles aux chercheurs ! TED 2 mars 2021 à 22:32 (CET)

Ca me semble une bonne idée mais trop limitée.

Par exemle le pissenlit est une plante synanthrope par excellence, qu'on trouve à foison à l'abord de nos construction et chemins, mais de façon considérablement plus clairesmée au coeur de zones sauvages. On peut aussi citer les mousses et lichens mais qui se trouvent à égales parts côté sauvage et côté environnement anthropique. Le lierre est une plante qui s'implante très bien sur toute construction aussi, que ce soit délibéré ou accidentel. On peut rallonger la liste avec toutes les fameuses herbes folles poussant mieux sur nos terrains vagues que dans leurs environnements d'origine.

Que dire aussi des espèces mycologiques qui nous sont quasiment inféodées (moisissures "alcoolotropes" des caves à spiritueux, levures prospérant sur nos vignes, moisissures de nos salles d'eau et joints, etc) ? Même sans aller jusqu'aux espèces pathogènes envers nous ou nos espèces domestiques (encore que...).

Bref, il n'y a pas que des espèces fauniques à être synanthrope :)

Par ailleurs le titre peut être une variante pour s'éviter le "Liste de..." mais il ne faudrait pas non plus y mettre du contenu qui serait plus à sa place dans Anthropophilie. Donc "Liste de..." me semble clairement circonscrire l'utilité/but de l'article, sans "tentation" d'ajouter plus que le nécessaire. Non ? Des suggestions ?

176.149.114.93 (discuter) 2 mars 2021 à 22:50 (CET)

Dans ce cas, un article Faune synanthrope, et un article Flore synanthrope ? (et à décliner pour les bactéries synanthropes, virus synahtropes, etc.) De toutes façons, tout mettre dans un seul et même article fera une liste indigeste.

On peut avoir un titre qui évite « Liste de … » en mettant clairement un renvoi vers l’article détaillé, et un renvoi depuis l’article détaillé vers l’article principal Anthropophilie pour éviter des doublons de contenus, et avec un RI qui préciserait un truc du genre (pour l’article Faune synanthrope) : « Cet article présente la liste de la faune synanthrope. Pour plus d’informations, voir Anthropophilie. » TED 2 mars 2021 à 23:02 (CET)

Pas faux. Présentés à peu près de manière standard et avec une intro telle que proposée, ça peut marcher. Il est vrai que les listes très (trop?) longues sont un peu imbuvables (même si, parfois, y'a pas forcément le choix selon le sujet/but).

On part donc sur une scission avec création des articles suivants ?

• Faune synanthrope
• Flore synanthrope
• Liste de microorganismes synanthropes (là on n'a pas trop le choix, puisque "flore" est déjà pris et que ça pourrait donner lieu à une surcorrection en cas de "microorganismeS synanthropeS" ou une déviation de sens/but si on le met au singulier)

Je ne me souviens plus s'il y a (ou pas) un processus/modèle pour prévenir de la scission d'article. Ou alors on vote directement ici. (Bien entendu je suis la scission).

176.149.114.93 (discuter) 2 mars 2021 à 23:17 (CET)

« Cet article présente une liste... » vu que c'est une liste ouverte qui par nature ne sera jamais complète . • Chaoborus 3 mars 2021 à 10:37 (CET)

Oui et non. Même si la liste n'est pas complète, il ne tient qu'aux gens de participer :)

Je pense que « Cet article présente la liste... » est de bon aloi, pour ces raisons :

1. Même incomplètes, ce sont normalement les seules listes (= les seuls articles Wikipédia fr) utilisées pour recenser ces organimes. Le reste (ajouter/compléter/etc) sera affaire de contributions au fil de l'eau.
2. Elles doivent rester les seules jusqu'à plus ample développement encyclopédique (qui justifierait de discuter ou pas de nouvelles scissions/fusions, on verra si c'est avéré un jour ou jamais).

• (On peut/pourra toujours changer la formulation de l'intro à un moment ou un autre -- et ça me choquerait moins de passer de "la" vers "une" que l'inverse.)

Après s'il y a des justifications/raisons pertinentes pour démarrer d'amblé sur « Cet article présente une liste... », OK. Le principal but est d'avoir une valeur encyclopédique collectivement gérée/construite.

PS : En fait ce midi j'ai pensé que mettre "une" était une bonne idée. Ce soir en prenant un peu plus de recul, je crains une faille : potentiellement une multiplication des listes en mode "espèces synanthropes de (insérer région ou autre critère abritraire de votre choix)". C'est grotesque mais ça n'empêche pas des gens certes de très bonnes volontés de vouloir "s'approprier" des articles de façon très personnelle (et quoi de mieux pour un tel (aspirant) contributeur qu'un article dont il en serait aussi "l'auteur" ?). J'ai vu des gens défendre bec et ongle des articles faisant doublon... pour me rendre compte plus d'une fois qu'ils en étaient soit contributeurs principaux soit en plus créateurs (je me souviens notamment de doublons sur des races, ou sur des institutions, des personnes, etc) -- biais quelconque, orgre wikipédien, vanité... de tels contributeurs n'en démordent pas facilement. Et faut passer derrière pour faire le ménage... Mais je pèche peut-être par pessimisme parce que « chat échaudé craint l'eau froide ».

PPS : Je pense m'atteler à cette tâche ce weekend. Les compléments, coups de main et sources seront très bienvenus :)

Bien à tous. 176.149.114.93 (discuter) 3 mars 2021 à 19:19 (CET)

Tu sais, ce n'est pas parce que ça sera écrit « la liste » que ça empêchera les gens de créer autant de doublons qu'ils en auront envie . (D'ailleurs je m'en fiche complètement, en fait.) • Chaoborus 3 mars 2021 à 21:42 (CET)

J'ai créé les deux premiers articles. Je pense faire pour l'instant un seul article flore synanthrope avec une section plantes et une section mycètes. S'il y a lieu, on pourra toujours scinder mais linguistiquement, les champignons sont comptés dans la flore (et les microorganismes aussi, du coup). 176.149.114.93 (discuter) 6 mars 2021 à 18:43 (CET)

 TED : Par contre j'ai un certain gugus qui supprime les nouveaux articles, en prétendant que ce n'est pas admissible due à une fusion auparavant. Faut que je recrée sous un autre nom ? 176.149.114.93 (discuter) 6 mars 2021 à 19:01 (CET)

Bonjour. Pour ma part, je n'ai fait que vous signaler qu'il est d'usage de discuter d'une telle scission sur la page de discussion de l'article concerné, d'autant plus lorsqu'il y a eu une fusion il y a peu sur plus ou moins les mêmes sujets. Le "gugus", comme vous dites, c'est @Bertrand Labévue, un administrateur qui a jugé que la création de cet article "Ne répond pas ou ne fournit pas de preuve (sources) du respect des critères d'admissibilité de Wikipédia : Aucune source ni explication". Cordialement. --O-R (discuter) 6 mars 2021 à 19:13 (CET)

Bonjour. Pour moi une liste sans source c'est un TI. De plus vous ne prenez même pas la peine d'expliquer à quoi correspond cette liste ce qui me semblerait la base. --Bertrand Labévue (discuter) 6 mars 2021 à 19:20 (CET)

"Gugus" N'ayant pas signé son message sur "ma" page de discussion. Je pense que ça se voyait aussi que j'étais en plein dans les modifs et ajouts de la création. Suffisait de voir l'historique de contribution pour se rendre compte.

En quoi est-ce un "TI" ??? Y'avait une liste longue comme le bras sur Anthropophilie ! Fallait-il la virer purement et simplement ? Moi ça me va, ça n'en rend l'article que plus clair, et j'ai l'intention de l'étoffer plus en profondeur -- pour une refonte et avec des sources que j'ai sous le coude à lire, histoire de correctement complémenter cette passionnante problématique. Bref, soit on supprimait tout court, soit on mettait la liste quelque part (et ne vous en faites pas, ça ne sort pas de mon chapeau : soit vous prenez le temps de lire les articles wiki (en français ou même en anglais), soit vous prenez le temps de lire des études scientifiques (en trouver en open source avec les noms d'espèces, c'est cool mais ce sont souvent des études d'impact (pas toujours évident pour le néophyte) ou de phylogénie (pas forcément intéressant même si mention est parfois faite que telle ou telle espèce est synanthrope)). Sachant qu'il est très important en écologie scientifique de mesurer les perturbations d'un milieu, il est plus qu'essentiel de faire le distinguo entre espèces synanthropes et espèces non-synanthropes. Il ne suffit plus qu'une zone délimitée soit riche en espèces, on étudie aussi / de plus en plus les glissements de communautés écologiques, et notamment la disparition de certaines espèces non-synanthropes au profit d'espèces synanthropes. Voir par exemple ça : [1] (ou même ça [2]), un point que j'aimerais ajouter à anthropophilie.

De plus les espèces synanthropes sont un des nombreux ponts avec la vie sauvage, pour le meilleur comme pour le pire (grippe aviaire, covid19, etc). Il est donc utile sinon vital de lister/identifier les espèces "entre deux mondes" (le monde sauvage non-perturbé et le monde anthropisé).

J'espère que vous prendrez le temps d'analyser mes futurs ajouts à Anthropophile, au moins pour le plaisir d'apprendre, et peut-être mieux comprendre l'utilité encyclopédique des listes créées aujourd'hui.

Cordialement 176.149.114.93 (discuter) 6 mars 2021 à 21:07 (CET)

PS : Par contre j'ai continué à lister en noms vernaculaires (vu que c'était la liste d'origine). Vaut-il mieux basculer en dénominations latines ou continuer tel quel ? 176.149.114.93 (discuter) 6 mars 2021 à 21:34 (CET)

Bonjour ! Il faudrait àmha mettre les deux--74laprune (discuter) 7 mars 2021 à 10:01 (CET)

Bonjour à toutes et tous.

 176.149.114.93, je laisserai @Bertrand Labévue répondre s'il le souhaite mais je me permets de vous faire remarquer que le bandeau qui a été mis automatiquement sur votre page de discussion indiquait bien son identité et donc que le terme "gugus" peut relever d'une attaque personnelle. De plus, je trouve un peu étonnant que vous admettiez ici même que la création d'une liste peut poser problème mais que, dès lors que vous êtes "rattrapé par la patrouille", vous usiez de ce qui peut relever de l'argument d'autorité pour passer en force. Mais soit. J'ai vu que vous aviez ajouté des informations sur votre démarche dans les pages de discussion des articles et je vous en remercie. C'est beaucoup plus clair ainsi. Il faut penser que tous les contributeurs, et notamment les patrouilleurs, ne suivent pas le café des biologistes mais peuvent être tout de même "un minimum sérieux" pour reprendre votre expression. En tous les cas, concernant la création de cette liste, je ne peux que vous renvoyer à la lecture de WP:TI et WP:Admissibilité des listes car la question n'est pas de savoir si "ça sort de votre chapeau" mais de correctement sourcer la liste afin que son admissibilité (au sens de WP) ne puisse être remise en cause. D'un point de vue personnel, oui je trouve que cette liste a son utilité, mais il faut ajouter au moins une source qui rende admissible l'article afin de montrer qu'il ne s'agit pas d'une Wikipédia:Synthèse inédite. Il y en a forcément, je ne doute pas que vous en trouverez.

Par ailleurs, comme vous contribuez sous IP et ne semblez pas connaitre le fonctionnement de la patrouille, je me permets de vous signaler {{Modèle:En travaux}} à apposer sur les articles que vous créez sans commencer par sourcer vos modifications. Cela peut servir.

Bonne continuation. Cordialement. --O-R (discuter) 7 mars 2021 à 11:27 (CET)

Merci pour le modèle. J'ai pas mal remanié Anthropophilie aujourd'hui. J'ai malheureusement perdu les liens vers deux belles études de remplacement écologique (l'une portait sur le chat sauvage européen, l'autre sur les oiseaux côtiers d'Améique du Nord), donc stand-by pour cette partie. Si j'ai le courage, je remettrai un coup de collier la semaine prochaine. 176.149.114.93 (discuter) 7 mars 2021 à 23:25 (CET)

Paléontologie, suppression non justifiée de références

Bonjour. Déjà hier ici : https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Pal%C3%A9ontologie&type=revision&diff=180482816&oldid=179964762

J'ai (encore) effectué une restauration grossière, ici : https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Pal%C3%A9ontologie&diff=180483274&oldid=180482816

Mais la personne continue de supprimer sans justifier. Comme ici : https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Pal%C3%A9ontologie&type=revision&diff=180494449&oldid=180494414

Du coup j'ai restauré ici : https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Pal%C3%A9ontologie&type=revision&diff=180495037&oldid=180495007 (j'ignore s'il y avait du multiréférencement plus bas, vu la référence nommée, à vérifier)

Merci d'envoyer un "ambassadeur" dans ce qui commence à sentir la guerre d'édition.

PS : Pour info, même s'il s'agissait d'une bonne intention, elle n'est à aucun moment expliquée. D'autant que les bouquins référencés sont sérieux et qu'il est toujours bon de sourcer des affirmations ayant pu être contestées par le passé.

PPS : Ca continue :

• https://fr.wikipedia.org/wiki/Discussion_Projet:Biologie/Le_caf%C3%A9_des_biologistes#Pal%C3%A9ontologie%2C_suppression_non_justifi%C3%A9e_de_r%C3%A9f%C3%A9rences

176.149.114.93 (discuter) 3 mars 2021 à 07:49 (CET)

Je lui ai laissé un petit message. • Chaoborus 3 mars 2021 à 10:34 (CET)

Aide:Écrire une taxobox

Bonjour,

J'ai édité Aide:Écrire une taxobox via cettre modification ({{Liste des taxobox simples}}). Cette aide me paraît utile, notamment pour les débutants, mais un tableau de correspondance pourrait être une meilleure présentation. Celle-ci me convient. Laisser en état ou réarranger, qu'en pensez-vous ? --LD ^{• m'écrire •} 5 mars 2021 à 18:58 (CET)

L'inventeur oublié du vaccin à ARNm ?

Je viens de reverter des modifications d'un contributeur [3], et la page nouvelle sur Steve Pascolo , associé de CureVac me parait un poil optimiste. Des avis ? --Pa2chant.bis (discuter) 7 mars 2021 à 05:49 (CET)

Recommandations de l'usage de l'italique en botanique

Bonjour, Sauriez-vous où se situent le texte exacte des recommandations du Code en nomenclature botanique (et tout le toutim) à propos de l'usage de l'italique généralisé à l'ensemble des taxons? J'ai trouvé une traduction de la préface du Code de 2000 qui en parle mais rien dans le Code à proprement dit. Merci d'avance. — Abalg ^Bzzzzzz 9 mars 2021 à 13:14 (CET)

Traduction de vittae

Bonjour ! Quelqu'un aurait-il une idée de la traduction du terme « vittae » qui sonne latin et que je rencontre uniquement dans les descriptions botaniques en anglais ? Merci d'avance--74laprune (discuter) 9 mars 2021 à 19:04 (CET)

@74laprune : j’ai trouvé en:wikt:vitta qui dit : « (botany) An oil tube in the fruit of some plants ». As-tu un exemple de description pour avoir le mot dans son contexte ? TED 9 mars 2021 à 20:02 (CET)

 TED : par exemple dans le dernier article que j'ai créé Daucus guttatus#Appareil reproducteur--74laprune (discuter) 9 mars 2021 à 21:04 (CET)

@74laprune : où est la description en anglais ? La source renvoie sur WFO qui ne contient rien… TED 9 mars 2021 à 22:10 (CET)

 TED : je ne vois pas : le paragraphe est bien sourcé avec (en) Concepcion Sáenz Laín, « Research on Daucus L. (Umbelliferae) », Anales del Jardín Botánico de Madrid, vol. 37,‎ 1981, p. 490 (lire en ligne [PDF], consulté le 8 mars 2021)--74laprune (discuter) 10 mars 2021 à 12:42 (CET)

@74laprune : ah oui ! Je ne devais pas avoir les yeux en face des trous… ou une bizarrerie de renvoi de notes ?

Du coup, le pdf contient page 485 : « All fruits of Caucalideae have secretory vesicles of essential oils or vittae », ce qui confirme la définition. Il faudrait que je remette la main sur mon dictionnaire de botanique pour voir s’il y a un mot en français. Sinon, une petite périphrase pourrait faire l’affaire. TED 10 mars 2021 à 14:24 (CET)

 TED : fais-moi signe si tu trouves le nom en français ! En attendant j'ai remplacé par une « petite périphrase ». Amicalement--74laprune (discuter) 10 mars 2021 à 15:22 (CET)

Illustrations botaniques

Autre chose : quelqu'un sait-il si les illustrations botaniques là et là sont dans le domaine public pour pouvoir les téléverser sur commons ? Je ne suis pas très doué en terme de droits d'image ... Je vois qu'il y a la mention © puis CC-BY-NC 4.0 et je ne sais à quoi ça s'applique exactement. Cordialement--74laprune (discuter) 9 mars 2021 à 19:04 (CET)

@74laprune : NC = usage non commercial, donc pas bon pour commons. Mais d’autres plus rodés que moi aux subtilités des licences sauront probablement mieux répondre. TED 9 mars 2021 à 20:04 (CET)

Ceci étant dit, il me semble que le fait de simplement scanner un document qui est dans le domaine public (ce qui est le cas des illustrations des années 1820) ne permet pas de mettre un © dessus. Il y a une licence PD-old sur commons pour cela, je crois. À faire confirmer par quelqu’un qui a l’habitude des licences. TED 9 mars 2021 à 20:08 (CET)

Conflit d’édition —

Bonsoir 74laprune,

Vu la date, ces illustrations sont dans le domaine public. S'attribuer des droits là-dessus est un Copyfraud de la Bodleian Library. Ils ne sont pas les seuls à procéder de la sorte : la BnF le fait aussi sur Gallica et la National Gallery en est aussi coutumière ! Je pense que tu peux les téléverser sur Commons sans souci : cette image de 1802 sur laquelle la National Gallery s'attribue des droits a été téléchargée sans susciter de levée de boucliers !

Bonne continuation. Cordialement - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 9 mars 2021 à 20:17 (CET);

74laprune, je confirme ce que dit Cymbella c'est de la fraude de leur part et tu peux sans vergogne importer toutes les illustrations que tu veux. Lors de ton import, coche la case « Publié pour la première fois avant 1926 et auteur décédé depuis plus de 70 ans », ce sera suffisant. — Abalg ^Bzzzzzz 9 mars 2021 à 21:01 (CET)

 TED, Cymbella et Abalg : super ! Je m'y mets tout de suite--74laprune (discuter) 9 mars 2021 à 21:07 (CET)

En fait il s'agit de photos et le copyright est de ce fait correct. Il semble cependant y avoir un accord avec la Bodleian pour que les images de dimension inférieure à 1 000 pixels soient OK. Anneyh (discuter) 9 mars 2021 à 21:40 (CET)

Bonsoir. Il me semble qu'une photo d'un objet en 2 dimensions ne donne pas lieu à une nouvelle couche de droit d'auteur. Même s'il peut y avoir un apport technique par le photographe, il n'y a pas d'apport artistique. Cordialement. --O-R (discuter) 9 mars 2021 à 22:25 (CET)

Voir Commons:When_to_use_the_PD-scan_tag#What_level_of_originality_is_needed_for_copyright_to_be_created?. Les anglais sont un peu spéciaux...

Pour ma part je favoriserai la Biodiversity Heritage Library. Il y a déjà beaucoup d'images disponibles sur commons et souvent pas associées à leur espèce. En plus on montre ainsi la valeur de la communauté. Anneyh (discuter) 9 mars 2021 à 22:38 (CET)

O-R a raison, il n'y a pas de nouveaux droits sur une photo d'un objet en deux dimensions. Que la Bodleian demande des droits pour la reproduction commerciale d'images du domaine public en haute définition, cela peut se comprendre car la production des ces images a un coût qu'ils cherchent à amortir. Mais ici, il s'agit de fichiers png de moins de 500 K ! - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 9 mars 2021 à 23:38 (CET)

Bonjour Anneyh, pour en rajouter une couche, il n'y a aucune ambiguïté : aucune numérisation brute ne permet l'apposition d'un copyright sur une œuvre en deux dimensions issue du domaine public, quelque-soit le pays concerné. Quand bien même le travail de numérisation est coûteux et chronophage. Pour qu'un copyright puisse être ajouté, il faut un apport artistique évident, l'amélioration technique de l'image n'en étant pas un. Quant à la définition de numérisation de l'image, seule une définition extrême permettant de déceler des détails invisibles à l'œil nu pourrait être limite question droit aux USA (la question n'est pas tranchée d'un point de vue juridique), mais dans notre exemple, on est trèèèèèèès loin de ce cas de figure vraiment exceptionnel, il n'y a pas de question à se poser. Je pense d'ailleurs que le poids de l'image dépasserait le poids autorisé sur Commons (100Mo). (voir : Commons:When to use the PD-scan tag (version en), version fr). Bien à vous. — Abalg ^Bzzzzzz 10 mars 2021 à 08:17 (CET)

De toute façon je les ai retrouvé sur BHL et c'est de là que je les ai téléversé [4] car elles sont au format plus grand et sont déjà cadrées--74laprune (discuter) 10 mars 2021 à 12:46 (CET)

Retraits en série non-justifiés

Bonjour. Je signale plusieurs retraits en série non-justifiés qui s'engage dans une guerre d'édition sur :

• Paléogénomique, dont diff avec attaque hominem en guise d'excuse : [5]
• Discussion:Paléogénomique, dont diff [6] où je ne vois pas en quoi l'évolution du vivant serait "remplaçable" par la paléontologie (surtout s'agissant de génomique, c'est de l'analyse de génomes et pas de l'analyse de fossiles).

En espérant une issue amiable et surtout raisonnée/pertinente au présent problème. 176.149.114.93 (discuter) 12 mars 2021 à 20:54 (CET)

PS : Au passage je remercie toutes les IP et tous les comptes qui participent aux projets en étant assez censés et responsables pour ne pas faire trop de biais de jugement ou tomber dans le pédantisme mal placé. Wikipédia est un projet participatif ouvert à toutes les bonnes volontés et jusqu'à preuve du contraire, les problèmes par des comptes ne sont pas davantage tolérés que pour des IP, pas plus que les contributions sous IP (surtout sourcées et en concertation avec les autres contributeurs du projet de rattachement) seraient de moindre valeur que les contributions sous compte. 176.149.114.93 (discuter) 12 mars 2021 à 20:54 (CET)

Commençons par le commencement, et invitons  Keranplein à la discussion. Comme ça vous pourrez tout les deux exposer vos arguments, sur le fond.

petit point technique : on ne peut pas notifier une ip donc effectivement c'est plus compliqué de te prévenir si on intervient sur des article que tu a modifié 176.149.114.93.

L'un comme l'autre vous faites en général des modif intéressantes et sensées. Je n'ai pas ici d'idées sur le fond des modif.--Théo Vansteenkeste (discuter) 12 mars 2021 à 22:06 (CET)

Bonjour,

Lancer une guerre d'édition juste à cause d'une divergence d'opinion sur le sens du mot Paléontologie, c'est un peu fort de café, surtout de la part d'un contributeur même pas enregistré !

Ce n'était pourtant pas bien difficile de démarrer tranquillement une discussion en PDD sur ce sujet épineux.

La discussion se passe sur la page Discussion:Paléogénomique, où les habitués sont invités à exprimer leur point de vue sur la frontière qu'il convient de tracer entre le Projet:Paléontologie et le Projet:Origine et évolution du vivant, à la suite des grandes manoeuvres de reclassement lancées il y a près de 3 mois par Philippe rogez (d · c · b).

Cordialement, Keranplein (discuter) 12 mars 2021 à 22:36 (CET)

PS : Théo Vansteenkeste (d · c · b), comment peut-on savoir qui est ce contributeur, s'il est sous IP ? Conserve-t-il toujours le même numéro d'IP ?

C'est une ip que je vois interragir sur le café depuis que je suis sur wikipedia, ou peu s'en faut. Je croix que tu peux la considérer comme un contributeur régulier et sérieux.

Un même ordi, connecté au même réseau internet conserve toujours la même ip.

évidemment on ne peut pas exclure qu'il puisse y avoir plusieurs personnes physiques dessus. Mais en l'occurrence ses remarques vont toujours dans le même sens : intégration de plus de science dans wiki (en gros). Et puis finalement c'est pareil avec nimporte quel compte utilisateur.--Théo Vansteenkeste (discuter) 12 mars 2021 à 23:20 (CET)

Il s'est cru autorisé à jouer les gros bras avec un contributeur expérimenté, ce qui n'est pas très malin.

Disons qu'on va mettre cet épisode sur le compte d'un malentendu.

Il ne reste plus qu'à dénouer le débat de fond sur la PDD sus-mentionnée.

Cordialement, Keranplein (discuter) 12 mars 2021 à 23:49 (CET)

Titre en italique : pas toujours automatique - pourquoi ?

Bonjour à toutes et à tous . Je ne sais pas pourquoi l'article Aoniraptor présente un titre qui n'est pas en italique, alors que Megaraptor s'affiche bien en italique et ce alors que tout semble similaire (en particulier la taxobox). Comment fonctionne cet automatisme, sur quoi peut-on influer ? L'article comportait "titre en italique" qui semble superflu habituellement. D'avance merci pour vos commentaires. Amicalement Givet (discuter) 23 mars 2021 à 10:35 (CET)

Désolé, je n'ai pas la réponse, ça m'échappe aussi. Goodshort (discuter) 23 mars 2021 à 10:54 (CET)

@Givet et @Goodshort : il manquait un « t », tout simplement. TED 23 mars 2021 à 17:38 (CET)

@TED, @Goodshort et @Salix c'était bien évidemment trop gros comme erreur . Désolé du dérangement mais, la prochaine fois, je ne me ferai (sans doute...) plus avoir. Encore merci à tous, et à toi, TED, en particulier Givet (discuter) 23 mars 2021 à 17:47 (CET)

Bravo TED ! ça fait beaucoup de personnes mobilisées pour un truc si simple . Goodshort (discuter) 23 mars 2021 à 17:51 (CET)

Bravo  TED. En remplaçant la taxobox par celle de l'autre article, l'italique n'y était toujours pas en prévisualisation (donc j'ai ensuite cherché la cause ailleurs), et pour cause, s'il faut que le titre article = titre taxobox pour que l'italique fonctionne. C'est bon à savoir : ajouté à la documentation du modèle. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 23 mars 2021 à 18:13 (CET)

J'ai eu la même démarche, avec le même résultat. Goodshort (discuter) 23 mars 2021 à 18:59 (CET)

Attention ! Ce n’est pas dans Modèle:Taxobox début, mais dans Modèle:Taxobox taxon, et c’est un sujet qui a déjà été débattu, discuté et rappellé de nombreuses fois ici depuis looooongtemps ! @Hexasoft pour info ! . TED 23 mars 2021 à 19:03 (CET)

Oops merci. Pour éviter de déranger  TED à chaque fois, je l'ai ajouté aussi à Projet:Biologie/Plan ébauche taxon, Projet:Botanique/Plan type espèces végétales et Projet:Zoologie/Article type (guide). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 24 mars 2021 à 11:19 (CET)

Biais culturels dans la nomenclature des espèces

Bonjour, après la débaptisation des noms de lieux, je vois passer de plus en plus d'articles qui s'interrogent sur la nomenclature adoptée par une communauté scientifique plutôt nombriliste, il faut bien le reconnaître, pour qu'elle soit revue à la faveur des mouvements dénonçant le colonialisme assorti de misogynie, qui prédominaient à l'époque de leur description. Faudrait-il le mentionner, où et comment ? Voir ces articles suivants :

• (en) 2014 [Botanical decolonization: rethinking native plants] doi:10.1068/d13006p
• (en) Change Species Names to Honor Indigenous Peoples, Not Colonizers, Researchers Say, 2020
• (en) Decolonizing Species Names, 2021.
• (en) The inequity of species names: The flora of New Caledonia as a case study, 2021

et aussi le forum de iNaturalist sur ce sujet pour se faire une idée des réactions (hélas, comme toujours, principalement anglophones par la force des choses). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 1 avril 2021 à 15:46 (CEST)

Rapidement, je vous conseille surtout de lire (dans de vraies revues à comité de lecture, et non dans des forums de sites participatifs) :

• l’article qui a déclenché les réactions dans la presse généraliste : (en) Len Norman Gillman et Shane Donald Wright, « Restoring indigenous names in taxonomy », Communications Biology, vol. 3, n^o 1,‎ décembre 2020, p. 609 (ISSN 2399-3642, PMID 33097807, PMCID PMC7584613, DOI 10.1038/s42003-020-01344-y, lire en ligne, consulté le 1^er avril 2021)
• et le commentaire : (en) Sandra Knapp, Maria S. Vorontsova et Nicholas J. Turland, « Indigenous Species Names in Algae, Fungi and Plants: A Comment on Gillman & Wright (2020) », TAXON, vol. 69, n^o 6,‎ décembre 2020, p. 1409–1410 (ISSN 0040-0262 et 1996-8175, DOI 10.1002/tax.12411, lire en ligne, consulté le 1^er avril 2021) (cosigné par Sandra Knapp, présidente de la Linnean Society of London, je pense qu’on peut affirmé sans peur que son avis fait autorité en matière de nomenclature) et en particulier le passage :

« There already exist mechanisms for the conservation or rejection of names to preserve nomenclatural stability. Proposals are made to the appropriate Committee under procedures laid out in Art. 14 and 56 of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Turland & al., 2018). We see no reason why recognition of indigenous knowledge and contribution could not be included in the criteria for conserving or rejecting a name, and in fact, it could be a positive step to consider the replacement of species epithets where an overwhelming desire for such an action was to come from an indigenous people. »

Bref, pas grand chose à en sortir si ce n’est que c’est déjà possible de changer les noms… Peut-être une ligne dans Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes ? Et il me semble que le Code international de nomenclature zoologique propose des dispositions similaires pour la conservation des noms en nomenclature zoologique… TED 1 avril 2021 à 20:09 (CEST)

C'est la conclusion du 4e document que j'ai cité ci-dessus : (en) « To promote the preservation of biodiversity, species should be named with an eye toward how these names will be perceived by the local communities involved. This practice could be added as a formal recommendation in article 23 of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants. ». En pratique, d'après ce que je vois passer, il y a de moins en moins d'épithètes éponymes, mais plus qui offrent un meilleur moyen mnémotechnique en référence à la localité ou une caractéristique, ou encore une référence de culture générale (cf. parmi les dernières trouvailles : Goniurosaurus gollum (le Seigneur des anneaux) et Lycosa aragogi (Harry Potter) ! -- Amicalement, Salix ^[Converser] 2 avril 2021 à 01:15 (CEST)

Hop : désolé, quasiment absent ces temps-ci, pas de temps libre…

Le problème reste toujours le même : quoi qu'on pense des choix, ce sont les sources qui priment. Si les sources de référence utilisent le nom X, WP utilise le nom X. Que ce nom soit faux (forme latine invalide), qu'il soit indue (forme décrite sous un autre nom par un autre), qu'il soit remis en question…

C'est « possible de changer les noms », mais ce n'est pas le boulot de WP. On peut vouloir appuyer cette démarche, mais ce n'est pas un travail éditorial direct (au sens wikipédien du terme).

Après sur le fond (à titre personnel), quand on dédie une espèce à quelqu'un qui a œuvré dans le domaine pourquoi pas, même s'il me semble préférable de privilégier du descriptif (lieu ou caractéristique physique). Mais il y a tellement de madagascarensis, de bilineata, de trilineata, de ocellat[a|us], etc… que franchement un peu d'originalité ne peu nuire. Cordialement, Hexasoft (discuter) 4 avril 2021 à 21:45 (CEST)

@TED et @Hexasoft,

Si je comprends bien Salix ne propose pas de changer les noms, mais seulement de mentionner cette nouvelle tendance, à l'appui, notamment, des sources qu'elle cite (et non de forums de sites participatifs), et s'interroge sur l'opportunité, le meilleur endroit et la façon de la mentionner. Je pense que cela pourrait se faire sur la page Nomenclature (biologie), qui est très courte et renvoie vers une série d'articles connexes, ou sur les pages Nom binominal, Genre (biologie) ou Épithète spécifique.

Cordialement - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 4 avril 2021 à 22:59 (CEST)

@TED et @Hexasoft Oui, Cymbella a bien résumé bien le problème. Je pose la question ici, pour savoir si vous pensez que les souhaits exprimés, à propos du choix des nom scientifiques éponymes, de remédier à ce qui est considéré par certains comme un biais culturel, relève de Wikipédia:Importance disproportionnée ou pas et si c'est prématuré ou non. Dans le cas où l'opinion s'avère suffisamment répandue (recommandations pour l'avenir ou même renommages a posteriori), faut-il mentionner ces revendications culturelles sur des articles tels que Génocide culturel ou Ethnocide, ou convient-il d'aborder ce sujet délicat dans nos articles de nomenclature ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 4 avril 2021 à 23:24 (CEST)

@user:Salix : franchement il faudrait des exemples concrets pour pouvoir donner un avis (pour ce qu'il vaut − je parle du mien).

Comme ça de loin, j'ai envie de rebondir sur les sources : autant je ne doute pas que cette question soit abordée de façon générale (donc pourrait être sourcée sur des articles généraux) autant je doute que ça puisse à l'heure actuelle s'appliquer à des articles plus précis.

Une « revendication » n'est qu'un point de vue, qui reste minoritaire (voire silencieux) tant que personne ne l'entend (ou l'écoute, surtout). Nous qui, en biologie, faisons grand cas des sources secondaires ou tertiaires, devrions à mon avis faire pareil pour des tendances qui n'ont pas encore percé. En parler sur les sujets généraux c'est légitime (avec sources), en dehors de ça : dès que ça transparaîtra dans nos sources.

Sur ce, je retourne à mon absence : désolé, c'est trop chargé coté IRL ces temps-ci pour autre chose que des interventions ponctuelles. Portez-vous bien et puissiez-vous restez en dehors des complosphères . Hexasoft (discuter) 5 avril 2021 à 00:04 (CEST)

@Salix, @Cymbella et @Hexasoft : j’avais bien compris que Salix ne propose pas de changer les noms, mais quelle tendance y a-t-il à signaler ? Je ne partage pas du tout l’opinion exprimée par Salix : « d'après ce que je vois passer, il y a de moins en moins d'épithètes éponymes », etc. (y aurait-il un biais cognitif : ayant vu passer les articles sur la question, on porterait plus attention aux divers noms ?) Et comme le dit Hexasoft : en l’absence de sources, il est difficile de dire quoi que ce soit.

Pour exemple : la liste des espèces plantes décrites en 2020 sur le site de l’IPNI : en prenant les 10 premières, 5 ont des épithètes spécifiques en hommage à une personne ! Les infos sont données en bas de chaque page sur le site de l’IPNI :

• Acacia lespedleyi : Les Pedley (1930–2018), spécialiste des Acacias à l’herbier de Queensland,
• Acalypha gillespieae : Lynn J. Gillespie, botaniste chercheuse au Canadian Museum of Nature,
• Acalypha leandrii : Jacques Désiré Leandri (1903–1982), botaniste français,
• Acalypha nusbaumeri : Louis Nusbaumer, chercheur et conservateur au Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève,
• Acalypha rabesahalana : Gisèle Rabesahala (1929–2011), femme politique malgache, première à avoir été nommée ministre dans un gouvernement malgache.

Ce n’est évidemment pas une preuve, et il faudrait une étude plus poussée sur le sujet que les 10 premiers noms, avec des vraies analyses statistiques, et ce n’est pas à nous de faire cette étude : il faudrait qu’elle soit publiée ailleurs pour pouvoir être citée dans Wikipédia. J’ai rapidement cherché si une telle étude existait déjà, mais je n’ai rien trouvé (mais une recherche plus approfondie pourrait peut-être trouver quelque chose ?).

Bref, d’après ce que je vois passer, il n’y a pas de tendance à signaler. J’ai même vu en synonyme remplacé des noms de botanistes européens remplacer des noms de lieu pour des espèces endémiques d’Afrique… (il faudra que je retrouve les exemples… je pense que c’était dans les Convolvulaceae).

Concernant Lycosa aragogi : je pense que nommer une espèce endémique d’Iran en lui affublant un nom dérivé d’un nouveau folklore anglo-saxon n’est qu’une nouvelle forme de colonialisme, et il n’y a pas lieu de s’en réjouir. Cela aurait été une espèce britanique découverte près du lieu de naissance de J. K. Rowling par exemple, cela aurait probablement pu être beaucoup plus rigolo… Idem pour Goniurosaurus gollum (en), endémique de Chine… à moins de confondre Empire du Milieu et Terre du Milieu ?

Pour ce qui est des évolutions éventuelles des règles de nomenclature, pour ce qui est de la botanique, il y a un Congrès international de botanique tous les 6 ans, et le prochain est prévu en 2023, mais l’organisation à Rio de Janeiro vient d’être annulée le 30 mars dernier, en raison de l’impossibilté de préparer le congrès en amont en raison de la pandémie actuelle. Je n’ai pas trouvé d’infos sur un nouveau lieu d’organisation du congrès (ou sur une éventuelle virtualisation du congrès). Il faudra probablement attendre plusieurs jours (semaines ? mois ?) pour savoir quelles nouvelles dispositions seraient prises pour l’organisation de ce congrès. Dans tous les cas, il n’y aura aucune nouveauté réglementaire en botanique (c’est-à-dire pour les algues, les champignons et les plantes) avant 2023 au plus tôt (probablement 2024 le temps que le Code soit publié). En zoologie, il n’y a pas à ma connaissance de changement prévu du Code… qui a connu 4 éditions : 1961, 1964, 1985 et la denière datant de 1999. TED 5 avril 2021 à 03:53 (CEST)

Bonjour à tous. La question des biais culturels en science et à fortiori en taxonomie n'est pas neuve. En citant David Arora (qui parlait de comestibilité des champignons), tout cela fonctionne « au sein d'un système intellectuel essentiellement fermé qui, ironiquement, partage bon nombre des mêmes limites de biais culturels que l'on trouve dans les cultures populaires traditionnelles, mais avec la prétention d'être moderne et scientifique. » Je trouve le débat très intéressant à documenter dans tous les cas (sans tomber dans les mesures prescriptives, car ce n'est évidemment pas notre rôle). La question de la proportionnalité est importante et vue la taille actuelle de Nomenclature (biologie), l'exercice n'est pas simple. Je crois que la question des noms indigènes est également évoquée depuis longtemps, et qu'il y a déjà eu des tentatives pas toujours fructueuses (voir peut-être ceci : Australian names for Australian rodents).

Et puis si on veut élargir le champs, on connaissait le problème des espèces trop moches pour être sauvées... Ben il y a aussi celui des espèces avec un nom qui aide pas (« commune », « mineure », « fausse », etc.) : Many IUCN red list species have names that evoke negative emotions. Dans cette perspective, si Lady Gaga et le Seigneur des Anneaux peuvent aider à attirer l'attention sur des espèces en danger… Je veux bien fermer les yeux sur le néocolonialisme culturel que TED évoque à juste titre.

Bonne semaine ! — Tricholome ^{et par saint Georges !} 5 avril 2021 à 08:06 (CEST)

Bonjour. L'élargissement fait par Tricholome à d'autres « biais cognitifs » occasionnellement dénoncés est intéressant. Quelles que soient les intentions ou les fantaisies des descripteurs de nouvelles espèces, en revanche, à notre niveau « il n’y a pas lieu de s’en réjouir », ni de le déplorer d'ailleurs. Même quand une épithète semble être une lubie d'arachnologiste fan de Harry Potter, dans un cas comme Lycosa aragogi qui sait si des enjeux culturels locaux ne nous échappent pas ? Si les éponymes sont encore aussi nombreuses de nos jours que le laissent supposer les exemples donnés plus haut par  TED (La proportion varie probablement selon les groupes étudiés et les habitudes de ceux qui les décrivent), on peut estimer que des voix se feront encore entendre si elles estiment qu'un soupçon de dénigrement culturel persiste, sans même parler des revendications à propos des taxons anciens. Encore une fois, il est bien évident que notre rôle de passeurs n'est pas d'approuver les hommages rendus à des personnalités réelles ou fictives, ni de les dénoncer, encore moins d'y remédier, mais uniquement de décider ensemble si les sources sont trop marginales, ou au contraire si les exigences de neutralité de point de vue sur Wikipédia nécessitent d'évoquer les soucis de biais culturels en nomenclature scientifique. D'après vos réponses on dirait plutôt que la réponse est non. L'avenir nous dira si cette question était simplement anecdotique ou bien prématurée. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 5 avril 2021 à 17:05 (CEST)

sujet La thérapie cellulaire

bonjour à tous. je commence par me présenter je m'appelle Etienne MUTABAZI , étudiant en Master2 de biologie moléculaire et Immunologie appliquée. j'aimerai savoir pourquoi dans l'article traitant la thérapie cellulaire sur Wikipédia il n'y a pas des exemples d'applications de cette discipline scientifique. je plaide pour une insertion des applications des nouvelles techniques thérapeutiques dans les rubriques d'articles Wikipédia. cela permet de mieux renseigner le lecteur et lui donner une idée d'exemples d'applications de ce qu'il lit. cordialement, Merci! --EtienneMutabazi (discuter) 1 avril 2021 à 15:54 (CEST)

Bonjour, sur cet article (comme tout les autres), le contenu est apporté par des milliers de bénévoles qui rajoutent des informations au fur et à mesure selon les connaissances qu'ils en ont et les sources sérieuses qui existent. Si personne n'a rajouté les informations que tu cherches c'est simplement que personne n'y a pensé ou n'a trouvé le temps de le faire. Tu es libre de participer comme tous ces bénévoles à augmenter la somme de connaissance de Wikipédia, par exemple avec les publications auxquelles tu seras confronté durant tes études justement. Triton (discuter) 1 avril 2021 à 19:08 (CEST)

Sourçage de l'article Anatomie

Salutations universelles vivants passionnés du vivant,
Dans le cadre du WCC, j'ai entrepris la traduction de l'article Anatomy. Mais comme je l’explique en PDD de l'article en français, il me semble peu pertinent de reprendre le sourçage de l’article en anglais avec des sources non numérisées, voire anciennes, alors qu'il s'agit pour l'essentiel d'informations générales qui ne posent pas de difficultés. Les conventions exigent cependant un sourçage. Je ne dispose pas de manuels de zoologie et d'anatomie animale qui pourraient remédier dans l'immédiat à cette difficulté, bien que Internet puisse sans doute suffire à sourcer la plupart des informations. Comme il s'agit d'un sujet d'importance maximale, quoique non indexé dans le projet Biologie, j'aimerais savoir ce que vous pensez de ce raisonnement et de cette manière de faire ? Zythème ^{Paroles dégelées} 4 avril 2021 à 01:46 (CEST)

Uniformisation de plan ?

Hello,
je viens de voir passer cette modification de  Gerardgiraud où les sections « Étymologie » et « Toponymie » sont déplacées en début d'article avec le commentaire « uniformisation du plan ».
Ai-je raté une discussion à ce sujet ? Il me semblait pour ma part que ces sections étaient plutôt dévolues à la fin de l'article, en tout cas bien après des sections comme « Description » ou « Répartition » (ou autres variantes). C'est d'ailleurs toujours ce que l'on trouve sur Projet:Botanique/Plan type espèces végétales qui est ce qui est présenté sur la page du projet.
Avis ? Cordialement, Hexasoft (discuter) 6 avril 2021 à 18:31 (CEST)

Bonsoir,

Je dirais que l'étymologie me semble à sa place en début d'article, là où viendraient les dénominations, par contre la section « Toponymie » peut être déplacée en fin d'article dans les aspects culturels et historiques.

Cordialement - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 6 avril 2021 à 19:37 (CEST)

Ben étymologie ouais (encore que, sur cet article précis l'article mélange un peu tout, de la description, de l'histoire de l'utilisation). Mais oui, en général les éléments d'utilisation (dont les toponymes) sont plutôt à la fin

Mais c'est surtout l'idée « d'uniformisation du plan » qui me semble curieux, car dans la mesure où il existe des plan-types (plans-types ?) il faudrait regarder l'uniformisation en prenant ça en compte (quitte à faire évoluer ces plans). A+ Hexasoft (discuter) 6 avril 2021 à 20:20 (CEST)

Je plaide coupable étant l'auteur de ladite modification. Mais le plan type situe bien la section "Dénomination", qui renferme "Nom scientifique", "Noms vulgaires", "Noms vernaculaires", "Étymologie", en début de page. Tout ça après "(Conventions de rédactions)" et "(Haut de page : avertissements, taxobox, introduction et sommaire) que j'appellerais des préambules qui n'ont pas valeur de titre de section. Il me semble d'ailleurs bien naturel qu'on commence par parler d'étymologie du mot ou de toponymie d'un lieu, avant d'en parler en détail dans les deux section suivantes "Caractéristiques" et "taxinomie". Je te concède que personnellement j'ai remplacé la section "Taxinomie" par "Classification" qui me semble un mot plus adapté pour le commun des mortels. La toponymie n'étant rien moins que l'étymologie du nom de lieu. D'ailleurs j'ai vu passer le terme phytonymie que j'ai changé car c'est l'étymologie du nom des plantes (je préfère le mot générique que ce mot trop particulier ; toponymie, lui, est plus usité). Gerardgiraud (discuter) 7 avril 2021 à 15:20 (CEST)

Bonjour Gerardgiraud ,

Dans le cas de l'asphodèle, la section Toponymie n'a pas grand chose à voir avec les dénominations de la plante, puisque c'est la plante qui a donné son nom à un village et non l'inverse. C'est pourquoi je voyais plutôt cette section dans les aspects culturels et historiques.

Mea culpa. Gerardgiraud (discuter) 7 avril 2021 à 19:12 (CEST)

Personnellement, je préfère Taxonomie, qui correspond à l'attribution d'un nom à un taxon, à Classification, qui me semble plus correspondre à la place donnée au taxon dans un système, mais bon c'est mon ressenti, basé sur ce que j'ai appris — il y a bien longtemps — durant mes études, et je n'ai pas de sources à citer pour choisir l'un ou l'autre de ces termes !

- 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 7 avril 2021 à 15:59 (CEST)

Je suis d'accord avec toi @Cymbella. La taxonomie traite des noms simplement, la classification de la place du taxon au sein du vivant. La classification est donnée dans la taxobox, il n'y a donc pas lieu de lui dédier une section. Je pense donc @Gerardgiraud que « taxinomie » (ou taxonomie) est plus approprié. Amicalement--74laprune (discuter) 7 avril 2021 à 16:13 (CEST)

J'ajouterais que la définition, non sourcée, donnée sur la page Classification scientifique des espèces me semble très confuse et la page Systématique est à recycler… la page Taxonomie est nettement meilleure, mais ces concepts sont étroitement imbriqués. - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 7 avril 2021 à 16:27 (CEST)

Ail, faudrait que je modifie les titres "classification" en "taxonomie", pour les 413 familles APGIII... m'en sens pas le courage . Que ceux qui font cette peut-être juste remarque, fassent la modif. A moins qu'un bot soit dispo pour s'en charger. Gerardgiraud (discuter) 7 avril 2021 à 19:10 (CEST)

Bonsoir  Gerardgiraud, Hexasoft, Cymbella et 74laprune . C'est étroitement lié, bien sûr. En zoologie on titrait à l'origine cette section « Nomenclature et systématique », rien à redire a priori, mais en plus d'être un titre assez obscure pour le commun des mortels, le contenu pouvait devenir très confus dans une encyclopédie participative entre noms vernaculaires et taxons. La classification au sens strict est plutôt synonyme de systématique pour les biologistes, toutefois, comme le précise la définition plus grand public du Larousse : Bien que toutes les branches de la biologie y contribuent à la science de la classification, les disciplines les plus directement spécialisées dans le sujet de la classification sont la taxinomie et la systématique : la taxinomie s’occupe plus spécialement de l’attribution des noms (la nomenclature) et de la construction de systèmes hiérarchiques, tandis que la systématique s’intéresse aux relations évolutives entre les espèces. Dans cette acception, on peut estimer que la classification, au sens large, regroupe ces deux domaines d'étude. Une section « Classification » a le mérite en plus de faire court. J'aime bien la solution recommandée pour l'article type de zoologie : l'essentiel des dénominations résumé en début d'article pour éviter les confusions d'espèces, mais s'il y a beaucoup à dire sur le choix ou l'histoire des noms, le détail est de préférence réparti entre la section traitant de la nomenclature scientifiques (étymologie des taxons, etc.) et les aspects culturels (étymologie des noms vernaculaires, éventuels patronymes, toponymes, etc.). Je pense que cela évite de perdre le lecteur dès le début dans trop de détails, certes intéressants, mais d'importance secondaire pour décrire une espèce. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 7 avril 2021 à 20:18 (CEST)

Salix a déjà tout dit, mais je ré-insiste : les questions de noms, c’est la nomenclature. La taxinomie comprend cetes les questions de nomenclature, mais aussi des questions de classification. Sinon, pour revenir à la question de départ sur l’uniformisation du plan : il me semblait que l’ordre des sections dans le plan-type n’est qu’indicatif, et n’a pas à être imposé, et que les sections peuvent être dans un autre ordre que celui proposé dans le plant-type selon les besoins de l’article : un article où il y a de réels problèmes de dénomination, la section sur la nomenclature peut être mise avant pour éclairer sur le sujet exact de l’article, mais la plupart du temps, les sections de description et éventuellement de répartition me semblent être plus intéressantes pour être mises en avant = expliquer de quoi on parle (c’est-à-dire : à quoi cela ressemble ? comment le reconnaître ? où le trouver ?) avant de parler des différents noms et synonymes sans même savoir à quoi ressemble l’organisme dont il est question. TED 8 avril 2021 à 01:44 (CEST)

J'adore le « plant-type », lapsus ô combien significatif - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 8 avril 2021 à 10:06 (CEST)

Conflit d’édition — Bonjour à tous. Je trouve que cette question est un vrai dilemme. Je soutiens complètement l'avis de TED ci-dessus en considérant que les questions « c'est quoi ? » et « ça pousse où ? » devraient être priorisées, surtout sur une encyclopédie généraliste. D'un autre côté, je comprends la logique « sachons d'abord de quoi on parle exactement » et le précepte linnéen « Nommons d'abord correctement ». Je trouve un peu gênant, sur un article comme Orlaya grandiflora, de devoir scroller à mi-article pour avoir la description, et presque jusqu'à la fin pour voir la carte de répartition. J'aurais tendance à vouloir voir ces éléments « naturels » apparaître plus tôt et en priorité sur ceux plus « humains » (noms, classification, etc.) Sans dire qu'il s'agit d'un exemple à suivre, la WikiEn semble toujours commencer par la description (voir ces AdQ : en:Banksia marginata, en:Isopogon anethifolius, en:Pinguicula moranensis, etc.) Pourrait-on imaginer une section introductive du type « faits en bref » ou « caractéristiques générales » (titre à trouver bien sûr) qui présente ces éléments de façon succincte ? En laissant peut-être, le cas échéant, les détails morphologiques et savants et/ou les questions biogéographiques complexes dans des sections dédiées ? Mais vous me direz que c'est le rôle du RI… — Tricholome ^{et par saint Georges !} 8 avril 2021 à 10:41 (CEST)

Bonjour Tricholome  ! Je pense que c'est là l'utilité du sommaire. Et oui le RI me semble suffisant pour savoir globalement de quoi l'on parle. Si l'on cherche des précisions, on rentabilise le sommaire, pas besoin de scroller faire défiler--74laprune (discuter) 8 avril 2021 à 10:52 (CEST)

Comme quoi, une minuscule modification peut engendrer une discussion ENORME, mais qui n'aboutit au final à pas grand chose... l'éléphant qui accouche d'une souris quoi ... excusez, je me moque un peu, ne vous wiki-vexez pas ; on a sans doute besoin de confronter nos avis de temps en temps, dans une encyclopédie participative. Ceci dit, j'ai bien noté que la structure de la WikiEn est faite sur un plan totalement différent de la WikiFr. Allons nous pour autant nous lancer dans une refonte lourde et longue ? Gerardgiraud (discuter) 8 avril 2021 à 11:58 (CEST)

D'accord, d'accord, alors restons-en au statu quo ante et pardon pour mes éléphantades . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 8 avril 2021 à 15:50 (CEST)

 Gerardgiraud comme a dit TED « l'ordre des sections dans le plan-type n’est qu'indicatif, et n'a pas à être imposé, et que les sections peuvent être dans un autre ordre que celui proposé dans le plant-type selon les besoins de l'article », tout en gardant à l'esprit comme Tricholome que les gens ont « tendance à vouloir voir ces éléments « naturels » apparaître plus tôt ». Comme compromis, on obtient logiquement un plan souple, qui parait convenir dans la plupart de cas : A/ pour éviter les confusions possibles, mentionner et sourcer dès le début les principales dénominations en usage (on peut se limiter à ce stade au nom scientifique valide en cours, plus éventuellement un ou deux synonymes récents toujours utilisés, ainsi qu'aux noms de vulgarisation typiques ou recommandés chez les francophones) ; B/ passer ensuite à la description/répartition permettant l'identification d'un spécimen ; C/ poursuivre avec les détails culturels "humains" : C-1/le point de vue des botanistes (nomenclature détaillée, systématique, interactions écologiques, statut de conservation...), C-2/ (ou C-1 si c'est très important) le point de vue des utilisateurs agricoles/horticoles/médicinaux/économiques et pour finir C-3/ les autres aspects culturels, y compris les noms folkloriques et dénominations dérivées, les aspects symboliques, littéraires et artistiques (ces dernières parties pouvant faire l'objet d'un article détaillé en marge de l'article sur le taxon). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 8 avril 2021 à 23:16 (CEST)

Fort bien  Salix tu as tout à fait bien résumé la situation. A chacun ne ne pas (trop) déborder de ce cadre, j'ai moi-même cette fâcheuse tendance à me lancer dans un dithyrambe de détails superfétatoires . Gerardgiraud (discuter) 9 avril 2021 à 08:56 (CEST)

On a chacun nos dadas spécialités . Les mathématiciens se pâment devant une démonstration tandis que les autres veulent simplement qu'on leur donne la formule à appliquer... voire même le résultat (les tentatives pour éviter de faire une rédaction ne sont pas rares sur le forum des nouveaux) ! Dans une encyclopédie généraliste, je pense qu'il faut nous efforcer d'aller progressivement de la formule condensée d'un taxon (nommer correctement et savoir identifier) aux démonstrations détaillées, afin de ne pas perdre une bonne partie de nos lecteurs en cours de route. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 9 avril 2021 à 11:25 (CEST)

Bonjour  Gerardgiraud, Hexasoft, Cymbella, TED, 74laprune et Tricholome. J'ai rajouté une note à notre plan de type de botanique. J'espère que cela vous convient, sinon n'hésitez pas à l'adapter. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 9 avril 2021 à 11:47 (CEST)

« Ajouter un sujet »

Re,
j'ai raté quelque chose (bis) ? Quand je fais « Ajouter un sujet » ça m'ouvre une saleté de formulaire en bas… Je suis certes de la vieille école mais je trouve pénible de ne même pas avoir un bouton pour avoir le comportement précédent (« c'était mieux avant » ). Hexasoft (discuter) 6 avril 2021 à 18:31 (CEST)

Chez moi rien n'a changé, pas de nouveau formulaire ! - 😷 Cymbella (discuter chez moi) - 6 avril 2021 à 19:31 (CEST)

Ok. Bon, c'est peut-être lié aux préférences de mon interface, il faudra que je regarde. Merci ! Hexasoft (discuter) 6 avril 2021 à 20:16 (CEST)

Idem pour moi, le bouton "Ajouter un sujet" se comporte normalement. Enfin, quand je dis "normalement", il s'ajoute bien un formulaire en bas avec demande d'un titre et fenêtre de texte. A validation (publication) le sujet se rajoute en dernier sur la page de discussion. Je crains fort que c'est ce que tu obtiens quand tu évoques « une saleté de formulaire en bas » non? Gerardgiraud (discuter) 7 avril 2021 à 14:55 (CEST)

@Gerardgiraud : oui, c'est effectivement ça dont je parle.

« Avant » (je ne sais plus quand, je suis peu présent ces derniers temps) ce « formulaire » occupait toute la page. Il ne se posait pas en dessous de la page de discussion.

Après pourquoi pas pouvoir voir la page de discussion en même temps (même si ça ne doit être utile que rarement) mais alors il m'aurait semblé logique de l'afficher « repliée » et dépliable à volonté. Ça me semble réduire l'espace d'édition pour pas grand chose (ceci dit, les goûts et les couleurs ). Hexasoft (discuter) 7 avril 2021 à 15:01 (CEST)

Si tu veux voir toute la discussion en même temps que tu crée un nouveau sujet, il te reste la possibilité (que j'ai longtemps utilisé) d'accéder à la dernière discussion et d'y créer une nouvelle section. Et voilou .

Cependant il te faut alors procéder par le bouton "Modifier le code" + accéder en bas de la page + créer section "== Nouvelle question ==" ... blabla + signature + prévisualisation (plus lente) + publier. Procédé un peu lourd mais qui marche. Gerardgiraud (discuter) 7 avril 2021 à 15:35 (CEST)

Hexasoft Chez moi ce « formulaire » occupe encore toute la page. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 9 avril 2021 à 22:42 (CEST)

Synonymes et Wikidata

Bonjour. Je poste ici, parce que la question pourrait intéresser tous les domaines de la biologie. Suite à la question d'une IP sur Discussion:Hygrophore perroquet, j'ai mis à jour la taxonomie de l'espèce, pour la relier aussi à l'article en anglais. Le problème maintenant, c'est qu'il y a deux éléments Wikidata, d:Q54366473 et d:Q177209, avec chacun leurs liens vers les interwikis. Quelqu'un peut-il me (nous) réexpliquer (en termes simples ) comment gérer les synonymes sur Wikidata ? C'est un peu bête de perdre les trois quarts des liens interlangue parce que l'espèce change de nom. Au hasard,  Hexasoft, Totodu74 et TED . Merci, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 08:50 (CEST)

Bonjour Tricholome , ce je fais dans ce cas : je relie les redirections à leur élément wikidata--74laprune (discuter) 15 avril 2021 à 11:13 (CEST)

 74laprune : je viens d'essayer de relier Hygrocybe psittacina à d:Q177209, et ça refuse — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 11:26 (CEST)

 Tricholome : oui, on est obligé pour cela de casser la redirection, de relier la page à l'élément wikidata, puis de réparer la redirection--74laprune (discuter) 15 avril 2021 à 11:40 (CEST)

Oh la la. Et si je fais ça, les interwikis réapparaîtront ? — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 11:45 (CEST)

@Tricholome sur la redirection oui, mais pas sur la page principale ...--74laprune (discuter) 15 avril 2021 à 11:54 (CEST)

@74laprune, bah, c'est pas top quand même — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 12:06 (CEST)

@Tricholome et @74laprune : voir d:Wikidata:Requests for comment/Allow the creation of links to redirects in Wikidata… Et il est possible de passer tous les articles sur l’élement Wikidata du nom actuellement accepté (même si l’article en kirghize ou autre langue est sous le nom du synonyme), ou sinon, de créer les redirections dans toutes les langues pour les lier aux différents éléments Wikidata. TED 15 avril 2021 à 22:36 (CEST)

Merci TED et 74laprune pour vos efforts. Je suis déçu, car je pensais qu'il y avait une vraie procédure à suivre pour lier les éléments et faire réapparaître les liens interlangues. Bien pourri comme système, si vous me pardonnez l'humeur. Bien à vous, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 23:39 (CEST)

@Tricholome : j’ai déplacé tous les liens vers un seul élément Wikidata, d:Q54366473. Et j’ai relié la redirection du synonyme ↳ Hygrocybe psittacina (h · j · ↵) à son élément d:Q177209. Pour bien faire, il faudrait renommer la catégorie Commons et la relier au bon élément Wikidata, et créer la page Wikispecies pour Gliophorus psittacinus. TED 15 avril 2021 à 23:50 (CEST)

Contribution sur l'article "efflux"

Bonjour, j'aimerais compléter la page "Efflux" qui est encore au stade d'ébauche, en apportant des informations sur l'implication des pompes d'efflux bactériennes dans la résistance aux antibiotiques. Je suis nouvelle ici et suis preneuse de toute l'aide/conseils que vous pourrez me donner !

Merci d'avance :) Nincomp29 (discuter) 15 avril 2021 à 15:57 (CEST)

Bonsoir Nincomp29 et bienvenue parmi nous ! C'est très aimable de vous présenter sur votre page d'utilisateur et de venir demander conseil ici. C'est une démarche assez rare chez les nouveaux . Le fonctionnement de Wikipédia est parfois assez déroutant au début, que ce soit au niveau technique (maîtrise du code, des modèles, des liens, etc.) ou éditorial (plan à respecter, ton, choix des informations, etc.) Il existe de nombreuses pages d'aide et d'explications (commencez peut-être par le commencement : Aide:Débuter) et je ne suis pas le mieux placer pour vous les indiquer. Mais si je peux vous donner un conseil, n'hésitez pas ! Quoi que vous fassiez, c'est toujours modifiable et corrigible, donc le risque n'est pas très grand. Et c'est en forgeant qu'on devient forgeron. Soyez attentive aux corrections que d'autres contributeurs font à vos ajouts, et petit à petit, vous comprendrez comment faire sans besoin qu'on repasse derrière vous. Si vous comptez faire quelques modifications ou corrections sur l'article efflux, lancez-vous dès maintenant. Si vous comptez vraiment le re-rédiger de A à Z, peut-être est-il plus prudent de commencer par un brouillon (en cliquant sur ce lien rouge, vous tomberez sur votre brouillon personnel qui n'existe pas encore et sur lequel vous êtes libre de faire tout ce que vous voulez), puis de demander une relecture. Un petit conseil et une petite mise en garde encore :

• Personnellement, j'utilise l'outil ProveIt, que vous pouvez activer dans vos préférences (Préférences>Gadgets>Zone d'édition, puis cocher la case ProveIt). Il permet de visualiser les références que vous ajoutez, et de les charger automatiquement si vous avez l'ISBN ou le DOI de la source. Assez utile.
• Le principal écueil pour les nouveaux, c'est justement les sources. Tout le contenu que vous ajoutez doit être scrupuleusement vérifiable et appuyé par des sources secondaires de qualité. Quelles que soient vos compétences et votre expertise, vous n'avez pas de « droit éditorial » et on ne vous accordera pas plus de crédit qu'une IP anonyme. Cela peut être un peu frustrant au début. Cela signifie aussi que dans des domaines « à la pointe », il est possible qu'on vous interdise de donner des informations (sans doutes vraies) mais qui n'ont pas encore été publiées. Le travail inédit est en effet interdit.

Bonnes contributions  ! — Tricholome ^{et par saint Georges !} 15 avril 2021 à 20:26 (CEST)

Merci @Tricholome d'avoir pris le temps de me répondre et merci pour tous ces conseils ! Nincomp29 (discuter) 16 avril 2021 à 14:40 (CEST)

Bonjour et bienvenue également Nincomp29. Si vous êtes spécialiste dans un domaine pointu, et bien que Tricholome ait déjà bien résumé le contexte, la lecture de Aide:Conseils aux spécialistes vous sera utile pour pouvoir contribuer sereinement à l'encyclopédie participative. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 16 avril 2021 à 19:14 (CEST)

Merci @Salix pour ces informations supplémentaires :) Nincomp29 (discuter) 28 avril 2021 à 09:45 (CEST)

Développement type WBR

Hello,
j'ai peu de temps libre pour WP, mais je développe tout le temps (par plaisir). J'ai commencé à regarder pour fournir un outil de type WBR, mais je me rends compte qu'il est difficile de trouver des sources qui fournissent des infos « utiles » dans tous les cas de figure.
Par exemple ReptileDB est la référence pour les reptiles, mais ne donne des infos détaillées que sur les espèces. Pour le genre la seule info c'est « il existe, voici la liste des espèces », et pour les (quelques) taxons supérieurs idem. uBio est un vrai bordel, ITIS a plusieurs trains de retard (je vois un retard de 31 ans sur certaines espèces de geckos…), ADW ne donne pas d'info sur les taxons intermédiaires, NCBI pas plus, CITES et UICN ne parlent que des espèces (quasiment), etc. Idem pour CoL qui ne donne de détails que sur les espèces.
Bref, avez-vous − taxonomiquement parlant − une procédure applicable plus générale ? Ou bien reste-t-on sur une collection de tests domaines par domaines ? A+ Hexasoft (discuter) 17 avril 2021 à 21:30 (CEST)

Je précise, sur un exemple (gecko, bien sûr) :

si je veux de la donnée sur Uroplatus fimbriatus et que je récupère des données sur ReptileDB je vais avoir tous les éléments de base (existence, auteurs, classification haute − moyennant quelques traitements, et plein d'autres choses).

Si je veux de la données sur Uroplatus via ReptileDB je n'ai que son existence et la liste des taxons inférieurs. Mais pas d'auteur, etc.

Je peux coder des tests d'existence sur divers sites, pour les liens externes / réf. taxo. Ça ce n'est pas très difficile.

Mais dès qu'on sort de l'espèce (ou de la ssp sur certaines sources) ça devient le wild. Toujours sur les geckos, si je demande à une source qui a − cf plus haut − 30 ans de retard sur la référence ReptileDB des infos sur un taxon pour lequel ReptileDB n'a pas de données spécifique (comme l'auteur), comment savoir que ce n'est pas totalement faux ?

Pour prendre l'exemple (de 30 ans) : U. sikorae avait une autre ssp. U. sikorae sameiti : cette dernière est une espèce depuis 30 ans pour ReptileDB, mais − par ex. − ITIS ne la connaît pas. Comment lui faire confiance pour me donner des détails sur Uroplatus alors qu'il est à l'ouest depuis si longtemps sur ce domaine ? Et qui décider de suivre si on veut des données sur Uroplatus ?

Hexasoft (discuter) 17 avril 2021 à 22:00 (CEST)

@Hexasoft : super que tu trouves un peu de temps pour ce projet !

Il n’y a pas à ma connaissance de site généraliste correct, en particulier en zoologie. Peut-être du côté des « nouveaux » sites comme IRMNG ? Cf. Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, et voir la fiche sur Uroplatus fimbriatus. Ou GBIF ? voir la fiche GBIF sur Uroplatus fimbriatus (qui s’appuie sur ReptileDB). Tu peux aussi regarder en passant par Wikidata pour voir tous les identifiants qui sont déjà répertoriés. Il y a peut-être un site bien à découvrir dans le tas ? Voir aussi {{Palette Base de données en biologie}} que je copie à la fin de mon message. Et @74laprune au passage qui a pas mal contribué ces derniers temps sur les articles de bases de données taxinomiques.

As-tu envoyé un feedback à ITIS pour leur signaler l’espèce manquante ? Il y a peut-être simplement une erreur dans leur base de données au niveau de cette espèce-là ? (ça m’est déjà arrivé, avec MycoBank je crois, et ils étaient ravis de pouvoir corriger l‘erreur et « débloquer » l’espèce) ou autre chose… Mais je pense qu’ils seront contents que tu leur signales.

Pour les parties que je connais mieux : AlgaeBase pour les algues, MycoBank et Index Fungorum pour les champignons et Tropicos pour les plantes, List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature pour les Procaryotes, l’International Committee on Taxonomy of Viruses pour les virus donnent des infos très complètes sur les taxons, les auteurs, les synonymes et la classification, tout en étant à jour, et en admettant l’envoi de feedback qui permettent de remonter les éventuels problèmes quand il y en a (mais je n’ai pas encore eu l’occasion de tester les feedbacks pour LPSN et ICTV). Il serait peut-être plus facile de commencer par un de ceux-là ? (mais je sais bien que tu as un faible pour les geckos ) TED 18 avril 2021 à 01:30 (CEST)

IRMNG est bien, mais… on a en bas des « basis of record » avec CoL2006 : ça date, et je ne vois effectivement pas les espèces décrites ces derniers temps. GBIF a des données au moins 10 ans en retard (je parle toujours des geckos), mais l'interface est sympa (sauf que je vois qu'ils indiquent wikidata comme source de certaines données : attention au risque de la référence circulaire !).

En fait la difficulté c'est que les classifications de réf. qu'on a (par ex. ReptileDB) ne fournissent pas forcément toutes les données pour tous les rangs, et qu'à partir de là il est toujours délicat de "mélanger" les sources car elles peuvent ne pas vraiment parler de la même chose.

Je vais sans doute me concentrer sur les espèces, dans un premier temps. Note : signaler à ITIS ? En fait c'est pas une erreur dans leur base, c'est juste qu'ils n'ont pas mis à jour (au moins) le secteur des reptiles depuis des lustres (d'autres espèces « récentes » sont aussi absentes). Hexasoft (discuter) 18 avril 2021 à 12:28 (CEST)

Bonjour TED et Hexasoft , GBIF est de mon point de vue, et de très loin, la base la plus complète, étant la seule à ma connaissance qui recouvre tous les règnes, à la fois les taxons actuels mais aussi fossiles, les taxons supérieurs à l'espèce, et qui donne toujours les auteurs, et parfois les dates. Mais je m'intéresse surtout aux plantes et un peu aux insectes, jamais aux reptiles. TED, je trouve Tropicos pas très à jour, et incomplet, il m'arrive régulièrement de ne pas trouver de noms récents chez eux. À vrai dire, aucune base n'est complète, je rencontre assez souvent des noms absents de plusieurs bases, y compris POWO. En tout cas Hexasoft c'est super si tu développes un nouvel outil ! Amicalement--74laprune (discuter) 18 avril 2021 à 18:38 (CEST)

@Hexasoft : pas d’inquiétude pour GBIF : Wikidata ne sert que pour sourcer les taxon identifiers. Aucune autre donnée du GBIF n’est sourcée par Wikidata.

@74laprune : aucune base n’est complète, et surtout avec la pandémie ou de nombreux projets ont connu un sacré coup de frein… Depuis plus d’un an, pour tous les feedbacks que j’envoie ou presque, j’ai un message automatique en retour disant qu’ils sont en confinement/télétravail/arrêt en raison de la pandémie, et qu’il faut recontacter plus tard… (même s’ils répondent tout de même parfois ). POWO/WCVP est en cours de déploiement (et devrait être relativement rapidement complet pour les plantes vasculaires)… tout comme WFO qui est aussi en cours de déploiement et devait être fini courant 2020, etc. Toutes les bases sont en perpétuelle évolution, mise à jour, amélioration…

Pour les noms absents de POWO : sont-ils aussi absent d’IPNI ? Normalement, tous les noms de plantes sont ajoutés à IPNI (avec un décalage d’un an maximum, je crois). Donc si tu trouves des noms qui ne sont pas dans IPNI, cela vaut vraiment le coup de leur envoyer un feedback ! TED 18 avril 2021 à 23:33 (CEST)

 TED : nous sommes d'accord. Un exemple de nom absent de l'IPNI : Daucus carota subsp. sativus ... Par contre, je n'ai jamais rencontré de nom présent sur une base mais absent de GBIF. GBIF est une super compilation--74laprune (discuter) 19 avril 2021 à 09:51 (CEST)

@74laprune et TED : j'ai commencé à jouer avec GBIF. Il a le gros avantage de fournir une vraie API (même si des fois je me demande si ceux qui font les API ont essayé de les utiliser… ). Et j'ai constaté qu'il avait les dernières espèces de 2020 coté reptile (pourtant il me semblait en manquer, soit j'étais fatigué soit ils ont mis à jour entre-temps).

Actuellement je récupère de quoi construire la base d'une taxobox (ns, auteur, classif, "règne").

Je récupère aussi les données UICN et CITES (directement via leurs sites, même si pour UICN j'ai été obligé de "pirater" leur API qui n'est pas "ouverte"… Je suis toujours fasciné en tant qu'informaticien de la stupidité des "protection par l'obscurantisme" que certains croient efficace…), pour la taxobox et les liens externes.

Je vais étendre aux sous-taxons, augmenter le nombre de liens externes. Question subsidiaire : dans les modèles créant des liens externes, lesquels sont dans "réf taxo" et lesquels dans "liens externes" ?

Je vais aussi travailler sur la recherche de médias (commons), j'ai une piste pour le basionyme, etc.

L'idée est d'avoir un bidule qui fonctionne relativement complet, avec ses limites, puis voir pour étendre ensuite.

Autre question subsidiaire : on a une "classification=GBIF" ?

A+ Hexasoft (discuter) 19 avril 2021 à 16:20 (CEST)

Je comprends pas grand chose et je sais pas si j'y suis pour quelque chose dans le fait que tu te sois lancé, mais dans tous les cas, grand, grand, grand Merci Hexasoft . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 19 avril 2021 à 16:25 (CEST)

C'est génial @Hexasoft ! Pour les modèles créant des liens externes, il me semble que ceux qui vont dans ref taxo sont ceux qui font autorité en taxonomie, et le reste va dans autres liens externes (par ex : UICN, CITES). Mais moi je fourre tout dans le même section. Et oui nous avons une classification selon GBIF. Amicalement--74laprune (discuter) 19 avril 2021 à 17:33 (CEST)

Merci. J'avance dans le codage (récupération catégorie commons, page commons, species). Je vais attendre d'avoir une base "potable" pour indiquer un lien pour tester l'outil (pour avoir des retours).

Je me pose diverses questions pratiques. Mais plutôt que de spamer le café, il me semble préférable de basculer sur une page dédiée.

Ceux que ça intéresse et/ou qui veulent s'investir dans la mise au point je propose cette page : User:Hexasoft/Taxobot. Hexasoft (discuter) 19 avril 2021 à 18:49 (CEST)

@Hexasoft : Catégorie:Taxobox utilisant la classification selon GBIF ! Mais pour moi, cette classification selon GBIF ne doit être utilisée qu’à défaut de l’existence d’une classification spécialisée. Et pour les références, je les mets toutes dans une même section intitulée « Références biologiques » pour éviter de les mettre en liens externes et d’avoir des bandeaux « Trop de liens externes ». TED 19 avril 2021 à 23:46 (CEST)

Ben, en l'occurrence chez les reptiles la source de collecte est ReptileDB, et GBIF correspond visiblement à l'état des données du 14 décembre 2020 (dernière mise à jour en date chez ReptileDB). J'aurai tendance à dire que si une base est un réplicat fidèle et « à jour » elle est équivalente. Après je ne me prononce pas pour les autres domaines. Mais en l'occurrence ici les deux sont équivalents.

Le problème que je vois − toujours sur les reptiles − c'est que ReptileDB ne traite que des espèces, et ne fait que mentionner les rangs supérieurs, ce qui pose problème dès qu'on monte au dessus.

Ceci dit pour le moment je les utilise parce qu'ils sont les plus complets et accessibles (en terme informatique) que je connaisse. Ça permet d'avancer. Hexasoft (discuter) 19 avril 2021 à 23:59 (CEST)

Création d'article pour un parasite indonésien : Trypanosoma evansi

• Trypanosoma evansi ; cette charmante bestiole est citée dans l'un des articles que je souhaite proposer bientôt au label, mais je ne connais rien aux parasites indonésiens. peut-être y a t'il ici quelqu'un de plus compétent(e) que moi à ce sujet ? Tsaag Valren (✉) 18 avril 2021 à 13:42 (CEST)

@Tsaag Valren : j’ai bleui le lien. Il y aurait des infos à traduire depuis l’article en allemand de:Trypanosoma evansi en particulier (aussi de l’anglais, mais l’article est plus court), mais je n’ai pas le temps de m’y pencher pour le moment. J’y reviendrai plus tard si personne ne l’a fait d’ici-là… TED 18 avril 2021 à 23:11 (CEST)

Merci beaucoup @TED, c'est suffisant pour une bonne compréhension de l'article (Sandalwood (cheval)). Tsaag Valren (✉) 19 avril 2021 à 19:50 (CEST)

Je t‘en prie @Tsaag Valren ! TED 19 avril 2021 à 23:42 (CEST)

Monographies ?

Bonjour à toutes et tous.  Cymbella, qui a peut-être déjà une piste de réponse. Dans les domaines qui nous intéressent, le terme « monographie » s'applique à (au moins) deux types de publications assez clairement définis :

• la monographie botanique, qui est le traitement systématique complet d'une famille ou d'un genre, et qui était historiquement le standard pour la communication des informations taxonomiques (voir cet exemple d'une monographie illustrée du genre Rosa) ;
• la monographie des pharmacopées, qui définit les exigences de qualité, générales ou spécifiques, auxquelles doivent satisfaire les substances pharmaceutiques (voir cet exemple de la monographie de l'écorce de tilleul dans la Pharmacopée française).

L'article, dans sa version actuelle, ne traite absolument pas de ces aspects. S'agit-il seulement de les ajouter dans des sections dédiées… ou l'utilisation très spécifique du terme dans ces domaines particuliers mérite-t-elle des articles séparés ? En gros, parle-t-on vraiment de la même chose ?

Merci pour vos avis. Cordialement, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 20 avril 2021 à 09:28 (CEST)

Pas sûr que le terme soit encore beaucoup employé en sciences dures (inhumaines). En biologie il me semble que c'est à peu près ce que dit Tricholome (mais pourquoi pas en zoologie ?). En médecine ça pourrait être un ouvrage sur une maladie. En géologie ça me semble s'appliquer aux ouvrages sur une formation géologique précise, en tout cas pas à ceux traitant d'un phénomène. — Ariel (discuter) 20 avril 2021 à 09:42 (CEST)

Merci Ariel Provost . J'ai écrit « au moins » parce que j'imaginais bien qu'il y a d'autres utilisations. Mais les deux que je cite font appel à un type de documents bien précis, avec un plan et des règles dédiées, etc. J'ai ajouté des exemples pour clarifier. — Tricholome ^{et par saint Georges !} 20 avril 2021 à 10:09 (CEST)

Photo Ark (Nat. Geo.)

Hello,
je viens de tomber sur Photo Ark (visiblement géré par National Geographic). Ils proposent des photos.
Sur un genre : Uroplatus
Sur une espèce : Uroplatus fimbriatus
Est-ce que vous pensez que ça vaut le coup de créer un modèle pour nos liens externes ?
Au passage il semble que Arkive soit fermé (le site existe, mais les liens de chez nous ne marchent plus, il la recherche sur leur site dit que c'est fermé). Si c'est confirmé il faudra probablement supprimer les modèles {{ARKive}} ; {{ARKive ARK}}; {{ARKive GES}} ; {{ARKive search}}. Seul le premier a des liens qui ne sont pas morts, et ça tape sur web.archive.org qui ne semble rien retourner.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 17:43 (CEST)

Pas d'avis ? Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 14:46 (CEST)

Bon, ben j'ai créé le modèle. Mon programme Taxobot génère des liens vers ce modèle. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 23:51 (CEST)

Je t'aurais volontiers répondu pour dire que je trouve ça absolument fantastique. Surtout que ça permettrait une alternative de qualité pour de nombreuses espèces menacées qu'on a pas dans le stock Commons, vu qu'elles ont tendance à ne plus gambader très souvent autour de nous . Mais bon, on a toujours peur de se faire rabrouer quand on parle des machins de taxitaxo sur ce forum, alors on fait comme dans tours de salle : on attend que le grand ponte ait parlé, et on ajoute son grain de sel après. Merci encore une fois pour ton travail. — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 08:24 (CEST)

D'ailleurs, @Hexasoft, pourrait-on imaginer une présentation plus accessible pour nos lecteurs quand on a rien à proposer comme illustration en taxobox ? Je pense par exemple à Johora singaporensis, qui est disponible : Modèle:ARK. À la place du « Une image sous licence libre serait la bienvenue », quelque chose du genre « Des images sont accessibles en lien externe ». Salutations, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 08:45 (CEST)

{{média externe}} ? • Chaoborus 29 avril 2021 à 22:15 (CEST)

Catégories d'organismes infectés par Wolbachia

Hello,
Je me disais que ça pourrait être sympa de créer des catégories pour les organismes infectés par Wolbachia. Cette bactérie infecte quand même 40% des arthropodes terrestres (Zug and Hammerstein 2012 Plos One) dont 60% des insectes (Hilgenboecker et al 2008 FEMS Microbiol Lett). Elle affecte la reproduction en causant selon les espèces, une incompatibilité cytoplasmique, une mortalité des mâles, une féminisation ou encore une parthénogenèse (Werren et al 2008 Nat Rev Microbiol), c'est quand même fort!
Est-ce une bonne idée? Je ne sais par contre pas comment nommer ces catégories et à quel rang(s) taxonomique(s) les appliquer. Vaut-il mieux catégoriser uniquement les espèces ou aussi des rangs taxonomiques supérieur? Faut-il des catégories centrées sur l'hôte (ex:Insecte abritant Wolbachia, Nématode abritant Wolbachia) ou sur le parasite (ex:Organisme abritant Wolbachia super-groupe A; B...) ou les deux? Sachant que Wolbachia est le plus souvent délétère mais ne l'est pas systématiquement, quel verbe est le plus adapté: abriter/parasiter/autre. On pourrait aussi en profiter pour étoffer la page Wolbachia qui est assez vide comparée à la quantité de recherche qui est faite sur cette bactérie!
Merci pour vos retours!
--Moon rabbit 365 (discuter) 21 avril 2021 à 21:21 (CEST)

Bonsoir Moon rabbit 365 à voir le pourcentage touché, cela n'irait pas plus vite de catégoriser les espèces connue pour être résistantes ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 21 avril 2021 à 22:03 (CEST)

Bonsoir Salix, l'inconvénient c'est que c'est difficile d'établir qu'une espèce est résistante à Wolbachia. Si aucune infection n'a été détecté pour une espèce dans une partie du monde, cela n'exclue pas qu'elle soit infectée dans une autre région. Et le fait qu'une espèce ne soit pas infectée n'implique pas qu'elle soit résistante. Ensuite, je pense que les gens qui utiliseront cette classification seront surtout à la recherche d'informations sur Wolbachia; ce qu'ils obtiendront en tombant sur la page d'espèces infectées plutôt que non infectées . Ca me fait penser qu'on pourrait aussi faire des catégories par type d'effet sur la reproduction: "Espèce chez qui Wolbachia induit une incompatibilité cytoplasmique/parthénogenèse"... --Moon rabbit 365 (discuter) 21 avril 2021 à 22:30 (CEST)

Je rejoins Salix (enfin, il me semble) : je ne suis pas favorable à des catégories qui devraient être mises sur un %age significatif d'articles. C'est trop large, à mon sens ça dilue l'intérêt (pour faire une caricature, c'est comme si on mettait une catégorie "a des pattes" en zoologie . Ou, pour faire plus actuel, "ne crois pas au prophète chloroquine" ). Plus sérieusement, je doute qu'il y ait des études précises permettant de classer les taxons supérieurs, vu qu'en général les études portent sur des espèces ou au mieux des groupes restreints d'espèces. Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 23:20 (CEST)

Coucou Hexasoft, contrairement à la présence de pattes qui peut être facilement inférée par la phylogénie, la présence de Wolbachia n'est établie qu'après sa détection (par séquençage généralement). Le nombre d'articles qui sera lié à cette catégorie sera donc assez faible et ne concernera donc que des espèces utilisées par les scientifiques. A savoir aussi que des recherches sont faites pour utiliser Wolbachia contre des ravageurs de cultures ou encore contre les espèces de moustiques véhiculant des maladies graves. --Moon rabbit 365 (discuter) 21 avril 2021 à 23:35 (CEST)

Ben, si je reprends ce que tu dis au début : « Cette bactérie infecte quand même 40% des arthropodes terrestres » → ça fait un nombre de taxons monstrueux ! Après la présence de pattes est très sur-faite ! Plein d'animaux sans pattes en ont en fait dans leur structure, et plein d'autres en ont même s'ils ne les utilisent pas . Hexasoft (discuter) 21 avril 2021 à 23:51 (CEST)

Je sais pas, moi j'ai du mal à comprendre les arguments reposants sur une "trop" grande quantité de données, quand elles sont pertinentes bien sûr (ça fait combien de pages A4 le contenu complet de Wikipédia déjà? ). Et on a bien des catégorie pour détailler la phylogénie, ce qui fait en théorie une quantité infinie d'information! Ces info sont classées dans des catégories plus fines quand le nombre d'articles devient trop grand (categorisation par sous-genre ou sous-espece par exemple). Il suffit de faire la même chose ici quand le nombre d'articles aura augmenté de façon importante. --Moon rabbit 365 (discuter) 22 avril 2021 à 00:06 (CEST)

(il faut que tu apprennes l'indentation…) Le problème d'une catégorie c'est qu'elle doit être factuelle (= presque automatique). Si elle est basique, c'est juste de la classification. Si elle dépend de telle ou telle étude, ça devient complexe (est-ce qu'elle est vraiment dedans, est-ce que la source est reconnue, etc.). Un truc qui relève du contenu sourcé se catégorise mal, sauf s'il est particulier. Il me semble que si on doit détaillé un « phénomène particulier », dans sa multiplicité, c'est plus le travail d'un article dédié que d'une catégorie. L'article peut exprimer les tendances, les certains, les possibles, les probables, etc. ce qu'une catégorie ne peut pas faire. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 00:53 (CEST)

Hello again, j'indente sur pc mais sur mobile il faut crée un encadré pour répondre (c'est nouveau, non?) et cela n'indente étonnamment pas. La présence de Wolbachia ne dépends pas de telle ou telle étude. Une fois que la bactérie est détectée l'info est figée. C'est beaucoup plus fiable que la taxonomie qui est la principale source de catégorisation des espèces dans notre système actuel. D'ailleurs les catégories fines de taxonomie relèvent également du contenu sourcé, tout come l'endémisme qu'on catégorise aussi. --Moon rabbit 365 (discuter) 22 avril 2021 à 10:09 (CEST)

Hmmm… Jamais édité sur téléphone, je peux pas te dire. Mais des trucs ont changé, il me semble. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 10:16 (CEST)

BA parc national de Marojejy

L'article Parc national de Marojejy est proposé au label BA par Yhaou (d · c · b). N'hésitez pas à relire et voter. Yhaou (discuter) 22 avril 2021 à 13:05 (CEST)

L'oxygène, ça cloche !

Bonjour, faute de savoir à quel interlocuteur m'adresser, je lance ce pavé dans l'océan en espérant trouver un wikipédien bien informé ! Il est aujourd'hui d'usage de considérer que la vie aérienne a pu émerger et se développer à la surface des continents grâce à l'oxygène produit par les organismes chlorophylliens océaniques qui ont radicalement modifié la composition de l'atmosphère terrestre jusqu'à atteindre un taux de 21% de dioxygène. Mais il y a un hic car la plupart des organismes marins sont aérobies. La pression partielle d'oxygène dissous dans les océans est directement corrélée à celle de l'oxygène atmosphérique. En gros il ne peut y avoir ni plus, ni moins d'oxygène dans l'eau que dans l'air. Donc, il est impossible que l'océan ait été un bouillon de vie avec des algues ou des cyanophycées comme nous les connaissons et que pendant ce temps les terres aient été un désert abiotique faute d'oxygène. A-t-on des pistes pour mieux expliquer cette phase initiale de modification de la composition de l'atmosphère ? Existe-t-il des organismes à la fois chlorophylliens et anaérobies qui auraient pu amorcer ce changement ? Ou bien y aurait-il eu un effet boule de neige à partir "d'oasis" pourvues en oxygène minéral ? Quelqu'un sait-il si ce sujet a été détaillé, voire exposé dans l'encyclopédie ? Merci. --Channer [koz a mwin] 30 avril 2021 à 07:19 (CEST)

Je n'ai pas révisé cette question récemment, mais voici ce que je crois savoir sur ce que l'on sait sur cette question :

• les premières formes de vie ont été anaérobies, et de plus l'oxygène était alors un poison ;
• avec l'oxydation progressive des océans puis l'augmentation de la concentration en oxygène (dues au métabolisme des cyanobactéries ou de leurs ancêtres) — la première pollution à grande échelle de l'histoire de la Terre —, des mécanismes de protection contre l'oxygène sont apparus, puis l'utilisation de cet oxygène au point qu'il est devenu indispensable à une large majorité d'organismes ;
• c'est seulement ensuite que la vie s'est développée dans les eaux douces et sur la terre ferme.

— Ariel (discuter) 30 avril 2021 à 07:35 (CEST)

@Channer et @Ariel Provost :

• Oui, il existe des organismes photosynthétiques chlorophylliens anaérobies : les Chlorobi (bactéries sulfureuses vertes) et les Chloroflexi (bactéries non sulfureuses vertes) ou encore les bactéries pourpres sulfureuses.
• La photosynthèse oxygénique est apparue plus tard, et dans un premier temps, l’oxygène a été piégé dans les sédiments : voir Formation ferrifère rubanée#Origine et Grande Oxydation.
• L’oxygène est effectivement un poison pour la cellule (voir Dérivé réactif de l'oxygène) et ce serait peut-être pour détoxifier l’environnement qu’est apparue la respiration cellulaire aérobie, la Respiration aérobie étant probablement dérivée de la Respiration anaérobie (je n’ai pas retrouvé l’info sur Wikipédia, c’est un lointain souvenir de mes cours sur la question).
• C’est peut-être aussi pour lutter contre les cyanobactéries qui empoisonnaient l’environnement que certains protistes ont commencé à les bouloter, et les cyanobactéries en ont profité pour « endosymbioter » les eucaryotes pour survivre ! donnant ainsi naissance aux premières algues !

@Channer : j’espère que cela donne quelques pistes de réponses à ta question, ainsi que quelques pistes d’articles qui exposent le sujet. TED 1 mai 2021 à 00:47 (CEST)

Et pour compléter le 3^e point de TED :

• les tout premiers eucaryotes sont sans doute des archées (assez probablement des Asgards) qui ont mal digéré des α-protéobactéries, lesquelles ont continué à vivoter (puis ont régressé en mitochondries) au sein de leur cytoplasme ;
• plus tard, certains eucaryotes ont de la même manière mal digéré des cyanobactéries qui ont par la suite perdu leur autonomie génétique (et sont devenus les organites appelés chloroplastes) mais continué de conférer à ces eucaryotes la fonction photosynthétique ;
• dans le même ordre d'idée, de nombreux eucaryotes ont, dans plein de lignées différentes, survécu à des infections virales mais gardé dans leur ADN des fragments d'ADN viral (traduction de l'ARN de rétrovirus). On ne connaît pas toujours le rôle que peuvent avoir aujourd'hui ces fragments, mais on sait par exemple que c'est grâce à l'un d'eux que des mammifères euthériens ont acquis le placenta et cessé de pondre des œufs (devenant ainsi des mammifères placentaires, dont l'Homme).

Passionnant, ce côté picaresque de l'évolution... — Ariel (discuter) 1 mai 2021 à 07:02 (CEST)

Merci @TED et @Ariel Provost à tous les deux pour ces éclaircissements qui esquissent une histoire cohérente de l'évolution du vivant. Il reste encore bien des énigmes !

Bonne fête du travail. Amicalement, --Channer [koz a mwin] 1 mai 2021 à 12:16 (CEST)

Je t’en prie, @Channer ! Et merci @Ariel Provost pour les compléments ! TED 2 mai 2021 à 06:23 (CEST)

Si j’ai bien compris il reste encore à découvrir le chaînon manquant puisque les chlorophylliens anaérobies connus libèrent du soufre et non de l’oxygène. Channer [koz a mwin] 2 mai 2021 à 07:23 (CEST)

@Channer : il y a plein de choses connues sur le sujet ! Ici par exemple (cherche « The Evolution of the Oxygen Evolving Complex »)… mais ça date de 2006. Il y a pas mal de biblio sur le sujet, et cet article de revue plus récent (2016) me semble pas mal (je peux t’envoyer le pdf si tu le souhaites) ou celui-ci de 2018 (qui est en accès libre) mais qui dit peu de choses sur l’évolution du Complexe d'oxydation de l'eau. TED 2 mai 2021 à 08:19 (CEST)